1994年底，南京大学以其雄厚的科研实力和深厚的文化底蕴，顺利通过首批“211工程”预审，成为江苏高等教育战线“211工程”建设的排头兵。1996年，国家对南大实施重点投入，随后江苏省政府给予南大配套支持。教育部和江苏省的共建资助，对南大师生无疑是一场及时雨。江苏省委、省政府领导多次来南大调研，对南大寄予厚望，希望南大在知识创新、人才培养方面，对地方经济发展和社会进步发挥带头作用。而今刚过完百年华诞的南京大学，以创建世界高水平大学的实际行动，向党和国家以及江苏父老献上一份沉甸甸的回报。
近年来，在“加强应用，注重基础，发展边缘，促进联合”的科研工作方针指导下，南京大学在电子信息、生物工程、环境工程、新材料、精细化工五大领域形成研发和产业化优势：
——组建江苏省南京大学软件工程研究中心，为江苏南大苏富特软件股份有限公司在香港成功上市提供技术和人才保障。2001年4月，由江苏省政府和南大共同创立的苏富特公司在香港创业板成功上市，成为江苏高校第一家上市公司、江苏软件业界第一家上市公司。
——组建江苏省纳米科技研究与应用开发中心。注册资金3000万元人民币，为纳米技术的研发提供中试平台。
——成立江苏省凹土工程研究中心。针对盱眙县特有的凹凸棒石黏土地方资源进行产品开发并实施产业化。
——2001年，南大国家“863”计划新材料MO源研究开发中心将4项研究成果转让给苏州工业园有限公司，成立南大光电材料股份有限公司。
——2000年，南大的有线电视计费系统技术和信息安全技术转让给江苏欣网视讯科技有限公司。
——南大瞄准海洋生物资源的“南大至尊宝”高能营养液等科研成果，成功地完成技术转让并在江苏阜宁建厂投产。
——南大的树脂吸附法处理有毒有机化工废水及其资源化研究项目，以技术入股方式组建了江苏南大戈德环保科技有限公司，成为江苏环保产业的新军。
——南大研发的高效实用、符合江苏省情的污染防治技术，在全省建设了数十个污染防治示范工程。
——在江苏省、南京市的支持下，南大与鼓楼区共建南大——鼓楼高校科技园，2001年4月被科技部、教育部认定为首批国家级大学科技园之一。目前广州路科技街拥有的技术孵化面积已达5万多平方米，入驻的科技企业已达200余家，注册资金9亿多元。
据统计，“211”建设期间，南大直接为企业和地方经济服务的科技项目1258项，其中江苏省616项。与熊猫集团、金陵石化、南汽依维柯集团等省内企业建立了科研开发生产联合体。先后与南通、泰州、徐州、无锡、淮阴等市实施建立了全面合作。南大以地质工程、环境科学、电子工程为代表的工程技术学科，在南京电铁、润扬公路大桥、苏通大桥、玄武湖水下隧道等重点工程建设中，做出重要贡献。
依靠“211工程”建设的支持，南大的科研创新、科技成果转化为江苏支柱产业的发展、产业结构的调整起到带动作用和技术支撑作用。与此同时，南大发挥哲学人文社会科学学科的优长，在“211工程”建设中成立了长江三角洲经济社会发展研究中心，集中了校内社会科学研究的中坚力量，承担了江苏发展的多项软科学课题。
中心所属的江苏发展研究院，迄今主办了14次江苏发展高层论坛，江苏省委、省政府主要领导每场必到，被誉为地方经济社会发展的思想库。
在“211工程”建设的支持下，南大面对新世纪新江苏对人才培养的新要求，着力培养“起点高、基础厚、后劲足”的高素质人才。一批批基础面宽、文理融通的创造性人才走向了江苏改革开放的第一线。
为适应江苏省经济社会发展对人才的需求，顺应江苏由教育大省走向教育强省的目标，“211工程”实施以来，南大大幅度调整本科生在江苏的招生比例。近年来，南大博士后招收规模和质量也大幅提高，目前博士后流动站人数为210人，占全省的50％，并与春兰、同创、扬子江等企业建立了博士后流动站。一大批高素质高层次人才来自江苏大地，又立志报效江苏父老。
1999年以来，南大发挥研究性大学优势，为江苏省各部门开设了在职申请工商管理硕士、法律硕士、公共管理硕士、工程硕士等专业学位班，为经贸、政法等系院培养了近千名高层次、复合型、应用性人才。1997年以来，南大接受了28000余名人员的各类在职培训，通过举办高级研修班、培训班等为江苏培训高层次人才6000余人次。
1997年以来，南大作为江苏高等教育自学考试主考学校之一，为江苏培养自学考试本专科毕业生32000余人。目前全省自学考试在籍考生52万余人，其中南大在籍考生29万余人。与此同时，南大还积极引进国外教育资源为江苏培养外向型人才，先后与美国、澳大利亚等国大学合作举办了经管、公共管理、卫生管理等专业的高级研修班。可以说，提升内涵、多层次培养的办学模式已使南大成为众多“江东弟子”的超级母校。
为江苏培养人才的同时，南大利用“211工程”建设的契机，加大人才引进、智力引进力度。近三年来，南大以凝心聚力的各种政策，补充引进教师340人，其中具有博士学位的186人，从国外引进的优秀人才近100人。南大“学科特区”建立后，刘建宁等华人学者从哈佛“成建制”迁移南大，组建“分子医学研究所”，高翔教授卖掉了在美国的住房，也到分子医学研究所落户。随后，投资3500万元的“国家遗传工程小鼠资源库”，这一国家“十五”科技攻关重点项目落户江苏。
目前，南大以23名院士、600名教授、415名博导、4名国家攀登计划首席科学家、4名国家“973”项目首席科学家、25名“长江学者奖励计划”特聘教授、44名国家杰出青年基金获得者为主干的师资队伍，已成为江苏“人才高地”建设的一个亮点。
由南大老校长匡亚明先生主编的《中国思想家评传丛书》被称为20世纪最为浩大的中国传统文化研究工程，该丛书现已出版150部，其总结中国优秀传统文化资源之功在海内外引起强烈反响。由南大文史哲专家承担的《六朝文化丛书》、《中华传统优秀道德文化丛书》、《中国典籍精华丛书》远销海外，与省内高校图书文献保障方面的资源共享业已达成。1996年以来，南大获江苏省人文社会科学研究成果奖47项，占全省的23％，获江苏省哲学社会科学优秀成果奖179项，占全省的17％。
在江苏，在南京，南京大学已成为中外文化交流的一个重要窗口。迄今，南大已与160多个国外著名大学签订了不同层次的合作协议。
百年校庆期间，联合国前秘书长加利、9位诺贝尔奖获得者、30多位海外院士、120多位国内院士、100多位海内外著名学者先后来南大参加了系列学术活动。2万余人次参加的350多场学术报告使整个校庆成为江苏、南京的一道亮丽的文化风景。
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