2001年2月，原复旦大学出版社与原上海医科大学出版社合并，组建新的复旦大学出版社，这一合并引起了业界的普遍关注。经过近一年的磨合，新的复旦大学出版社已经初现出新的综合优势，出书范围得到了进一步拓宽，优秀图书层出不穷，品牌打造效果显著，取得了社会效益、经济效益的双丰收。2001年8月，教育部社政司主管领导专程到复旦大学出版社就合并状况进行了考察。他们在全面考核后认为，复旦大学出版社与上海医科大学出版社的这次合并是成功的，堪称大学出版界强强联合的范例。
复旦与上医大两家出版社原本出书结构迥异，各有其优势领域，因此这次合并是真正做到了优势互补。两社人员和资产合并重组后，编辑力量、发行网点、出版技术等方面的实力都得到大力补充，出版社整体实力大为增强。经过一年的运作，一个和谐有序的集体已经形成，干部员工的积极性得到很大的发挥，出版社的各项事业获得了较大的发展。2000年，原复旦大学出版社的销售码洋为7500万，原上海医科大学出版社的销售码洋为1300万，两社合计8800万。而截至2001年底，复旦大学出版社的销售码洋已经超过1亿2千万元。
在介绍合并的过程时，复旦大学出版社社长贺圣遂说：“经过一年的磨合，我们自己的体会是这次合并确实是一次成功的合并。我们两社进行合并的动因是贯彻教育部关于原复旦大学和原上海医科大学合并成立新的复旦大学的指示精神，是一次客观的行政结果，但这次合并由于校领导的重视，在人事安排、机构调整、物资保证诸多方面都妥帖考虑，因此非常平稳和顺利。”
合并的成功一方面是由于学校以及出版系统领导的关心与重视，同时也是由于出版社的全体员工付出了许许多多艰苦的努力，是他们辛勤汗水的结晶。
据了解，复旦大学出版社与上海医科大学出版社的合并也并不轻松，整个合并的过程十分复杂，资产评估、债权债务清理、资产审评等等方面的工作都要一步步从头做起。但是，在学校领导的支持下，整个班子齐心协力，带领大家埋头苦干，通过对群众的感召力，充分调动了每位员工的积极性，从而使整个出版社获得较大的飞跃，取得合并的成功，实际上，两社合并后，如何把握合并的契机，根据新增加的出版资源调整出版结构，实现选题优势向非人文社科方向延伸，寻找新的生长点和突破口，便成为他们思考的重点之一。
“为此，我们要在保持原有出书优势和特色的情况下，最充分发挥复旦大学学科的专长和综合优势，实行产品组合策略，进一步完善我们的品牌形象。”复旦大学出版社总编辑高若海补充说。随着磨合的不断深入，出版社的医学编辑已经逐步理清了自己的思路，确立了发展方向，对图书的市场化运作有了更为充分的认识，在选题策划方面有了重大突破。而原复旦大学的遗传基因工程研究在国际上本就有着相当的声望，现在再加入医学院的医学实践，生物工程医学将成为复旦大学的又一优势学科。可以预期，复旦版医学图书将依托这一强有力的综合优势，通过深化与生命科学院等系所的联合互动关系，成为又一强势特色与支柱品牌，成为一个新的出版资源开拓方向和新的经济增长点。
20世纪90年代始，伴随着经济全球化进程的迅猛发展，伴随着我国对外开放以及与国际接轨力度的不断加大，图书版权贸易也得到了空前发展。今天，如何应对入世这一新的机遇与挑战，是摆在我们面前的一个新问题。复旦大学出版社在对外版权合作方面所做的实践探索，或许能给我们带来某种启迪。
由于在教材出版领域始终坚持独创性、原创性特色，并始终注重出版在弘扬中华优秀传统文化方面的特殊作用，长期致力于高品位学术专著的出版，复旦大学出版社在引进图书逐年增长的同时，对外版权输出工作也取得了骄人的成绩。香港、台湾地区以及韩国、日本等地的出版界对复旦版原创性学术图书有着浓厚的兴趣，相互之间建立了良好的合作关系。在版权贸易过程中，他们始终坚持以我为主的原则，由最初的单纯引进朝着引进与输出并举，甚而输出超出引进的方向发展。尤其是2000年，复旦大学出版社引进版权22种，输出版权图书则达43种，实现了版权贸易的“顺差”。
在版权引进方面，他们立足于社会主义市场经济和两个文明建设的现实需要，着眼于吸收人类一切优秀的文化遗产，主要瞄准国外先进科学技术、先进的管理经验和优秀的人文作品，引进出版了多种有较高品位的国外优秀图书，与复旦出版社的整体风格保持了一致与和谐。其中“剑桥科学史丛书”、“复旦科普译丛”等推出后，均获得了书业同行和读者的好评。在版权输出方面，他们则坚持弘扬中华传统文明与传播当代优秀文化成果并重的原则，输出了一系列代表复旦出版品位和特色的图书，包括原创性的有较高学术价值的专著如《中国学术名著提要》、《中国思想史》等，国内一流学者编撰的优秀教材如《中国当代文学史教程》、《中国现代文艺思想史》、《国史概要》、《20世纪的世界》、《大学书法》、《电磁学》、《经典力学》等，以及介绍中国优秀传统文化的图文并茂的图书如《诗情画意》、《东方情商》、《古葩今赏》等。
在版权贸易发展到相当规模后，复旦大学出版社没有满足于单纯的引进和输出，不仅仅停留在对“出超”比例的追求上，而是积极探索更适合中国国情的版权贸易新模式，开拓了合作出版这一有建设意义的新思路，并总结积累了一些经验。
早在1999年，他们便一反纯粹引进的常规套路，采用中外合著的模式，进行了一次隔着太平洋的密切合作。他们邀请复旦大学管理学院的李志能博士、郁义鸿博士及美国创业学权威罗伯特·D·希斯瑞克教授联手，推出国内第一本《创业学》教材。这本MBA教材既引进了国外学者在这一领域的先进知识经验，又以生动的国内案例来体现创业学的实践特色，
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