1944年出生于福建省仙游县，1964年8月毕业于厦门大学生物系，1988年英国自然历史博物馆高级访问学者。1989年任中国科学院水生生物研究所研究员，1991年
至1995年任中国科学院水生生物研究所所长，1995年至2003年任中国科学院副院长。2003年12月任国家自然科学基金委员会主任。
中国共产党第十四、十五、十七次全国代表大会代表，第六、七届全国人民代表大会代表，第十、十一届全国人民代表大会常务委员会委员，第十、十一届全国人大环境与资源保护委员会委员。
主要从事淡水鱼类分类和系统进化的研究，是淡水和海洋水域生态系统联网研究的主要学术带头人。曾任国际地圈生物圈计划（IGBP）中国委员会主席，现任国际生物多样性计划（DIVERSITAS）中国委员会主席。发表学术论文110余篇，主编和参加编写10余部专著、译著，《鲤形目鱼类系统发育的研究》等10项成果曾获国家或中国科学院自然科学奖或科技进步奖。
奥运会开幕式的前一天，8月7日下午，国家自然科学基金委员会主任、中国科学院院士陈宜瑜终于同意抽点时间接受采访了。
基金委机关坐落在北京市区北边，不大的院落里，只有一栋六层的小楼。大门前的那条小马路和周围的小商铺，乱哄哄的，像是在城乡接合部。陈宜瑜主任办公室的陈设更是简单，迎门放着一圈沙发，一个办公桌，书柜里、桌上、窗台上，甚至房角的地上都堆着各种书籍。这样简朴平实的地方，2008年却掌控着自然科学基金60多亿元。
没有客套，陈宜瑜开口就说：“我的历程很简单，就是‘不断学习’，从我记事到现在，我没有一刻停下学习的脚步。”
第一阶段：无奈神童
陈宜瑜的祖父是中医，他父亲虽没有秉承父业，改学西医，但孩子要读书识字的中华传统却是陈父十分重视的。两三岁时，陈父就开始教陈宜瑜认字。教了，天资聪慧的陈宜瑜就认得、记得。他学说话和学认字几乎是同步进行的。他4岁时，家里又添了弟弟、妹妹，父母觉得管不过来了，决定送陈宜瑜上小学，而且是二年级插班。书倒是读的不错，可是4岁的孩子却不能独自往返学校。两三个月之后，只好退学了。不到6岁时，父母又送他插班读四年级。1953年，刚刚9岁的陈宜瑜小学毕业了。按当时的升学规定，应届毕业生不受年龄限制，非应届毕业生年满12周岁才能报考初中，年满15周岁才能报考高中。他只能义无反顾地硬着头皮考上了初中，15岁又考上了大学，成为当时最年少的大学生之一，也成为大家公认的“神童”。
谈起这段经历，陈宜瑜的心情是无可奈何，被他自嘲为“荒唐的神童时代”。他说，我就不赞成什么少年班。童心童趣完全被剥夺了，连玩儿的游戏都跟不上大孩子的节奏。在中学时同学们都打篮球了，他还在玩小皮球；他入少先队时，别人该入团了。那时他还不明白为什么读书，所以学业在班里一直排名中不溜儿。对此他并不在意，高考考场设在离仙游40余公里的莆田县，学校组织三天前入驻赴考，他居然一本教科书不带就去了。
考大学时深受父亲影响的陈宜瑜本想学医的，还因为第一志愿的中国医科大学的学制是8年，他可以一口气读下来，可以充分发挥自己的年龄优势，可是因为“中不溜儿的学习水平”没有被选入中国医科大学，但却非常幸运地被厦门大学生物系所录取。刚刚入学的陈宜瑜，只有一米五的个头，又矮又瘦，整个儿一个小孩儿，在无可竞争的情况下，只是想家，想玩……一直读到大学三年级，他学习的积极性和自觉性终于在这时“开窍”了。他开始关注学习成绩，积极主动上进。适逢学制由四年制改为五年制，他毅然选择了五年制，专业选择了“海洋生物学”，就是因为厦大在海洋生物学方面是最有特色的。
聪明加上勤奋，陈宜瑜学习成绩和他的身高一起拔节飞升。大学的最后一年，在指导老师张其永的建议和指导下，做毕业论文时他选择了鲷科鱼类平鲷的性腺发育。陈宜瑜说：“我用了很短时间，采了标本，做了切片，细心观察，发现鲷科鱼类在发育过程中性腺有明显的性转逆现象，存在雌雄同步发育和由雄到雌的逆转过程。这是一个很有趣的结果，作为一篇大学本科生的毕业论文当然无缘发表。我在70年代才见到国际上有正式的论文来讨论鲷科鱼类的这个规律。”
厦门大学的五年，陈宜瑜终于完成了从一个“神童”成长为热爱并立志从事海洋鱼类研究的科研人员的角色转变，20岁身高一米八零的他，化蛹为蝶。
回忆厦门大学后的学习经历，陈宜瑜深有感触地说：“年轻人思想活跃、敏锐，是最能出成果的阶段。自然科学基金要扩大对青年基金的支持，就是为了对年轻人进行严格的从事基础研究的训练，这对年轻人的一生都有很好的指导意义。”
第二阶段：社会大学
大学毕业后，陈宜瑜被分配到在武汉的中国科学院水生生物研究所。厦门大学与水生所的关系源远流长，厦大也为历来给水生所推荐的学生都是最优秀的而备感自豪。
但是原本可以迅速成长为鱼类研究专家的陈宜瑜，却无一例外地被卷入了当时中国阶级斗争的漩涡。从1964年到1973年，他参加四清工作，投入文革运动，后来又不断适应形势需要改换研究方向。
1964年，刚刚分配到中科院水生生物研究所的陈宜瑜就参加了四清运动。他参加了两期农村四清和一期城镇四清，丰富多彩的社会画卷让他新奇、兴奋和激动，也吸引他不断地去琢磨和学习。在四清工作的第三期，陈宜瑜被任命为一个大队的四清工作组副组长。摆在这位22岁的大学生面前的是怎么去做农村工作，怎么去管理一个生产队。仿佛是在考验他，1966年的江汉平原，春季脑膜炎流行，夏季又逢大旱。对于脑膜炎，他采取高度封闭的措施，全大队只许出不许进。与外界隔离的结果是全大队无一人感染脑膜炎。干旱的棉花都要枯死了，农民说，棉花不能浇灌，一浇就死了。他说，浇！死了我负责！秋收时，棉花不仅获得了丰收，而且产量还非常高。谈到这段经历，陈宜瑜说，与农民同吃同住同劳动，睡在草房的堂屋与牛为伍，点着油灯偷看扫“四旧”收缴的一些古籍，与朴实的农民嬉笑同乐，真有点乐不思蜀。
1966年底，文革风暴席卷中国大地。干什么都十分投入的陈宜瑜一被召回到水生所，就立刻全身心地投入到这场“史无前例”的大革命中。政治上懵懵懂懂的他很快就组建了“战斗队”，很有组织才能的他又很快成了“保守派”的一号头目。1967年的“七・二○”以后，他成为中科院武汉分院最大的“坏头头”，被关入“牛棚”挨批斗，之后又“被解放”。他的政治命运和当时中国的政治斗争一样，潮起潮落。
从生产队的小头头，到群众组织的大头头，从“牛棚”进去又出来，回首这段往事，虽然仿佛是一场荒唐的闹剧，但也使陈宜瑜对社会有了比较深刻的认识。他说：“这一段经历真是丰富极了，真是一个社会大学校，也是一个学习过程，对我今后的人生成长，影响是相当大的。”
文化大革命中科学院所属研究所下放到地方，水生所的科研方向就不断变动。陈宜瑜只得随着所里研究方向的变动而变动。但是他不是消极地应对，而是积极参与其中。1969年他参加了湖北省渔业调查，调查组中有著名的鱼类生态学家，有具有丰富实践经验的养殖学家，只有他是一名淡水渔业的新兵。他说：“在四五个月间，我跟他们一起几乎跑遍了湖北的知名养殖场，其中有水库养殖、围栏养殖、池塘养殖的典型，有许多群众创造的新的养殖模式，也有一些新的技术，包括了从苗种繁育、饲养技术到捕捞加工的全过程。”调查组很快就解散了，但陈宜瑜一直坚持将调查结果整理总结成调查报告。他说：“那是我对淡水渔业一次最好的学习机会，也是我学术生涯的发蒙。”
在之后水生所全所又都转入“三废”（废物、废水、废气）利用的研究，陈宜瑜开始接触到环境问题，他又立刻把环境问题的研究纳入其学习范畴，他参加过石化碱渣的微生物发酵，做过活性污泥的培养。1972年陈宜瑜带队开展了对鸭儿湖的污染生态调查，这是一个典型的农药化工污染的例子。这件事陈宜瑜印象深刻。他回忆说：“由于长时间的污染排放，污染物的积累，对水生生物产生了直接影响，湖里鱼类几乎绝迹，唯一能存活的只有鲫鱼，它体内的有机氯、有机磷大大超标，存活的鱼体脊椎骨都弯曲畸形了。而这些鱼类还被提供为食品。”环境面临的严峻形势，陈宜瑜对环境问题的研究产生了极大兴趣，不断的调查和学习，使他获得了大量的相关知识。
1973年水生所回归科学院，原建制也随之恢复，老同志纷纷回到原来的研究室。但依恋水环境研究这一生长点的陈宜瑜却在执笔起草成立第六研究室――水污染研究室的建议。当他相当艰辛地完成了报告之后，也是在新的研究室成立前夕，所里却又决定把他调回一室――鱼类学研究室。
整整9年，这位厦门大学海洋生物学专业毕业的高材生，未能专注于自己的鱼类学专业。对于这一段经历，他说：“我们这一代科研人员绝大部分的经历都与我相同。有些人认为那一段时间虚度了，被浪费掉了，我却不这么看。对于四清和文革怎么评价是另外一个问题。对于我个人，我觉得是上了一个社会大学，有在学校里永远学不到的内容，是我宝贵的人生经历，是知识和经验的积累。”
第三阶段：名师高徒
1973年，陈宜瑜被调回鱼类学研究室是水生生物所伍献文先生的建议。伍先生是著名动物学家、鱼类学家、线虫学家。他独具慧眼，十分看好这个好学、踏实、认真又聪明的年轻人。其时伍先生正以73岁的高龄致力于《中国鲤科鱼类志》下卷的编纂。他对陈宜瑜说：“你试着把鲤科的鳅?亚科完成吧！”鲤科有12个亚科，鳅?亚科是最后一个亚科也是比较小的一个亚科。
当时的陈宜瑜也许并没有意识到他人生的转折点将由此开始，将由此迈入科学家的行列。他一如既往地全身心投入到这个亚科的研究中。
伍先生对年轻人的指导不是手把手地教，而是告诉你基本规律，教你如何去查文献，测量标本，如何去判断形状特征。陈宜瑜不仅很快就完成了鳅?亚科的整理工作，而且这种分类学训练方法为他今后的研究打下了扎实的基础。
1977年，《中国鲤科鱼类志》下卷出版了。该书是研究中国淡水鱼类的必备文献，也是研究全世界鲤科鱼类的重要资料。伍献文先生又提出一个新的目标：一直以来中国人在鱼类的分类研究方面采用的都是外国科学家的系统，我们中国有这么丰富的资源，应该拿出我们对鲤形目或鲤科鱼类分类系统的新观点。
陈宜瑜说：“我们立刻开始了此项研究。但是在开始收集资料的时候，就发现国外有很多理论我们看不懂，不仅是鱼类的分类和研究，而且是整个生物系统发育理论。我们发现在文革的十年中，国际上在这一方面已经发生了天翻地覆的变化。国外关于系统发育的文章我们根本无法理解，不仅是国外开始做细胞学与生物化学相关的一些研究，更重要的是出现了一些新的理论和全新的概念。有些关键的词条在字典中也找不到，对这些词的含义更是一头雾水。因为这个词代表了一个概念，要先把概念弄明白，才能知道这个词表述的意思。比如最初接触到Cladis鄄tics时我们简直不知道它的确切含义，后来我们把它翻译成‘分支分类学’（也有人翻译为‘支序分类学’）。这是一位德国科学家提出的一套与传统分类学完全不同的一个系统分类学概念，要求追寻整个生物系统之间的直接血缘关系。用新的特征分析方法替代传统的相似性分析，好像一个父亲和儿子的血缘关系不能简单地根据长的像不像就把他归类。他在1960年发表的第一篇短文也就几千字，为了啃懂这个文章，我整整用了三个月时间。”
1982年，为了深化对这些理论的了解，陈宜瑜他们请了英国著名的鱼类学家格林伍德来参加学术会议，让他到会上去讲什么是Cladistics。做事认真的陈宜瑜说：“我怕大家听不懂，专门写了一个油印本，把我以前理解的基本要点提出来，让与会者在会前先了解，以便能听懂那位英国科学家说的是什么。”这是对全国生物学界的启蒙教育，对推动国内整个的生物系统学的进步有很大意义。当时关注这一理论发展的，除了伍献文外还有陈世骧、周明镇等学术前辈。为了学习，陈宜瑜曾登门向陈世骧先生借阅了国内唯一的一本英文原著。因此，陈宜瑜也将油印本送呈陈世骧先生指正。陈世骧和周明镇这两位生物学界的权威人士看过之后说，正在编写的大百科全书中，Cladistics条目只有叫陈宜瑜来写，只有他能用简明的文字说明白这个理论的要点。
在伍献文的指导下，陈宜瑜和他的同事用新的理论和分析方法完成了鲤形目鱼类分科系统和科间系统发育的研究，提出了鲤形目分科和鲤科下属亚科的新的分类系统。这个系统得到学术界的普遍接受，而且推进了新的系统学理论在我国的普遍应用。
为了让国内学者了解新的理论和方法，陈宜瑜、张弥曼、周明镇等选择了国际上最具有代表性的理论文章翻译成集，于1983年出版了《分支系统学译文集》。接下来陈宜瑜他们又引进了跟这个学派相关的另外一个新的理论，用同样的方法翻译出版了《隔离分化生物地理学译文集》。这个理论是把生命的发生、变化和地球的发展、变化紧密联系起来了。“就是我们生物学家从生物学的角度就能够解释地球的某种现象，证实或补充了地质学家解释的一些现象。”
1975年，陈宜瑜参加了中国科学院青藏高原综合科学考察队，这是一次最全面的对青藏高原鱼类的考察和研究。他通过对裂腹鱼类的起源和演化的分析，探讨了高原隆起的时代、幅度和形式，证明高原在第三纪晚期以后曾经历过3次急剧上升和相对稳定的交替阶段，并推测了3次隆升的幅度；在云南泸沽湖的考察中，提出了可用于解释云贵高原某些湖泊区系起源的同域成种进化模式，及边域快速成种的实例。
参加青藏高原综合科学考察也是陈宜瑜最难忘的一段经历，他认为是一段最好的学科交叉的学习过程。考察队有地质、地球物理、自然地理、植物、动物、湖泊、古生物等几十个专业的科学家，不同学科的队友们之间经常相互学习、相互交流，这些交流大大拓宽了陈宜瑜的视野，不仅深化了他对本专业的认识，而且对后来他出任领导岗位大有裨益。
他说：“对于学科交叉的学习我是全身心投入了几十年。”
从1973年到1983年，整整10年，在老一辈科学家的指导与帮助下，陈宜瑜在学术领域不断学习，不断取得成果。他不仅对于鲤科和平鳍鳅科鱼类进行过系统的分类研究，记录和发现了5个新属30多个新种，而且还在白鳍豚的研究、湖泊水体生物生产力综合开发等领域作出开创性的工作。
第四阶段：学无止境
1991年，跨入中国科学院院士行列的陈宜瑜被任命为中国科学院水生生物研究所所长，1995年出任中国科学院副院长；2003年底，又调任国家自然科学基金委员会主任。
担任水生所所长之后，陈宜瑜又开始了新的角色转变，从一个一心一意做科学研究的科学家变成一个管理者。特别是他担任了中国科学院副院长之后，更是要在一个全新的领域开展工作了。陈宜瑜说：“我又开始了一个新的学习过程。”
陈宜瑜分管科学院资源环境领域的工作，“实际上主要是地球科学领域，跟我所学的专业生命科学完全是两个领域。关于地学的知识，虽然这些年有一些了解，但也只是皮毛，而且仅限于一般的地理学，对于固体地球科学可以说是一无所知。”陈宜瑜说，“但是我现在在这个领导岗位上，首先，地学科学家说的东西我要能听得懂，其次，我还要在某些方面能够发表一些意见，更重要的是，要让自己具备战略思考的能力。”新一轮的学习开始了，这时的陈宜瑜已年过半百。
毫无捷径，陈宜瑜像小学生一样从头学起。他一次又一次地登门求教，拜访地学界老一辈科学家涂光炽、叶笃正、刘东生、陈述彭、刘光鼎等，不仅向他们虚心请教问题，还请他们推荐有关书籍，从科普册子到教科书到专著，听不懂就读，读不懂就问。他一个人在中关村科学院招待所住了一年多，白天熟悉机关管理，晚上恶补科学知识。从板块漂移到大陆动力学，从遥感到卫星定位和地理信息系统，从地震波反演到岩石圈结构，从地球化学到成矿理论，从黄土沉积到地球环境变化，从海陆气相互作用到气候模式……他的视野在慢慢扩大，逐步能想像出一个完整的地球，能认识到从大气圈到生物圈到岩石圈甚至到地幔的相互作用。这期间读过多少书也许只有他自己知道。
在这期间他又新交了一些朋友，如安芷生、欧阳自远、秦大河、丁仲礼，亦师亦友，对他学习新知识给予很大的帮助。
中国科学院知识创新工程试点工作的不断推进过程中，为适应国际国内飞速变化的形势，科学院要不断凝练科技目标，调整科技布局结构，改革管理体制等进行一系列变革。陈宜瑜提出“三片一线”研究基地建设的设想，在科学院党组领导下，整合了地球物理所与地质所，沙漠所、冰川冻土所和高原大气所，新疆生土所和地理所，新建了地球环境所和青藏高原研究所，每走一步都要充分调研、深思熟虑。如此全身心的投入，使身为中国科学院生命与医学科学学部主任的陈宜瑜经常被误认为是地学部的院士。
不仅如此，人事制度、劳资关系、财务管理、园区建设也都有学问，他都要边学边问，也就成为行家里手了。
在中国科学院担任副院长的9年时间里，从生物学家成长为科学管理专家，陈宜瑜又完成了一次新的蜕变，个中的“不简单”，个中的“艰辛”，可想而知。
担任国家自然科学基金委员会主任后，陈宜瑜认为是一个新的挑战。国家对于基础研究的经费投入逐年增加，自然科学基金近5年翻了一番，到2008年已达到54亿元人民币，怎么管好、用好，责任重大。从到基金委的第一天陈宜瑜又开始了新的学习历程。他说：“唐敖庆、张存浩、陈佳洱等前几届主任已经建立了一个较好的评审制度，我要做的就是不断完善它。”用科学发展观去认识基础研究的基本规律，去调整资助格局，用不同的学科特点去扶持学科领域和人才的成长，对他是新的课题。陈宜瑜笑道，已过花甲之年再学“数理化”，为时晚矣。
“天琢自然成，科学觅真知”，这是陈宜瑜给中国科学院生态系统观测研究网络的贡嘎山站的题词，也是他自身历程的写照。
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