11月19日，美国总统布什从得克萨斯州返回华盛顿做的第一件事就是亲自出面，为成立特别军事法庭对恐怖活动犯罪嫌疑人进行秘密审判的政策辩解。他说：“特殊时期需要特殊做法，成立特别军事法庭对最邪恶的人进行审判，是我作为总统的正当权力。”布什的这项行政命令签署于11月13日，授权国防部成立特别审判机构，对涉嫌“9·11”恐怖袭击事件和其他恐怖活动的外国人进行审判。消息一经公布，立即在全美范围内引起了有关自由与平等、个人权利与国家安全的激烈争议。
成立特别军事法庭、对犯罪嫌疑人进行秘密审判，在美国历史上并不多见。除非迫不得已、在国家安全遭受重大威胁的情况下，行政当局才会考虑这样做。在美国建国200多年的历史上，仅仅在三次重大战争时期成立过这样的特别军事法庭。
第一次是在美西（墨西哥）战争期间（1846年到1848年）。陆军上将温菲尔德·斯科特组成了一个特别军事法庭，对42名爱尔兰籍的叛变者进行审讯，这些人从美国军队逃脱并加入到墨西哥军队中与美军作战。结果军事法庭宣判这42人统统有罪，其中只有一个人由于检举有功得到了宽恕，27人被判处死刑，另14人在脸上被烙上“D”（英语单词“变节者”deserter的首字母）。
第二次是在美国内战期间（1861年到1865年）。大约有13000名军人和平民受到特别军事法庭的审判，在这些人中包括8名涉嫌在1865年参与暗杀林肯的嫌犯。经由7名将军和2名上校组成的特别军事法庭的审判，这8人都被宣判有罪，在林肯遇刺不到三个月的时间里，4人被以绞刑处死，其余4人被判处终身监禁。
最近一次是在第二次世界大战期间（1941年到1945年）。富兰克林·罗斯福总统成立了特别军事法庭，对8名企图在美国境内破坏芝加哥、底特律和纽约工业设施的德国特工进行审讯。其中2人主动配合法庭调查而被从轻发落，判处监禁，其他6人则在被捕后不到两个月的时间内被处死。
根据此次布什颁布的总统行政命令的规定，五角大楼可以随时根据需要在任何地方设立军事法庭，在法庭上担任法官和陪审员的都是军人，他们将决定在审判中适用什么样的法律，并作出判决。总统有权审查判决结果作出最终判决，但是死刑判决必须得到联邦最高法院的认可。
五角大楼现在正在为接收司法部拘留的1000多名外国人做紧张的筹备工作。为了安全和保密起见，这些审讯工作可能在美国境外，比如阿富汗和巴基斯坦等地进行，也可能在美军的舰只上进行。
在布什宣布组建军事法庭的命令后，有人认为布什这样做是为了跟恐怖分子打一场心理战，欲以此威慑潜入或可能潜入美国境内的恐怖分子，使他们放弃继续进行恐怖袭击的计划。也有人认为，布什的这一计划根本没有经过认真深入的考虑，只是为了迎合民众情绪的需要才匆匆出台了这一引起广泛争议的举措。
实际上，布什政府之所以要成立特别军事法庭有着深刻的背景和原因，决不是权宜之策。据美国媒体透露，在“9·11”后大约一个星期，五角大楼、国务院、司法部就开始为起草这份总统行政命令进行准备了。当时他们最为关注的是，一旦本·拉登和“基地”组织的成员被抓获了，政府将怎样处理他们。如果公开审讯，美国政府担心将不可避免地引起更多的恐怖袭击并使本·拉登有机会在大众媒体面前把自己扮演成“烈士”形象。
据白宫顾问艾尔伯特·冈萨雷斯透露，布什决定成立军事法庭主要是出于两个方面的考虑：一是如果抓获恐怖分子则必须对他们进行审判，但是如果将他们送到美国审讯则会大大增加对美国本土的安全威胁；二是在审讯中将不可避免地要使用到美国情报部门搜集到的秘密情报，成立军事法庭可以防止这些情报的泄密。
除此以外，还有其他方面的考虑。使用军事法庭进行秘密审判将可以大大简化法律上繁琐的程序，加快审判的进度，而这一点，对于美国防止夜长梦多、遭到更多恐怖袭击非常重要。当然，秘密的审判还可以保护对恐怖分子作出判决的陪审团成员和提供证据的人员，使他们免遭恐怖组织的报复。这两点，普通的法庭都难以做到。
另外一个考虑，就如副总统切尼说的那样，美国可以借此向世界传递一个明确的信号：恐怖分子是“国际罪犯”，无权享有普通战俘可以享有的权利。美国政府认为，恐怖分子不同于普通法律意义上的罪犯，也不可能享有美国传统法律上的保护。切尼说：“那些非法进入美国的外国人，那些用恐怖袭击屠杀了上千无辜的美国公民的人，他们不可能受到像战俘那样的保护和待遇，他们更不可能享受到普通美国公民在正常的司法程序中的保护。”
尽管布什政府的理由听起来很充分，但还是在美国社会引起了激烈的争辩。特别是民权组织人士对此提出了激烈的批评，他们认为布什政府此举严重违反了美国的权利法案并使国家的司法制度遭受重大威胁。美国民权联盟全国办公室主任罗拉·穆菲说：“在权利法案遭到如此重大威胁的时候，国会应该发挥作用，限制政府的这种做法。”他们认为，尽管美国历史上有成立特别军事法庭的先例，但这并不等于说，只要总统宣布国家处于紧急状态，他就有权这么做。宪法并没有明确授予总统这样的权力。
法律界的学者也对布什的政策提出了不同的意见。纽约大学法学教授约瑟夫·罗斯说：“当我们处于危机之中，采取一些强硬措施是完全必要的。但是，当保护我们自身安全的强烈情绪危害到我们民主的基础和原则时，真正的危险就来临了。”甚至有专家认为，设立军事法庭的举动还表明了美国行政当局正在设法打破三权分立和权力制衡的政治传统，将使美国民主的核心原则受到严重威胁。
关心外交事务的学者则认为，秘密的审判将使反恐怖战争本身遭受沉重打击，尽管美国和盟国都一再声称外交和舆论与战争本身一样重要，但是秘密审判将给恐怖分子提供更多攻击美国的借口。许多被秘密处死的“恐怖分子”，有可能被看成是“烈士”。
实际上，在这场特别军事法庭之争背后隐藏着一个更大的担忧：美国民众担心布什政府正在利用战争的危机来增加自己的权力。专门研究宪法问题的美利坚大学法学教授亨曼·斯瓦茨说：“政府现在看起来更像是一个软集权政府，拥有一支庞大的秘密警察队伍；媒体经常受到压制；政府一直在压制不同意见。”
美国乔治·华盛顿大学法学院教授杰弗莱·罗森说，在“9·11”事件后他有一个惊人的发现，美国社会最根本的认同并不是法律，而是政治，如果在“9·11”之前，人们做梦也不会想到，美国居然会成立秘密军事法庭。但是美国人现在发现，个人自由正在不断地向国家安全作出让步。
法律在战争面前只能保持沉默，在国家紧急情况下，个人权利只能让位于国家安全，这正在美国成为新的趋势。
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