“211工程”是一股强劲的东风，给南京理工大学向更高目标跨越增添了新的动力，南京理工大学由此驶上了建设与发展的“高速轨道”。经过“211工程”“九五”期间的建设，学校的硬件设施大变样，学校的整体办学水平实现了大跨越。
在“211工程”“九五”建设期间，学校的博士后流动站从3个增加到9个，新增了7个一级学科博士点，二级学科博士点从15个增加到29个，硕士点从34个增加到54个。学校先后获得工商管理硕士（MBA）、工程硕士专业学位授予权。工程硕士培养领域达到15个，数量仅次于清华大学和上海交大，居全国第三位，工程硕士培养规模居江苏省首位。研究生数量从1996年的936人，增长到2000年的2840人。2000年7月，教育部批准学校试办研究生院，标志着学校在高层次人才培养方面实现了历史性突破。
“九五”期间，学校的本科教育也得到了长足的发展。本科生在校人数从1996年的7929人，发展到2000年的12827人。
学校长期以来把提高师资队伍的水平和素质作为核心工作之一，“九五”期间采取各种积极措施，引进了一批学术带头人、博士生和博士后等高层次人才。采用在职进修、出国（境）进修或合作科研、在职攻读学位等措施对在职教师进行培养和提高。通过一系列综合改革和大量富有成效的工作，现已建起了一支具有良好的政治素质、结构趋于合理、整体水平较高、相对稳定的师资队伍，为学校的全面发展奠定了坚实的基础。
学校大力推进人事分配制度改革，2000年开始实行岗位聘任制度，同时，大幅度提高一线教师和管理骨干的收入，正高职称教师年平均增加收入27792元，副高职称教师年平均增加收入17699元，对稳定教师队伍起到重要作用。
到2001年2月，学校在编教职工2930人，生师比为14：1。在教学科研人员中，具有博士学位者为179人，占教师人数的15.5％，具有硕士以上学位者891人，占教师人数的77％。目前学校有中国工程院院士2人，博士生导师130人，具有高级专业技术职务专家971人，其中具有正高级职称者221人，国家有突出贡献专家9人，享受国务院政府特殊津贴182人。中青年教师中有2人被列入“教育部跨世纪优秀人才”，3人被列为国家“百千万人才工程”培养对象，38人被列为江苏省“333工程”培养对象；22人被列为江苏省“青蓝工程”培养对象。
学校积极开展多方位的对外交流与合作，除了在通用学科领域与发达国家开展交流合作外，在防务技术领域与俄罗斯、巴基斯坦和新加坡开展了较为深入的交流与合作并取得了一批成果。“九五”期间，共聘请长期外国专家44人，短期专家学者594人次，派出教师约410人次出国（境）进修、访问研究、合作科研和访问考察。从1999年起学校又每年专门拨款资助5—6名学校后备学科带头人或学术骨干教师去国外一流学校学习。并创造条件邀请和吸引优秀留学人员来校进行讲学和合作研究，学校派出留学人员回国率达到90％以上，并在各自的学科中发挥了较好的作用。在发展留学生教育方面，已经为巴基斯坦空军培养了3名硕士，接收了42名港澳台地区和外国留学生，今年又与英国中英格兰大学合作办学成功，招收了近30名非学历教育的国内学生。五年里，学校成功地举办了7次国际学术会议。学校的对外交流工作对学校各方面工作的发展，特别是对重点学科、新兴学科、重点课题和重点实验室的建设以及人才培养起到了很大的推动作用。
“九五”期间，学校建成了国家弹药工程中心等14个国家或省部级科技（或开发）中心和研究机构。学校获得科研经费5.3亿元，比“八五”期间的2.7亿元翻了近一番。2000年度科研经费达1.496亿元，创历史最高水平。学校的科技实力排名一直处于全国高校前30名。
“九五”期间，学校有10个型号系统项目通过了设计定型，192个项目完成技术鉴定，申请专利103项，获得授权专利126项，获得各类科技成果奖励221项，其中，国家发明一等奖1项，二等奖1项；国家科技进步一等奖1项，二等奖3项，获奖级别和获奖总数均位居全国高校先进行列。“九五”期间，学校出版专著169部，发表论文6138篇，其中被三大检索收录的论文1321篇。2000年被三大检索收录论文数在全国高校排名分别为：SCI第41位，EI第19位，ISTP第12位。
学校还十分注重科技成果的转化，成果转化率达50％，产生了巨大的社会经济效益。2001年5月，为进一步促进学校研发和成果转化，南京理工大学科技园正式启动建设。
“九五”期间，学校投入教学、科研、生活等基本建设资金3亿多元，完成建设项目总面积205000平方米，比“八五”末净增43％，是建校以来的一次历史性的大发展。学校建设了84000平方米学生宿舍、教室和活动中心；完成建筑面积73200平方米的教职工住宅建设，进行了教师住宅小区美化建设，极大地改善了师生员工的教学、学习和生活条件与环境。
1993年2月，党中央、国务院正式发布《中国教育改革和发展纲要》，决定实施“211工程”。
1994年，在上级机关的领导和支持下，南京理工大学开始进行“211工程”建设的申报工作。同年，在原国家教委、国家计委、国防科工委和兵器工业总公司的领导和支持下开始制定“211工程”建设规划。
1995年4月，通过了由原兵器工业总公司组织的专家组对学校“211工程”建设规划的预审。1998年6月，国家计委批准了南京理工大学“211工程”建设立项报告。1999年11月，通过了由国防科工委组织的中期检查。
“211工程”在学校建设中发挥了重要的作用，成为学校建设与发展的强劲助推力，学校实现了跨越式发展。
“211工程”建设的重点是学科建设。学校把学科建设作为各项工作的龙头，并确定了以重点学科带动一般学科建设，在强化重点建设学科群，保持其在国内优势地位的同时，积极发展基础型、应用型、交叉型通用和新兴学科，并着力抓好条件建设和学术梯队建设的方针。
对于经充分论证、科学决策确定的5个“211工程”重点建设子项目，学校加强了投资力度，合理调整研究力量，促使部分原先基础较好的学科和研究方向达到国际先进水平，多数学科保持在国内先进水平。
比如，“含能材料”学科，原为江苏省重点学科。通过“211工程”建设，集中财力添置了一批可供本学科和其它相关学科共用的，进行能源材料结构分析、热分析及其静态、瞬态力学性能研究所必须的设备，建设了多个具有国内、国际先进水平的实验室和研究开发中心。保持了在高能量密度材料、工业炸药和超细粉体等研究领域的国际先进地位，并在配位化学、量子化学等理论体系以及纳米晶复合材料、耐热复合材料等研究领域跻身国际先进行列。本学科1999年新增中国工程院士1人，1999届毕业博士生的学位论文入选全国百篇优秀博士论文1人，多项研究成果在国防和经济建设中推广应用，并取得了巨大的军事和经济效益。本项目已建成具有国际先进水平的教学和科研基地，具备了国家重点学科的实力和水平。
在“电子光学信息工程与技术”项目上，陈进榜教授主持研究的红外干涉图像自动测试系统，获得了国家科技进步三等奖，由中国测试技术研究院院长李同保院士、中科院南京天文仪器研制中心苏定强院士为首的十五位国内同行专家组成的鉴定委员会一致认为“该仪器填补了我国在红外干涉研究方面的空白。与国外同类仪器相比，在仪器的孔径、精度、功能上居于国际领先水平”。系统的成功研制打破了国外在该项技术上对我国的封锁和垄断。
学校在加强重点学科建设的同时，注意促进和带动一般学科的发展，尤其注意根据国家经济发展需要，发展新兴、交叉学科。通过原有学科的生长、分化、融合及人才引进，优化和调整原有学科布局，建立了一批富有特色、能适应现代科学技术研究需求的新兴和交叉学科。例如，“车辆工程”、“热能工程”、“电力系统及自动化”、“生物医学工程”、“会计学”、“产业经济学”、“国际贸易学”和MBA专业学位等学科都是如此衍生而来。
学校通过“211工程”中“教学基础与公共服务体系”和“基础设施”项目的建设，大大改变了学校的教学、科研和生活环境，为学校培养高水平人才和进行高层次科学研究提供了条件保障。
经过科学合理的论证和规划，学校对全校教学实验室进行了大幅度调整，将原有的85个室验室，缩并为52个。在“211工程”一期建设期间，投资2689万元，重点建设了10个校级基础实验中心，15个专业实验室和5个重点实验室。从而进一步优化和完善了教学实验基础体系，为推进课程建设、教学改革、提高教学质量、创办特色和名牌专业提供了有力的保障。
结合中国教育与科研计算机网和江苏省教育科技网总体规划，学校在“211工程”建设经费中投资550万元建设了“校园网与计算中心”子项目。采用当前先进的千兆以太网网络技术，为学校教学、科研和管理工作建立了信息流通、信息共享的服务平台，为学校教学、科研和对外交流提供了先进的工具和手段，促进了学校办公自动化和科学管理水平的提高。校园网进入研究生和本科生宿舍，为广大学生提供了良好的In te rn e t环境。学校计算中心通过更新和添置，使微机总数达到800台，达到教育部对学生上机时数的要求，满足了学校教学和学生计算机应用能力培养的需要。
通过“信息服务与现代化教育中心”建设项目的实施，建立了图书馆自动化应用系统，实现了图书馆业务与管理的全面自动化。
现代教育中心运用多媒体技术，完善了学校现代化教学条件，提高了现代化教学能力和水平。
正是“211工程”的重点建设，使南京理工大学实现跨越式发展获得了有力的支持。
“‘211工程’是国家在高等教育领域进行的重点建设工程，也是高等教育事业的系统改革工程”（引自教育部副部长韦钰《“211工程”是科教兴国战略的基础工程》）。南京理工大学能在“211工程”“九五”建设期间获得跨越式的发展，是学校不断进行改革、创新的结果。
学校坚持学习研究并积极适应国家在高等学校办学体制、投资体制、管理体制、科技体制等方面的重大方针政策和改革战略，主动适应国家机构调整带来的学校体制归属变化，力求找准发展方向。1999年1月，国务院决定学校归属新组建的国防科工委管理，使学校的归属实现了最佳定位。
“九五”期间，学校大胆进行各项内部管理体制改革，精简机构、全员聘任、岗位津贴制等提高了机关工作效率，调动了全体师生员工的积极性。在强化校机关宏观管理的同时，实现管理重心的下移，充分调动了院系办学的积极性。建立起了一个精干高效、运转协调的管理体系。
学校坚持按大科研的思路进行科研管理体制的改革，主动建立起适应市场经济发展的“市场需求——研究开发——从根本上把高校科技工作推入市场，并且促使高校单元型科研主体向产学研紧密结合的多元型科研主体转变。如学校的“新型膨化硝铵炸药”项目，在科技研发与成果推广中及时组建了由全国民爆器材行业六大企业集团与学校联合创办的东诺化工高科技公司，充分发挥该公司多元型主体的优势互补、强强联合、推广迅速的作用，使该技术已在国内外70多家企业推广应用，投产生产线46条，累计新增产值12.4亿元，新增利润2.19亿元，经济效益和社会效益十分明显。2000年1月，该技术荣获联合国世界知识产权组织和国家知识产权局联合颁发的“中国十大发明创造金奖”。
学校在教学改革方面也敢为人先，在推出教师薪酬与学生评分直接挂钩等一系列“以学生为中心”的教学质量评价体系改革的同时，以申请“本科教学优秀评价”工作为契机，深化改革，强化管理，调整专业结构，加强课程和实验室等基础建设，突出学生素质和能力的培养，使本科教育质量稳步提高。近五年来，获得国家级教学成果奖3项，有16门课程被评为省级优秀课程，15项教学成果获国家和省部级优秀教学成果奖，学生在江苏省数学和物理竞赛中多年保持团体总成绩第一、二名，在全国数学建模竞赛、全国电子设计竞赛、全国大学生力学竞赛中均取得优异成绩，毕业生一次就业率保持在95％以上。
“九五”期间，学校还有效地推进了后勤社会化改革、住房改革和劳动人事制度改革，有力地保证了“211工程”的顺利实施。
1952年6月，党中央把正在硝烟弥漫的朝鲜战场上指挥作战的志愿军代司令员陈赓调回国，任命他创建世界唯一的陆海空综合性的军事工程学院。
陈赓将军当然知道党中央此时此刻创建学院的重要意义。其目的就是要培养一流的军事人才，建设最优良的正规化军队，为我国国防的现代化“打头阵”。所以他不拘一格，在全国各名牌高校调集了一大批一流的教授，在几百名前苏联专家的帮助下，于1953年9月，在哈尔滨正式组建中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）。
建国之初，万业待举。国家投入巨大人财物力创建这么大这么高规格的一所高等学府，使学院上上下下一开始就感受到了强烈的使命感与责任感，而这，也成为学院要创建一流的强大动力。
1960年，根据国家和军队发展的具体情况，哈军工进行了调整，炮兵工程系、装甲兵工程系、工程兵工程系等分别扩建成军兵种工程学院。南京理工大学即从此时最先分建出来。分建以来，南京理工大学秉承了母体那种高度的历史责任感和使命感，为我国的国防事业默默奋斗、无私奉献。改革开放以后，学校又顺时应变，大胆改革，勇于进取，开放办学，积极投身于国民经济建设，并取得了令人瞩目的成就。1992年学校第七次党代会时，提出了“创建国内一流理工科大学”的发展目标，以培养高层次人才，创造高水平科研成果，为国家作出更大贡献为己任，努力拼搏奋进，以再铸辉煌。
“211工程”建设为南京理工大学的发展目标赋予了新的内涵，也成为学校发展新的助推力。进行“211工程”“九五”建设的五年成为南京理工大学发展最快的5年，取得了一批标志性的成果，在巩固了学校综合实力全国前50名地位的同时，为学校进一步向更高目标跨越奠定了坚实的基础。正是在此基础上，南京理工大学在刚刚结束的学校第九次党代会上，提出了新世纪新的发展目标：到2010年，把学校建设成为教育、科技、社会服务三个中心更加巩固，规模、结构、效益有机统一，质量、层次、水平广受认同，部分学科群点的科学研究、人才培养达到世界一流水平，多数学科专业国内领先，逐步成为支撑国防科技工业发展和国民经济建设不可或缺的重要力量，国际知名度不断提高，为把南京理工大学逐步建设成一所国内一流、国际知名的研究型大学奠定基础。
“强行者，有志也”，志存高远方有奋进动力。南京理工大学在当前高等教育竞争日趋激烈的情势下，仍雄心勃勃，是有信心，有力量的体现。这信心与力量既是学校近50年一代又一代南理工人“团结、献身、求是、创新”的传统精神传承与发扬的结晶，也是学校的母体———哈军工创办之时形成的使命感与责任感的天然基因。
今天，南理工人面临着新的更为严峻的挑战，走跨越式的发展道路成为今天南理工人的必然选择。“211工程”、研究生院、扩招等都是学校发展进程中良好的机遇。现在，“211工程”建设一期即将验收，随后就进行二期的立项建设，这也是一个新的机遇，学校还将乘势而上。
“胸有鲲鹏志，御风可冲天。”愿南京理工大学在“211工程”建设中更上一层楼。
学科建设对照项目名称1996年2000年
研究生院无教育部
博士后流动站3 9
一级学科博士授权点0 7
硕士学科点3454
专业学位授权点无MBA
师资队伍建设对照项目名称1996年2000年
院士数1 2
博导数70130
国家级有突出贡献专家6 9
留学回国人员47（“八五”）57（“九五”）
有博士学位人员比（％）6.0 15.5
有硕士学位人员比（％）46.877.0
条件建设对照项目名称 1996年 2000年
仪器设备总值（万元）7383 21181
建筑面积（M 2） 435000 640000
图书总藏量（万册）105120
教学科学研究对照项目名称 1996年 2000年
科研经费（万元）7541 14960
发表论文数4001（“八五”） 6138（“九五”）
SCI、EI、ISTP合计（篇） 169 212
国家级奖（项）13（“八五”） 13（“九五”）
省部级奖（项）193（“八五”）221（“九五”）
办学规模对照项目名称1996年2000年
生师比11：114：1
本科生7929 12827
硕士生7162391
博士生220449
留学生12 42
序 号 项目名称获奖等级获奖年份获奖项目
1 低温度系数技术及制造工艺一等1996国家发明奖
2 沈阳鼓风机厂计算机集成制造系统（SB－CIMS）二等1996国家科技进步奖
3 用于飞行器增程能源材料及其制造方法二等1997国家发明奖
4 现代内弹道学二等1997国家教学成果奖
5 弹丸终点效应 二等1997国家教学成果奖
6 化工原理计算机辅助教学二等1997国家教学成果奖
7 特型装置的含能材料装填技术三等1998国家发明奖
8 岩石膨化硝铵炸花二等1998国家科技进步奖
9 红外干涉仪及干涉图像自动测试系统三等1998国家科技进步奖
10特种超细粉体制备技术一等1999国家科技进步奖
11地面智能机器人三等1999国家科技进步奖
12无源／光电设备二等1999国家科技进步奖
13130毫米动力装置 二等2000国家科技进步奖
14火药装药系列教材建设二等2001国家教学成果奖
15高等体育教学前探性改革与实践二等2001国家教学成果奖
“十五”发展目标：
经过“十五”的发展，把南京理工大学建设成为培养高素质创新型人才的育人中心，应用基础及重大关键技术的研究开发中心，为国防和经济建设提供成果转化、决策咨询的服务中心；成为坚持党的基本路线和教育方针，建设社会主义精神文明的重要阵地；办学条件明显改善，办学质量明显提高，综合实力及可持续发展能力明显增强；以工为主，理、工、文、经、管、法、教协调发展；国防特色鲜明，知识创新和技术创新优势突出，国内一流，并具有一定国际影响的社会主义多科性理工大学。
2010年远景目标：
在“十五”的基础上，再经过五年的建设，学校教育、科技、社会服务三个中心更加巩固，规模、结构、效益有机统一，质量、层次、水平广受认同，部分学科群点的科学研究、人才培养达到世界一流水平，多数学科专业国内领先，逐步成为支撑国防科技工业发展和国民经济建设不可或缺的重要力量，国际知名度不断提高，为把南京理工大学逐步建成一所国内一流、国际知名的研究型大学奠定基础。
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