纳粹德国入侵波兰后，波兰犹太人很多逃到立陶宛，立陶宛也有犹太人。他
此后他连续两次发电报给东京，反复强调犹太人的危难处境，并保证在日本至多停留30天，可得到的答复依然是“不”。杉原千亩最后决心抗命，救助那些可怜的犹太人，尽管他知道这样做的结果会丢官，会连累家人。他对妻子说：“我只能听从上帝的召唤，不能再听外务省的了。”从1940年7月31日他便手不停挥地签发过境签证。8月下旬，杉原接到政府命令，要他立即停发签证，因为大批犹太人抵达横滨和神户，已造成混乱。杉原千亩这时一门心思搭救犹太难民，其他一切都置之度外，照签不误。这年7月成为苏联加盟共和国的立陶宛由于形势日益紧张，关闭所有在考纳斯的领事馆。杉原千亩一家8月份的最后三天是在旅馆度过的，在旅馆他也是尽力签发。9月1日乘火车要撤离立陶宛前往柏林，他更是埋头签发，火车将要开动时，他把签证扔向等候在车厢外的犹太人。
杉原千亩出生于1900年1月1日，父亲是医生，母亲出身武士世家。他考上了早稻田大学，学的是英语文学专业，又掌握了俄语和德语。在他供职于外务省时，被派往伪满洲国，担任要职。在中国东北，他目睹日本军人对中国人所实施的暴行，愤而辞职。他富有正义感，是个人道主义者。
战后，由于擅自签证问题杉原千亩被政府免职，他改名为杉原先方，最后在一家与苏联做生意的日本公司找到一份口译和笔译的工作，养家糊口，过起了平静的日子。直到1968年他才渐渐为人所知：一个犹太人怀揣一份28年前的签证来日本寻找他的救命恩人。他说：“要不是杉原千亩先生，恐怕又有数千名犹太人惨遭纳粹的毒手。”
1972年，以色列政府向杉原千亩颁发“以色列建国的恩人”和“国际义士”的铭牌，他的名字也镌刻在西耶路撒冷大屠杀纪念馆的英雄芳名匾上。芳名匾的上方刻有这样一句话：“救人一命，有如拯救了整个世界”。
以色列政府的表彰并没有改善杉原的生活景况，心力交瘁的他于1986年撒手人寰。出殡之日许多犹太人前来吊唁，邻里这才知道“杉原先方”原来是拯救过数千生命的大英雄。他的夫人由纪子用日文撰写了《六千张签证》一书，从此杉原千亩便以“日本辛德勒”名扬天下，但日本当局不为所动，依然对其冷处理。
在以色列和美国的压力下，日本政府正式承认了杉原千亩的正义事迹。2000年10月10日，日本首次为“日本辛德勒”举办了纪念活动，同时也为他百年诞辰纪念碑揭幕。日本明仁天皇和美智子皇后出访欧洲时，还特意来到立陶宛的考纳斯，瞻仰杉原千亩的纪念碑。对杉原千亩的肯定和表彰迟到了半个多世纪，但他毕竟得到了认可。
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