朱先生关于日本哲学的研究，具有如下的特点和学术贡献。首先，国内外关于日本哲学的研究著作不可谓少，但从认为“日本哲学是日本一定物质基础上的上层建筑，有它独特的前后相承的发展规律，但亦同时通过其自身的社会经济条件的社会内部的各种阶级斗争而接受了中国哲学的影响”，即以客观的、正确的立场、观点和方法来研究的却不可谓多。朱先生的《日本的朱子学》、《日本的古学及阳明学》、《日本哲学史》三部力作是其中的佼佼者，在国内外均具巨大影响。第二，与朱先生的其他研究一样，他的日本哲学研究一贯以翔实的史料为依据，具有强烈的实证性。如《日本的朱子学》所据原始资料包括各种丛书、大系、全书、全集等资料100多种，《日本的古学及阳明学》所据原始资料168种，《日本哲学史》所据原始资料146种。关于朱舜水的研究，虽然《文集》仅收入《朱舜水与日本文化》、《朱舜水与日本》两篇，总共不过21页。殊不知这是他将散在于中日两国的9种资料加以校勘补正，编集成《朱舜水集》（三联书店1981年）的基础上写成的研究论文。资料的可靠性完整性为中日两国之最。正是在此丰厚可靠的资料基础上，朱先生在《日本哲学史》中，整理概括出了——古代神话传说中的哲学思想萌芽、佛教哲学、儒学哲学（朱子学、古学、阳明学）、国学（神道哲学）、封建制解体过程中的新世界观萌芽、启蒙哲学、明治唯物论与无神论、西田哲学、日本的马克思主义哲学——这一日本哲学基本发展线索。所论均达到了一定的广度和深度。与日本流行的“日本无哲学”论形成鲜明的对照，使人耳目为之一新。第三，朱先生的这三部力作，不只是单纯的论述日本哲学，还着重地论述了中日哲学的相互影响。就中日两国哲学交流而言，学术界一般认为，在古代是中国影响日本，近代以后是日本影响中国。朱先生不满足于这种一般的泛论，而是以大量的史料具体指出，古代中国文献对日本《古事记》、《日本书纪》的影响，中国佛教对日本佛教的影响。更具体地指出贝原益轩的唯物论思想来自中国张载、罗整庵的传统，伊藤仁斋的唯物论思想来自吴廷翰的传统，荻生徂徕的哲学近似于颜元，日本阳明学派的中江藤树是受王龙溪思想的影响，阳明学的右翼是受刘蕺山的影响，阳明学的辩证法思想是受王龙溪、王心斋、李卓吾思想的影响。同时指出日本的古代哲学也曾对中国产生过影响，如荻生徂徕的《辩道》、《辩名》，道光年间就在中国出版。吉田松阴曾对中国的戊戌维新志士产生过影响。在论述近代以后日本哲学对中国影响的同时，也指出近代日本哲学仍然有中国思想的影响。如西田哲学中的禅学影响；幸德秋水是“从儒学进入社会主义”；中江兆民是“借《孟子》来提倡‘民权的主张’”，他的唯物主义“可以说是以《庄子》的思想为根据”。在中日哲学思想的交流中，他强调互动和互相影响的观点，不仅对哲学史研究有指导意义，对于文化交流史的研究也具有普遍意义。正因为朱先生的日本哲学研究具有这些特点，日本著名的思想史研究家铃木正教授，称朱先生开创并由后学所继承的中国的日本哲学研究为“朱学派……其后成为中国日本哲学研究的核心。……他播下的种子却在中国的哲学土壤发芽，今天扎根于各地的大学里”。足见其在国外影响之深远。
中外交通史研究是朱先生的又一强项。在这个领域里，他有《中国哲学对欧洲哲学的影响》、《扶桑国考证》、《哥伦布前一千年中国僧人发现美洲考》、《中国景教》等多部力作和论文。要说到这些业绩的地位和重要性，郭沫若先生说的“朱谦之和向达教授是我国治中外交通史方面最杰出的学者”的评价非常贴切。试以哥伦布前一千年中国人发现美洲说为例，此事最早（18世纪）由法国人提出，遂引起世界学者的关注。上个世纪30、60、80年代，曾在中国掀起过三次高潮，朱先生是前两次争论高潮的中心。二、三十年代，西方学者将中国文化看作是僵死的文化。出于对此论的反拨，他从文献学、民俗学、考古学三方面入手，求证在哥伦布前一千年中国人发现美洲的问题，重新发现了“历史的一段真实”。这就是他的《扶桑国考证》（万有文库本，商务印书馆，1940年，香港），以后又经增补后连载于《现代史学》杂志。由于当时正值抗战期间，又是在香港出版，故此书在内地流传不广，现已很难寻觅。60年代，前苏联的《知识就是力量》杂志又提出此问题，国外媒体频频报道。此时，朱先生接受记者采访，在北京大学作讲演，作成《慧琛年谱》，发表《哥伦布前一千年中国僧人发现美洲考》（《北京大学学报》1962年第4期）重申旧说。20世纪80年代末，在哥伦布发现美洲大陆500周年的前夕，墨西哥学者又旧事重提，经媒体报道，又哄动一时，时有文章发表。虽然此时先生已经作古，但细观此时发表的文章，所论范围以及论据仍不出以前先生之所论。先生的此论，在国内外学术界引起了强烈的争论，本在意料之中，可谓见仁见智。《文集》将40、60年代的四种版本合校增补为一，以《哥伦布前一千年中国僧人发现美洲说》为题收入。并将反对意见作为附录收于文后，便于读者全面了解当时的争论情况。这是非常可取的、公平公正的做法。随着时间的演进或考古的发现，当有朝一日此争论能够尘埃落定时，朱先生对此问题所作的铺垫性研究的贡献是功不可没的。
朱先生搜集之富，钻研之精，涉猎之广，治学之勤奋，待人之宽厚，在学术界是交口称道的。他的为学为人深深地影响着后学者。在跟随朱先生4年的研究生期间，系里为照顾老先生的身体和工作，规定向导师质疑时间为每周一次。而朱先生从来不限制我的质疑时间，告诉我有问题随时可来，只是不要在晚上8时以后，不要在星期五。因为先生的生活极有规律，工作极其勤奋。每天清早4时起身工作，一直笔耕至晚上8时就寝。星期五是他出街逛书店淘旧书的时间。每当我提出各种问题时，他从不正面地将答案告诉我，而是给我指定一批书目叫我去读，通过读书自己从中寻找答案。久而久之，自然而然地学会了独立从事研究问题的方法。使我终身受用不浅。
《文集》所收的著作和论文，反映了作者在各个历史时期的心迹与思索。虽然有些著作与当时时代的主流思想不一定完全相符，但却真实地反映了一个爱国知识分子，为振兴国家和民族文化，不断地坚持真理、修正错误，永不停止对真理的求索。
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