以朝代作为文学史分期的依据已相沿成习，即便如此，宋金元文化学关系也有尚待厘清之处。由于金元是北方少数民族建立的王朝，人们又习惯“金元”并称合观，这就使得在王朝分期之外又出现了新的时序问题。这就是说在各朝代之间具体文类演化的事实层面上和各朝文学史地位衡估的评价层面上还都存在着不确定性。
具体而言，如宋金元文学关系的词曲递变问题就还没有解决。人们很自然地便得出在同作为“一代之文学”的宋词和元曲之间发生了递变的结论。而事实是：宋词与元曲之间并不存在直接的递兴关系。词曲递变以南戏的产生为标志率先发生于南宋，但北方的词曲递变却发生于金词和元曲之间。与北曲发生于金朝统治下的北中国这一事实常被忽略相似，词体文学在北宋覆亡后南（南宋）、北（金）分蘖的事实也在一定程度上被忽略了。作为雅文学的南宋文人词实际上是在元蒙混同南北后，由于北曲（散曲、剧曲）挟势南下而被迫中断的，宋代的文人词与北曲的发生是无涉的。因此，如何准确、完整地描述词曲递变在南北路向上的发生过程，这是厘清宋金元文学关系无法回避的一个重要内容。
其次，就评价层来说，长期以来形成了以宋代为中心的文学史框架，对于北方渔猎、游牧民族文化与中原农耕汉民族文化相冲撞以至融合的正面历史作用估计不足：如往往强调了金代文学与宋代文学连续性、亲缘性的一面，而相对忽略了金代文学变异性、创新性的一面，从而对金代文学的成就、地位估计不足。
此外，由于宋金元朝代前后相错相衔，如何处理“易代文学”的归属问题，也是梳理宋金元文学关系不可回避的一个方面。众所周知，中古到近世的社会、文化转型在唐宋之际。应当说金元文学、文化都延续了宋代以来的雅俗二维（即诗文赋等雅文学和士大夫文化、话本小说杂剧等俗文学和市民文化）结构，而这其中雅俗文学又是如何消长的？如何超越朝代更迭的局囿、从文学自身发展的角度对此予以准确地描述，这无疑是有待深入的文学史课题。
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