全国税务系统信息化建设的标志性工程——金税工程二期已经基本建成，运行良好，效果显著，有力地促进了税收收入特别是增值税收入的高速增长。今年1至11月份，全国已入库税收（不包括关税和农业税）13658亿元，比去年同期增长20.7％，增收2339亿元。全年可增收增值税、消费税900亿元左右，是1994年至1999年均增收400亿元左右的2倍多，是1994年以来从未出现过的超高速增长。
金税工程是按照科技加管理的工作思路进行建设的，以计算机网络为依托，实现税务机关互联互通、相关部门信息共享，采用先进技术，覆盖税收各税种、各管理环节的信息管理系统工程的总称。目前运行的金税工程二期主要是利用覆盖全国国税机关的计算机网络对增值税专用发票进行严密监控的一个系统，由一个网络（即覆盖国家税务总局和各省、地市、县国家税务局的计算机主干网）和四个子系统（即增值税防伪税控开票子系统、认证子系统、稽核子系统、协查子系统）组成。它是国家税务总局根据党中央、国务院领导同志的指示，从1994年开始推行的。1994年7月，作为金税工程一期的增值税交叉稽核系统在50个大中城市试点。1998年，在一期经验基础上，推行了金税工程二期。
随着金税工程二期全部推行到位，税务管理出现了可喜的变化。一是防伪税控开票系统已推行约40万户。百万元版、十万元版和部分万元版专用发票已取消手工开具，改用开票系统开具。最近，采用大容量IC卡的新版开票系统已经开发完成，正在北京市西城区进行试运行。二是防伪税控认证系统已全面投入使用，利用假票、大头小尾票骗抵税款的违法犯罪活动逐步得到遏制。1—11月份全国累计认证进项发票8411万份，发现涉嫌违规的发票56866份，占全部认证发票的比例为0.07％。11月份涉嫌违规发票1937份，比例降为0.02％。三是增值税计算机交叉稽核系统已在全国3835个区县以上税务机关联网运行，促进了企业依法申报纳税。1—11月份全国共采集销项发票10319万份，采集率逐月提高，11月份达99.99％。1—11月份通过稽核发现涉嫌违规发票90万份，其中11月份只有两万多份，涉嫌违规发票占全部稽核发票的比例逐月降至11月份的0.31％。四是金税工程协查系统正常运行，协查质量和效率不断提高。全国共安装协查节点3025个。1—11月份全国共协查涉嫌违规发票79万份，已查实确认违规的发票63527份，查补收入8621万元。
在金税工程二期联网运行以后，国家税务总局可以直接监控到区县税务机关的金税工程运行情况，各上级税务机关也都可以直接监控下级税务机关的金税工程运行情况，直接考核基层单位的工作质量和效率。这种通过网络加强内部监控和管理，是对旧的工作方式的巨大革新。
金税工程二期有效地发挥了增值税的生命线、防范和打击偷骗税的“撒手锏”、税务干部队伍建设的重要基础的作用。虚开增值税专用发票偷骗税的恶性案件已经逐月减少，一批犯罪案件相继被查处，提高了企业申报的真实性，减少了增值税的流失，促进了税务机关各项征管工作的系统化、规范化，执法水平不断提高。
在加快金税工程二期建设的同时，国家税务总局按照科技加管理的方针，进一步拓展了税务系统信息化建设的应用领域。下发了《税务管理信息系统一体化建设总体方案》，提出了税收管理信息化建设的原则、目标和实施步骤；印发了《关于加速税收征管信息化建设推进征管改革的试点工作方案》；研究论证了金税工程三期建设方案；开展信息化支持下的税收征管、机构改革，特别是在浙江、山东、河南省和深圳市国税部门进行了全省（市）范围的CTAIS（全国税收征管信息系统）试点运行，以税收管理信息化为支持手段，收缩基层征管机构，实行集中征收，完善岗责体系，切实加强管理；同时，在加油站、出租车等行业稳步推进了税控装置的应用。
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