水稻基因组“工作框架图”项目由我国科学家独立完成，中科院副院长陈竺院士、中科院基因组生物信息学中心主任杨焕明教授等专家认为其意义重大，主要表现在：
首先，独立承担并高质量完成一个有重要经济价值的高等植物的全基因组“工作框架图”，表明我国在基因组学和生物信息学领域不仅掌握了世界一流的技术，而且整体研究实力已处于世界强国地位。朱总理在2001年政府工作报告中指出，应用基础领域要在基因组学上有所突破，这一战略任务已经获得重大成果。
第二，在农业生产的意义上可以与人类基因组计划在人类健康中的意义相媲美。水稻基因组是迄今为止进行的植物基因组测序中最大的，通过对水稻全基因组序列分析，可以获得大量的水稻遗传信息和功能基因，全面了解其遗传机理。水稻已成为公认的“模式植物”，研究水稻的基因组，有助于了解小麦、玉米等其他禾本科农作物的基因组，从而带动整个粮食作物的基础与应用研究。
第三，生物信息的计算理论和软件开发将继续拓展，为与生物信息配套的高性能大型计算机设计和生产、海量数据处理系统的建立，奠定了重要的基础。
近日，国际权威专家给中科院基因组生物信息学中心主任杨焕明教授发来贺信，高度评价我国科学家取得的这项成果。
国际人类基因组计划总协调人、美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所所长柯林斯教授指出，水稻基因组的测序是基因组学研究的一个重要的里程碑。这不仅是因为水稻作为世界半数以上人口的主要食物，而且因为这是关乎禾本科的基本生物学研究的重要意义。
美国麻省理工学院基因组研究中心主任兰德表示，于军（该项目的负责人）等人的论文“水稻（籼稻）的工作框架图”，代表了一个里程碑的成果！水稻作为农作物的重要性与水稻基因组测序对生物学与农业研究的重要性，怎么估计都不会过分。这样一个大型基因组的序列组装的成果本身就是方法学的重要进展。
美国圣·路易斯华盛顿大学人类基因组测序中心主任华特斯顿说：“特别重要的是你们正在公共数据库发表这些序列，水稻序列的免费使用将推动并促进这项研究，这对水稻品种改良与高产将起到重要的作用。”
美国西雅图华盛顿大学人类基因组中心主任奥尔森教授说，水稻基因组的草图是一个重要成果，这些数据的公布将促进全世界的水稻和农作物研究。这一成果确定了北京中心作为世界上最好的中心之一的地位。
在我国，水稻基因组测序等生物信息研究，不仅科技界关注，而且也得到有关政府部门支持。国家计委副主任姜伟新指出，生物信息研究始终是国家计委密切关注和重点支持的重要领域。国家计委将在中国科学院建设“生物信息系统国家研究中心”，形成有国际竞争力的基因组学、蛋白质组学和生物信息学的整体技术平台，将生物信息研究的成果迅速产业化，为我国经济的长远发展提供坚实可靠的技术基础。
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