内蒙古师范大学的学科建设走出了一条具有师范特色、民族特色和地区特色的个性化发展道路。“九·五”以来，学校从改革与发展的战略高度重新定位学科建设工作，把适应边疆地区文化教育发展、经济建设、社会进步和各民族繁荣富裕的需要作为学校的基本任务和神圣使命，调整优化学科专业结构，突出特色，强化优势，加大学科建设经费投入力度，学科建设工作取得显著成效，学校拥有一批特色鲜明、优势突出、影响较大的学科专业。
科学技术史学科科学技术史是学校综合优势突出的学科。在数学史、少数民族科技史和天文学史等领域的研究居于国内领先水平，成果丰硕，培养的人才已成为全国科学史学界的一支生力军。该学科李迪教授是国际科学史研究院通讯院士，学科带头人罗见今教授自1993年就协助西北大学科学史博士点学术工作，已经培养出7名博士生，协助培养博导1名。本学科点现有教授6人、副教授4人，其中博士4人、博士生导师1人。在我国现有的科学史硕士点中，本点的队伍、成果、人才培养和学术影响等被公认名列前茅，吴文俊院士称之为“在国内居于权威领先地位”，前国际数学史学会主席、《国际数学史杂志》主编J·Dauben认为是研究和教学的“世界性的重要中心之一”。
民俗学民俗学是学校民族特色鲜明的学科。它植根于本校蒙古学、文化人类学等多学科基础之上，经过20多年发展，形成了一支以蒙古族为主的多民族学者构成的高素质的学术队伍，学术成果丰硕。研究方向侧重于蒙古族及北方游牧民族民俗文化，对揭示中华文化形成的历史渊源，增强中华民族凝聚力，强化草原生态环保意识，规范人们的社会行为具有重要作用。本学科点基于雄厚的蒙古学、民俗学基础，培养了一批从事民俗研究的专业人才。该学科现有教授7人、副教授8人，其中博士8人，博导2人。
植物学植物学是学校地区特色浓郁的优势学科。现已形成民族植物学与生态学、生物多样性与资源和环境、发育植物学与生物技术3个稳定方向。本学科点在蒙古高原的草原和荒漠地区植物、牧草资源以及地区民族植物学等领域的研究形成特色和优势，近年来学术成果丰硕，有些成果被哈佛大学、密苏里植物园、剑桥大学等国外多所著名高校和植物园利用，为内蒙古的经济建设和草原生态环保做出贡献。该学科现有教授5人、副教授7人，其中博士5人。
文艺学文艺学专业优势突出，在其所属的一级学科“中国语言文学”里已获得其中6个学科的硕士学位授予权，为文艺学向更高层次发展奠定了深厚的学科基础。该学科在20世纪蒙古族文艺理论与批评、马克思主义文艺理论与批评、高尔基美学研究、中国古代文学理论等领域的研究形成自己的优势与特色，成绩显著。该学科现有教授9人、副教授11人，其中博士3人。
教育学原理教育学原理是学校特色和优势学科，也是自治区重点学科。该学科点在民族教育、教育哲学、跨文化心理研究等领域的研究在国内具有明显的优势，居于同行领先地位。该学科现有教授7人、副教授6人、其中博导1人、博士6人。
应用数学该学科的整体实力雄厚，在稳定性理论、泛函微分方程等领域形成自己的特色和优势，学术成果多发表在国内外重要学术刊物上，学术水平居于国内同一学科的前列。该学科现有教授7人、副教授10人，博士6人。
材料物理研究有重大突破学校物理系蒙古族青年教师特古斯博士对磁制冷材料的研究有突破性进展，成果2002年发表在国际权威性学术刊物《Nature》上，引起国际学术界的极大关注。
资源环境与地理信息系统实验室是学校和自治区重点实验室，2001年被接纳为国际地圈——生物圈研究计划中国全国委员会遥感／数据信息系统工作组成员单位。
此外，学校的中国语言文学、动物学、区域地理、地图学与地理信息系统、蒙古语言文学、中国少数民族艺术、历史文献学、天然气化工与材料科学等学科专业实力雄厚、特色鲜明，在国内产生了一定的影响。
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