自从修《四库全书》，从《永乐大典》中辑出512种书，这些书均见于《四库全书总目》，而《四库总目》是流传极广的治学入门之书，这才使《永乐大典》的影响达到普及的程度。《四库全书》和《永乐大典》有着极为特殊的关系。两部书均保存于翰林院中，其命运当然紧紧捆在一起。 放火者的目的是显而易见的，即对使馆区的安全后方英国使馆施火攻之术。放火者不可能是包围圈里的使馆人员。 从翰林院被纵火焚烧的6月23日，至八国联军攻入北京的8月14日，相距54天之久，而且当联军先头部队来到使馆区解救被围人员时，清兵与义和团已提前撤退。
《永乐大典》22877卷、《目录》60卷，自清朝初年至清朝末年，陆续散佚，最后于光绪二十六年庚子（1900）毁于八国联军入侵北京之役，这个通行的说法延用至今，几乎家喻户晓。
清朝乾隆间大规模动用人力、财力纂修《四库全书》79897卷（据文溯阁本），抄成七部，分藏皇宫文渊阁、圆明园文源阁、盛京（沈阳）文溯阁、承德避暑山庄文津阁、扬州大观堂文汇阁、镇江金山寺文宗阁、杭州西湖圣因寺文澜阁。其中文源阁书毁于咸丰十年英法联军焚烧圆明园。文汇、文宗二阁书毁于太平天国之役。文澜阁书亦遭太平军破坏，后经丁申、丁丙兄弟等陆续补抄而获全。文渊阁书被携往台湾，现存台北故宫博物院。文溯阁书现存甘肃省，文津阁书现存北京图书馆。而赖以纂修《四库全书》的“《四库》底本”，包括“存目”书6793种以及重本、禁毁书，合计一万数千种，其保存情况、被毁情况，向来有两种说法：一是全都毁于1900年八国联军侵犯北京之役，此说最通行，在学者中，尤其古籍研究界，大都知晓。二是《四库全书》底本毁于八国联军，而“存目”书、重本等毁于同治八年武英殿大火。两种说法也都与八国联军直接相关。
至于与八国联军直接挂上关系的地点，则是与使馆区比邻的翰林院。
笔者认为《四库》底本、《永乐大典》的确毁于1900年庚子事变，地点也的确在翰林院，但翰林院被焚却与八国联军没有直接关系。
“盛世修书”好像是一种传统，北宋太宗时期修成的《太平御览》、《太平广记》、《册府元龟》、《文苑英华》四大书，明代永乐时修的《永乐大典》，清代乾隆时修的《四库全书》，俨然成为一个时代“文治”之象征。
不过乾隆修《四库全书》却直接导源于《永乐大典》。乾隆三十七年十一月二十五日安徽学政大兴人朱筠上奏，建议访求遗书。当时建议的重要内容之一是从《永乐大典》中辑集佚书。尽管在这之前，乾隆帝也下诏购访遗书，但总有些例行公事的意思，各地总督、巡抚也不大认真对待，应付一下而已。这次朱筠上奏，则直接导致开馆校书的结果。乾隆三十七年十二月十一日乾隆帝即在朱筠奏折上批示：“原议大臣议奏。”乾隆三十八年二月初六日大学士刘统勋等将商议结果上奏，其中需要马上办理的实事是：清理《永乐大典》，并从中辑集佚书。由于翻检工程浩大，当天乾隆帝即下诏：“著即派军机大臣为总裁官，仍于翰林等官内选定员数，责令及时专司查校。”二月十一日又下诏添派王际华、裘曰修为总裁官，“会同遴简分校各员，悉心酌定条例，将《永乐大典》分晰校核”。二月二十一日刘统勋上奏，要求把翰林院“迤西房屋一区”作办事处，从翰林中“酌选三十员，专司查办”。当天乾隆批示：“依议。将来办理成编时，著名《四库全书》。”从这些史实，我们完全可以看到，后来大规模纂修的《四库全书》，最初是从辑集《永乐大典》中的佚书开始的。
四库馆目从《永乐大典》中辑出佚书385种，收入《四库全书》，另有127种入《存目》，合计512种。其中的名著如《旧五代史》、《元和姓纂》、《直斋书录解题》、《建炎以来系年要录》、《宋景文集》等，早已是传统学界的常用书了。还有些书用《永乐大典》本校勘，取得显著成就，《水经注》即是典型例子。戴震在四库馆，发现《永乐大典》卷11127至卷11141“水”字头下几乎保存了一部完整的《水经注》，用来校通行的朱谋?本，“凡补其阙漏者二千一百二十八字，删其妄增者一千四百四十八字，正其月乙改者三千七百一十五字”，同时，经文、注文各本多混，戴氏据《大典》本理出头绪。郦道元《水经注序》一篇，各本均佚，也赖《大典》保存。经过这样的校勘之后，戴氏认为《水经注》“神明焕然，顿复旧观”。
由于《永乐大典》中的许多书已辑出来单独收入《四库全书》或入《四库存目》，所以《永乐大典》本身就不宜再整部收入《四库全书》，而仅仅入于《存目》。不过，《提要》称“菁华已采，糟粕可捐”，则是欺世之语。嘉庆中修《全唐文》，仍然从中辑得大量唐文，参加《全唐文》纂修的学者徐松，借便辑出大部头的《宋会要》500卷、《宋中兴礼书》300卷《中兴礼书续编》80卷等，为搜辑历史文献作出了杰出贡献。直到今天，《大典》残卷中的佚书仍有不少有待辑集，真可谓“残膏剩馥，沾溉无穷”。
《永乐大典》在《四库全书》完成后一直存放翰林院中，嘉庆以后时时被翰林携出院外，光绪元年查点，已不足5000册，光绪二十年翁同?入院查点，仅存800册了。
《四库全书》的纂修是从《永乐大典》着手的，但其主体部分则来自全国各地献来的图书。当时乾隆命各地督抚采购、借抄、劝私人藏书家进呈，同时清理武英殿库房藏书，经各方努力，共收集到13176部书（据乾隆五十一年二月十六日刘墉奏折），这些书最初都交送到翰林院敬一亭，在每部首页盖上“翰林院印”满汉文大官印，外封皮上另盖木印，填写进书人、日期、部数、册数，以便发还。例如北京图书馆藏《太易钩玄》封面有木印：“乾隆三十八年十一月浙江巡抚三宝送到吴玉墀家藏《太易钩元》壹部计书壹本。”共三行。各地交送时造有清单，这些清单后来汇集成了《四库采进书目》，可以查阅。
各地献书集中于翰林院四库馆，先由四库馆臣分头审阅，写出内容提要，分出“著录”与“存目”两大块。“著录”即抄入《四库全书》，“存目”即仅存目录，不收其书。由于翰林院容不下这么大摊子，所以把抄录、装订这些事放在武英殿办理。至于特别罕见的重要书籍，又挑出138种用木活字排印为《武英殿聚珍版书》（内有4种刻板）。所以在办理《四库全书》时，凡是要抄录的“著录”书，均送武英殿，其余大宗的“存目”书、重本、禁书则仍存翰林院。
在《四库全书》办理过程中，乾隆帝曾于乾隆四十二年四月十二日、乾隆四十五年四月十三日两次下旨，要求把已办完的部分书和四库存目书发还各省藏书之家。但由于当时誊录、校勘工程极大，加之书籍清理困难，大臣缺乏责任心等原因，除发还两淮300种外，其余发还工作没有实施。
在《四库全书》誊抄完成后，“著录”各书原本（即《四库全书》底本）被收拾整齐，存放在翰林院，等于一部《四库全书》，供士子查阅。其余“存目”书、重本等9000余种曾于乾隆五十一年十月二十六日由永王容报请乾隆批准，“交与武英殿另行贮藏”。但不知何故，乾隆以后的许多记载，证明“存目”之书及重本9000余种仍存翰林院。是当初交武英殿后又移回翰林院，还是根本没按计划交武英殿，不得而知。例如嘉庆二十年福申从翰林院借抄“存目”书《掌录》等多种，他在跋中明确说：“《四库书》蓝本，贮署之东西库。其未入《四库》而仅存目者，分藏讲读、编检二厅。”同治十年孙诒让从翰林院借抄“存目”书《黄文简公介庵集》，载于《温州经籍志》卷二十五。光绪十年王懿荣从翰林院借抄“存目”书《止止堂集》（戚继光著）等等，都说明同治八年武英殿失火，殿内并无《四库》采进图书，所有《四库》采进书都在翰林院。
不过，正如《永乐大典》在翰林院有所丢失一样，《四库》采进本也有丢失现象。光绪初，杨晨从翰林院瀛洲亭得到天一阁进呈的抄本《叶海峰文》，光绪十七年返回家乡浙江黄岩时，就把该书带回家了。光绪二十七年叶海峰（良佩）的后人从杨晨那里借抄一部，刻印出来，杨晨在序言中记述了这件事，毫不隐讳，可见当时翰林院管理很不严格。
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