一个校长的办学理念是引领学校发展的核心价值观，对施建军而言，他所认同的大学文化是什么？“一言以蔽之，独立的大学精神，自由的学术思想。”在施建军看来，大学文化包括民主文化、自由文化、创新文化和宽容文化，特别是要允许教授独立思考，独立表达自己的学术见解，让思想能飞翔起来，是大学之精神和灵魂。“要敢于和权力叫板，敢于不信书，不唯书，不唯上，只唯实，这都是大学核心价值和理念体系。”
目前，大学行政化问题备受公众关注。对此，施建军态度鲜明：“著名的教授抢当处长，是一件非常让人痛心的事情。”施建军认为，应还原学术的主体性，打破传统的行政配置资源的方式。他到外经贸大的第一件事，就是把大学委员会里边的院长比重降低，加大普通教授的比重，他的目标是，外经贸大的学术委员会、学位委员会、教学委员会，包括各种管理委员会，普通教授的比例要达到1/2，让普通教授更多在教学科研中有发言权，降低行政对行政资源的分配。现在，在外经贸大，院长不得申请校内的成果，不得申请校内的课题，施建军的目的是，让更多的教授能够参与，“一定不能让教授被管理，而是让教授被服务”。
目前，国内高校基本是以科研成绩作为教师晋升职称和获取相关福利的重要依据，现在通行以论文的数量，或者以发表论文的刊物规格作为考核的标准。量化的学术评价体系虽然广受批评，但是，目前学界也没有拿出更好的替代量化考核的学术考评机制。就此，施建军认为，“这是一般性和特殊性的问题”。他举例说明，比如，有人也许只写了一篇文章，但这篇文章是传世之作，是科学研究的重要创新，可能就获得诺贝尔奖了；也许有人写了一辈子文章，甚至发表文章的级别很高，但是也没有任何人理会他。所以，不能简单用数量和质量来进行评价，更多是看学者在一个学科的创造性的贡献，和创造性思想的发明。
施建军坦言，作为大学校长，一位管理者，人和财都是管理的重要因素。一般而言，“跑部进钱”是大学获得资金的重要途径，但在他看来，大学校长筹资有多条途径，比如，在地方和企业、政府的合作中获得资源，充分利用校内财务杠杆的作用，提高创收能力，同时，通过校友会和基金会等组织，加大向社会获取捐助的能力。施建军戏称，“大学校长就是捧着金饭碗要饭的人”，而担任南京大学副校长14年间，他是中国高校获得社会捐助最多的校长之一。
但是，“现在我们的社会环境对教育家不宽容，教育家处于两难之间”。施建军认为，现在要出教育家很难，“批评教育的人很多，但是经常是以点盖面，以偏概全”，而一个宽松的社会环境，是教育家成长的土壤。
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