北京大学医学部在北大林林总总的诸多院所中有着“独树一帜”的气质，这缘于她特殊的领域与历史。从1912年的北京医学专门学校、1946年的北京大学医学院，到1952年脱离北大独立建院（北京医学院），再到2000年与北京大
北京大学医学部的前身是国立北京医学专门学校，诞生于1912年10月26日，是中国政府教育部依靠自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立医学校。近百年来，北医始终秉承“严谨求学的治学态度，热忱服务的献身精神”，为国家培养出无数高水平的医学人才。
北医的历史要追溯到1903年清政府在京师大学堂设立的医学实业馆，1904年改称医学馆，并迁至北京和平门外八角琉璃井由兴胜寺改建的馆舍。之后，辛亥革命的成功，一批从海外留学回来的医学教育家立志通过发展医学事业，增强人民的体质，以洗刷长期压在中国人头上的“东亚病夫”的耻辱。在这样的背景下，中国现代医学起步了。
1912年9月，中华民国教育部电召从日本留学归来正在筹建浙江省立医学专门学校的杭州人汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以白银10000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用，10月16日，中华民国教育部任命组织学教授汤尔和先生为北京医学专门学校第一任校长，并于10月26日颁发校章。
至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。当时教职工9人，首批学生72人。汤尔和在开学典礼上以“促进社会文化，促进文明，减少人们痛苦，用学术来和列强竞争”，定位学校之办学目的。汤尔和在建校后当年，根据医学教育的需要，结合中国国情制定了中国的《解剖条例》，多次呈文教育部请求公布，于1913年11月获准公布，这是中国第一个解剖法令，是北京医学专门学校对中国医学教育的一大贡献，使中国的医学发展真正建立在科学的基础上。
1923年9月，国立北京医学专门学校奉命改建为国立北京医科大学校，并首次将医学生学制设为六年制，学制分预科、本科两级。预科两年、本科四年。国立北京医科大学校是中国最早改为六年制的医学校。它对中国医学教育的发展，起到了积极作用。
1927年8月6日，当时的奉系军阀张作霖颁布大元帅令，将北京所有国立高等学校改组，成立京师大学校，由奉系军阀刘哲担任校长，规定原国立九校除北京大学分为两个科外，其余各校均为大学校的一个科，北京医科大学校改名为“国立京师大学校医科”。教育部派耳鼻喉科教授孙柳溪为医科学长，主持全科事务。1928年11月，京师大学校改组为国立北平大学，医科改称医学院。北医在动荡的时期，坚强的树立着，并没有在动乱的时候倒下。
抗日战争伊始，国立北平大学、北平师范大学和北洋工学院迁往西安，并于1937年在西安组织了国立西安临时大学。1938年1月，当时的教育部将原北京大学和北平大学合并办起“国立北京大学”，医学院为下设的六个学院之一。5月复课，并接收燕京大学和协和医学院师生继续学院的教学。同年4月，西安临时大学改为国立西北联合大学，与同一时期在昆明成立的国立西南联合大学南北呼应，这两所大学融汇了内迁的当时国内主要高等学校。1939年8月，西北联合大学改名为国立西北大学，仅设文、理、法商三个学院。原北平大学医学院在这时独立，称“国立西北医学院”，徐佐夏教授任院长。
抗战胜利后，北京大学在北平复原，胡适任校长，医学院并入北京大学，成为北京大学医学院。院长先后由马文昭教授、沈钧淇教授、胡传揆教授担任，胡传揆教授还担任了医学院附属医院院长。1952年全国高等学校院系调整，北京大学医学院从北京大学分离出来，独立建院，定名为北京医学院，院长为胡传揆教授，直属中央卫生部领导，办学经费由中央财政部转中央卫生部拨付。这时，北医校址迁至今日的北京市海淀区学院路38号。1959年，北京医学院被国家确定为全国十六所重点院校之一。
随着改革开放，北医的历史也出现了繁荣，经过几代人的努力，成就了今日的北医。在1984年经国务院批准，在全国重点建设10所大学，北京医学院是唯一的一所医学院校。这一年北京医学院培养出我国首批医学博士生。同时，我国首批临床医学研究生开始在校接受学习。
1985年，北京医学院更名为北京医科大学，运动学专家曲绵域教授任校长。
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