一年多以前，广东首所民办高校在欢庆自己10周年校庆的时候，却不得不面对这样的尴尬：艰辛创业换来桃李满天，而拥有属于自己的校园的梦想“一波数折”后仍无着落。同样说到“地”，北京科技经营管理学院副院长郭子真的一声叹息意味深长：“为了买下这12亩地，我们校长总共跑了108次。”面对目前的管理状况，民办学校似乎总有一肚子苦水。
而在社会公众眼中，民办学校自身管理上的混乱让许多无辜学子深受其害：有的学校无根据地吹嘘自己有多少院士授课，有的甚至把剑桥大学教授也搬了出来；在众多学校的广告中，“一流教育、一流设备、一流师资、一流质量”的许诺总是格外突出，教育专家对此哭笑不得，“短则一两年，最长不过十几年，谈何一流教育，一流学校！”
管理是民办教育发展的基础，而目前无论是对民办教育的外部管理，还是其内部管理都存在诸多问题。
从外部看，由于民办学校非同于公办学校，因而政府的管理职能主要应体现在统筹规划、宏观管理上。然而现在的情况却是，国家、地方政府宏观管理职能未能充分发挥，针对民办学校的准入制度混乱，监管失控，政府部门与部门之间缺乏协调、沟通，争夺办学审批权、管理权的现象时有发生，造成民办教育“谁都可以批，谁都可以管又都不管”的尴尬局面。于是，有的疏于管理，有的又管得过死；有的该管的没管住，有的不该管的却管了。
从内部看，普遍存在的不科学、不完善的家族式办学模式，妨碍了系统、规范、科学的内部管理制度以及高效、合理的运行机制和自我监督机制的形成。在收费放开后，一些学校的收费行为和经费使用不规范，少数学校财务管理混乱、办学思想不端正，刊登虚假广告、拒绝检查管理、资产不清、抽逃资金、转移学校资产等非法行为，在社会上产生了恶劣影响，损毁了民办学校的整体声誉。
在社会、政府、学校三者的关系中，政校关系被认为是民办教育中最重要的关系，但在一些地方，民办学校却总是处理不好与政府的关系，而政府对民办学校的管理也总显得那么被动。这其中，首要的原因是政府管理机构不健全，力量薄弱。由于至今没有一个独立的具有权威性的民办教育管理机构，许多省市民办教育的管理大多挂靠、分散在不同处室，几人独领“千军”的局面使民办教育管理机构杂乱，条块分割严重，职责不清。与此同时，由于没有找准管理的位置，有的管理过于微观，没有将惯用的直接的行政手段转变为间接的宏观管理；有的则直接参与办教育，自己批、自己办、自己督导评价。上海市民办教育研究所所长胡卫指出，政校关系处理不好，相当程度上影响了民办学校的发展。
在民办学校内部，突出的问题是举办者与管理者之间的矛盾。目前，大多数民办学校实行的是校董事会领导下的校长负责制，但是在实际运行过程中，很多校长对学校经费的使用、人事安排、重大事件没有发言权，难以真正体现校长负责制，于是一些学校走马灯式地更换校长，影响了学校工作的连续性，甚至造成学校教育教学的混乱。
在管与不管之间，政府究竟应当扮演什么样的角色？北京教科院民办教育研究中心主任王文源认为，政府应该是市场秩序的维护者，公平竞争的裁判。管理不是卡，而是一种服务，一种规范。
有益的探索正在进行。今年3月，在对全市百所民办高校进行全面评估之后，北京市教委向其中的24所学校颁发了合格证书，对5所不合格学校和32所未作结论的学校作出了相应处理；同月，北京市教委下发通知，进一步调整了民办高校的设置标准。北京市教委委员线联平表示，北京将采取一系列有效措施加强对民办学校的评估检查，加大执法力度。
而在天津，为彻底解决民办教育管理机构不健全的问题，市政府专门在教委设立了社会力量办学处；浙江省政府则计划出台新政策，从加强宏观规划和引导、明晰校产所有权、拓宽融资渠道、鼓励组建教育集团、扩大课程设置自主权以及规范招生秩序、完善董事会制度、完善年检制度、健全评估制度等方面促进民办教育的持续健康发展。
教育部发展规划司助理巡视员瞿延东指出，当前，切实有效的管理应从三方面寻求突破，一是建立完善的宏观管理体系，通过立法、执法、制定政策规章和战略规划，统筹各级各类教育的大政方针，最重要的是国家依法治教，政府依法行政，学校依法治校，社会依法参与；二是加大地方统筹管理职能；三是学校实现目标管理和自主管理。这其中，政府管理是关键，中介组织发挥桥梁、纽带作用，学校管理是基础。
有关专家特别指出，在民办教育的管理中，应着重落实对民办学校的年检制度，建立健全民办学校校长、财会等重要岗位人员在职资格认定和培训制度，探索建立民办学校的风险防范机制，健全、规范民办学校中介机构。在民办学校内部，则应进一步规范管理体制，完善各项管理制度，如建立校董会、设立家长委员会、建立严格的会计制度、加强审计监督等。
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