2009年注定将成为陈来人生中值得铭记的一年。这一年，他离开了自己度过三十余年岁月的北京大学；这一年，他出任新成立的清华大学国学研究院院长一职；这一年，他二十多来写下的主要学术作品辑为“陈来学术论著集”，
谈到“陈来学术论著集”的出版，陈来说：“大概2005年、2006年的时候，三联就提出给我出一套著作集，当时我没敢接受，毕竟，三联只给陈寅恪、钱钟书这样的大师级学者出过文集，像我这样的中年学者出著作集，是否有点冒天下之大不韪呢？大约过了两年，我才答应此事。”
由论著集的书目，大致可以看出陈来学术上的成就。整套书由12种图书构成：《古代宗教与伦理》等3本是关于先秦思想文化的探讨；《朱子哲学研究》等7本是关于宋元明清理学的研究；《传统与现代：人文主义的世界》等2本关注的则是儒学的现代命运及现实意义。12本书放在一起，贯通了从三代到当代的历史，几乎可称作一部儒家思想的通史。
对于自己的学术工作，陈来最为满意的是朱子学、阳明学、船山学的研究。
朱子学方面，他在博士论文基础上完成的《朱子哲学研究》被誉为“为中国哲学研究树立典范”之作，面世后二十多年来，在这个题目上，迄今未有超越之作。他的《朱子书信编年考证》则展现了深厚的考证功力，在国内外学界赢得了巨大声誉。
阳明学方面，他的《有无之境――王阳明哲学的精神》在哲学史研究、比较哲学研究、文献史料研究、文化问题研究几个方面都达到了很高水准，学界认为，此书将国内阳明学提高到了世界一流的水平。陈来坦言，在自己诸多著作中，这也是他最喜欢的一本。
船山学方面，他的《诠释与重建――王船山的哲学精神》对以往的王船山研究是一种“颠覆”――他认为，王船山并非所谓“启蒙思想家”，而是“正统的重建”；王船山不是“反封建”，而仍是在“封建”中试图恢复正统。“王船山并不是反朱子。我们以前只注意他早期著作，没有注意他中期的著作，所以错误地以为他是反朱子的。特别是在四书的诠释上，他后期的《四书训义》并非反对朱熹，而是处处接着朱熹讲。”陈来说。
对于自己研究先秦思想文化的三本书，陈来认为，它们似乎没有得到历史学界应有的重视，但他自己还是非常珍视。陈来告诉记者：“《古代宗教与伦理》不同于我的理学研究的进路，它大量运用了宗教学、人类学、原始文化研究、神话学的理论和方法，来梳理中国早期文化发展的三个阶段：巫觋文化、祭祀文化和礼乐文化；它们分别对应着原始宗教、自然宗教和伦理宗教三种宗教形态。由此出发，能够较好地说明儒家思想的根源。”
陈来说，以前像章太炎等学者“原儒”，采用的是字源学的方法，认为儒从巫发展而来。而陈来认为，巫和儒之间有太久的时间间隔，从巫术中产生出相当程度上理性化和“脱魅”了的儒学来，几乎不可能。“儒家思想是接续着三代文化的传统的。因此，离开了三代以来的中国文化发展，孤立地考察‘儒’字的源流，就难以真正解决儒家思想起源这一思想史的问题。”《古代思想文化的世界》则是第一部春秋时代的思想史。
在研究先秦思想文化的三本书中，《竹帛〈五行〉与简帛研究》是首次出版的新著，在书中，陈来亦提出了不少新见。例如，关于思孟学派，他认为思、孟是诠释与被诠释的关系。马王堆帛书《五行》篇有经部、说部，经部乃子思所作已得到公认，陈来则提出，说部乃孟子所作。《荀子・非十二子》一篇中有一段话写道：“略法先王而不知其统，犹然而材剧志大，闻见杂博，案往旧造说，谓之五行。甚僻违而无类，幽隐而无说，闭约而无解，案饰其辞而祗敬之曰：此真先君子之言也。子思唱之，孟轲和之。”陈来认为，所谓“子思唱之，孟轲和之”，讲的就是《五行》篇经部、说部的关系。“以前不少人对思孟学派的存在表示怀疑，如果我的说法是正确的，那么，思孟学派的存在就从文献上得到了证明。”陈来说。
对于陈来这一代人来说，走上学术之途的道路注定是曲折的。
1969年，他17岁，差不多是今天人们上大学的年龄，他遇上的时代潮流却是上山下乡。那年春天，他离开母校北京三十五中，奔赴乌兰布和沙漠，加入内蒙古生产建设兵团，开始了一段“劳其筋骨，饿其体肤”的生活。好在1973年他有机会被推荐上工农兵大学，但读的是位于长沙的中南矿业学院地质系，既非名校，也不是他心仪的文史专业。在前往长沙的火车上，他心头反复回响的曲子却是《红楼梦》里的那首《终身误》：“纵然是齐眉举案，到底意难平。”
不过，命运终究不是全由上天决定，自由意志偶尔还是会有一点施展的空间。对于陈来，最重要的也许是，即使在内蒙屯垦戍边的岁月里，他也读了一些书，读马、恩、列的著作是他最早的哲学训练，中国书方面则读了范文澜《中国通史简编》、游国恩《中国文学史》、邓广铭《稼轩词编年笺注》、《唐诗三百首》、三曹、白居易等文史图书。上大学期间，由于没有考试和作业的负担，开始大量阅读哲学、社科、文史书籍，《马恩选集》、《列宁选集》、周一良的《世界通史》、敦尼克的《世界哲学史》等。印象非常深刻的是，读了希腊哲学史之后，再看马克思的《数学手稿》，一下子就明白了。
“批林批孔”期间，读北大编的《儒法斗争史》和杨荣国的《中国古代思想史》，是他第一次比较系统地接触中国思想史。在批孔的时候接触儒家思想，陈来发现，自己是认同孔子和儒家伦理学说的。
陈来学术道路上最关键的一步应该是1978年考入北大读中国哲学史专业的研究生。在北大，他遇到了一生中最重要的老师――著名哲学史家张岱年先生。“从研究生的考取、入门的指引，到文章的推荐发表、毕业的留校，以及博士论文的指导、论文的出版，张先生无处不给我以帮助，他为把我引入学术道路实在是花了不少心血。”陈来回忆道。
在陈来看来，张岱年先生在国内外学术界的崇高地位与影响，主要来自于他对中国哲学思想资料的全面把握和准确诠释。“在这个意义上，我可以自豪地说，我是张先生治学方法的正宗传人。我从张先生学到的治学方法，说来也很明白，这就是张先生经常重复的司马迁的名言：‘好学深思，心知其意。’”陈来说。
陈来学生道路上另一位重要老师是著名哲学家、哲学史家冯友兰先生。他曾经有几年时间做冯先生的学术助手，帮冯先生写作《中国哲学史新编》，这个过程，当然也是很好的学习机会。在张先生那里，陈来学到的是具体的治学方法；而在冯先生这里，他获得的是一种道学气象的浸染。
1978年之后的学术道路可谓遂顺，伴随着一部部专著、一篇篇论文的产出，陈来的学术地位亦不断提升。不过，偶尔有几次，他很不开心。
1990年，辽宁教育出版社计划出版“国学丛书”，张岱年先生作主编，陈来写了一册《宋明理学》。“国学丛书”出版后，国内以“国学”命名的出版物接连出现。1993年，人民日报报道了北大学者从事国学研究的情况。这引起了一些反对传统文化的人的注意，一家杂志刊登文章，认为“国学”的概念是排斥社会主义文化的可疑观念。张岱年先生对陈来说：“现在看来有种种误解，研究国学不是复古，你可以给他们打个电话。”陈来打了电话，但误解并没有消除，反而引来了进一步的批判。
2000年左右，他写了一篇讨论梁漱溟的文化观的文章，投给《北京大学学报》，居然被退了回来，理由是“文章敏感”，他回头将文章投给《武汉大学学报》，很快在头条的位置刊出了。“这篇文章会有什么敏感的？其实是，当时《北京大学学报》主事者完全是新文化时期的观念，你如果稍稍偏离这种观念，他就不能接受。所以，《北京大学学报》只能登打倒传统、批判儒家的文章，对此，我非常不以为然。”陈来说。
实际上，整个80年代、90年代，国学往往被人们认为是保守的、落后的、阻碍现代化的，不时受到一些打压。陈来也被目为“文化保守”的代表，甚至，有人骂陈来发出的是“封建主义的呼声”。国学的地位真正有所改变其实是近几年来，这就是当下所谓的“国学热”。
“伴随着中国经济的高速发展，中国文化的复兴已是一个不争的事实，在这个背景下，儒家文化的复兴也是一个不争的事实。儒家文化的复兴不是少数几个人促成的，也不是上面推动的，而是反映了民间的需求。在中国文化的复兴中，儒家文化一定会占有一个位置。”陈来说。
在陈来看来，儒家文化复兴也好，儒家哲学复兴也好，都不会是一花独放，一枝独秀,而将是多元中的一元。“儒学在当代的意义主要在几个方面：一是社会伦理方面，二是个人的道德修养方面，三是个人精神和心灵的安顿方面。儒学复兴不涉及政治制度的重新安排，与社会主义、自由主义都没有直接的冲突。因此，我对儒学发展的前景是乐观的。”陈来说。
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