闽台农业合作发展迅速。截至5月底，福建省累计引进台资农业企业1400多家，合同利用台资17亿美元，实际到资10.5亿美元；引进农业优良品种2000多个，设备4000多台套。通过闽台农业合作，目前，福建省已形成了东山的芦笋、鲍鱼产业，龙海的现代农产品加工业，福清的鳗鱼加工业，安溪的茶叶产业，南靖的兰花产业，漳浦的花卉产业，长泰、平和的水果产业，成为福建现代农业发展的一大特色。
福建与台湾一水相连，闽台农业合作得天独厚。20世纪80年代初，福建沿海地区率先通过民间渠道，单向引进中小台商在农业领域进行试探性投资。90年代初，闽台农业交流合作开始以科技学术交流为先导，逐步确立了由暗转明，由单向到双向，由民间到官方的较为稳定的闽台交流合作关系。1997年福州、漳州建立全国首家海峡两岸农业合作实验区，以引进资金、良种、管理、技术合作为重点，逐步推动产业合作升级，促使闽台农业合作进入全面拓展阶段。
闽台农业合作成果显著，为福建现代农业建设发挥了积极作用。新世纪之初，福建省制定了闽台农业合作发展规划，提出建设五大体系项目，以两岸相继加入世贸组织为契机，推动两岸产业对接，逐步实现海峡两岸农业生产要素、农业资源和农产品的优势互补；把海峡两岸农业合作实验区建成台湾鲜活农产品及加工品生产供应基地、两岸联手拓展国际农产品市场的生产协作区。通过两岸合作，达到“互惠互利、共同发展”，最终造福闽台两地的农业与农民。
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