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王月清结缘佛学是1986年，那时他在南京大学哲学系读三年级。当时，刚刚博士毕业的赖永海先生讲授的“隋唐佛学”引发了他对佛学的兴趣，其后，他先后在南京大学攻读硕士和博士学位，专业都是佛学。博士毕业后，他又成为南大哲学系教师，可以算作标准的“南大人”。
王月清对佛学的思考主要在佛教伦理学方面，他的博士学位论文是《中国佛教伦理思想研究》，以佛教伦理的中国化进程为纵向线索，以佛教伦理和儒家伦理的相互关系为横向线索，通过考察佛教善恶观、戒律观、修行观、人生观、孝亲观等问题，对中国佛教伦理思想的主要内容和范畴体系，进行了深入剖析和系统阐发。对佛教传入中国后，佛教伦理如何与传统伦理相结合，进而衍化为中国伦理思想的有机组成部分等问题作了有益的探索。
王月清认为，伴随着世界经济的全球化，现代社会、人类、心灵的困境也开始全球化，人类迫切需要赖以安身立命的伦理基础。世界各大宗教是人类智慧的伟大资源之一，有待以开放的胸襟相遇，为解决人类困境提供一致性意见，共同推进全球文明的进程。佛教伦理也应本着契机契理的原则，为现代文明建设做贡献。
王月清说，研究佛教伦理思想，有助于进一步展示东方传统的内容、特质，也有助于为全球文明、全球伦理提供资源。比如，佛教的缘起论、因缘和合思想，有助于启发人们消解“孤岛”意识，在身心行为方面更好地关注他人、社会以及自然生态、文化生态的整体发展。佛教的无我思想，有助于消解工具理性下的人类中心和自我中心。佛教的平等、慈悲利他、戒杀护生等理念，有助于促进人类和平的进程并指导解救全球人口、资源、生态、安全等危机的伦理实践。中国佛教世间求解脱、庄严国土、利乐有情的思想，可启发人们“明心见性”，化解现代人群的失落感、人际的冷漠疏离感，以安顿心灵、提升境界。中国禅宗农禅并作的劳作伦理观有助于启发人们重新调整对物质利益和精神生活、经济活动和可持续发展等关系的看法，促成信仰和生活的有机结合。中国佛教对孝道的阐扬，有助于找到现代家庭隔膜和代沟情境中缺失的物质满足之外的精神愉悦，重建东方传统中色养与养志一体的温暖的社会细胞，由此契合东方传统中修齐治平的理路，实现个人、家庭、社群、社会、自然的良性互动的人间净土的悲愿。
王月清谦虚地说自己的学术研究才刚刚起步，还有很长的路要走。他打算扩展自己的研究范围，进行包括基督教伦理、伊斯兰教伦理在内的宗教伦理研究。目前，他承担着东亚佛教伦理和东亚新兴宗教研究等课题。
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