进行体制机制改革、人员结构调整与队伍建设的目的在于提升创新能力。5年来，中科院涌现了一大批对国民经济和社会发展产生重要作用、具有重要影响的科技创新成果，为我国社会可持续发展做出了重要贡献。
5年来，中科院全面完成了籼稻9311的全基因组草图和精细图，完成了粳稻4号染色体精细图，标志着我国在大基因组测序方面已经具备构建完成图的绘制能力，成为基因组学研究的强国之一；在世界上首次发现大鼠附睾中一种抗菌肽基因，并研究和发现了其重要的生物功能作用，对人口与健康问题具有重要意义；获得了成年体细胞克隆牛群体，标志着我国完全掌握了世界一流的体细胞克隆技术，为实现家畜克隆胚胎工厂化生产奠定了知识基础；研制成功“龙芯”通用CPU芯片，标志着中国人已经拥有自主知识产权的高性能通用CPU芯片；曙光3000超级服务器实现了高性能和通用性的和谐统一，百万亿数据处理超级服务器曙光4000L问世，使国产超级服务器的应用再上一个台阶；联想集团研制成功万亿次商用超级计算机，在整体上达到了当前国际先进水平；在“神舟”载人飞船工程方面，中科院承担了应用系统总体工作，研制了有效载荷和相关材料、器件220余台件；在卫星有效载荷研制方面，研制成功了分别用于“风云一号”和“风云二号”气象卫星的多通道扫描辐射计，开辟了我国地球同步卫星对地观测的新领域，使我国成为继美、法之后掌握该项先进对地观测技术的国家……
基础研究方面取得了一批具有重要科学意义的创新成果，如，在纳米科技研究领域，成功制备出超长、定向生长的碳纳米管阵列；合成出世界上最细的碳纳米管；发现了碳纳米管在室温下具有优异的储氢性能；在世界上率先制备出高纯、高密度、在室温下具有超塑延展性能的纳米铜，制备出具有广阔应用前景的新纳米材料——铜金属纳米团簇，在国际材料科学研究领域引起强烈反响。在有机分子簇集和自由基化学研究方面取得了突破性进展，获得2002年国家自然科学一等奖，打破了我国自然科学一等奖多年空缺的局面。依托大科学装置开展核物理研究取得重要进展，合成了6种远离稳定线的重丰中子新核素和10种质子滴线核区新核素。HT－7超导托卡马克实验获重大进展，成为世界仅有2个可进行高参数稳态条件下等离子体物理研究的实验装置之一。探索生命起源与演化的古生物研究取得一系列重大发现。新的脊索动物海口虫的发现，揭示了脊椎动物祖先阶段特征，被国外学者称之为“人类重塑生命历史的一项惊人成就”。辽西中生代鸟类及鸟类的早期演化研究，填补了从始祖鸟到现代鸟之间进化的空白环节，被国际专家誉为革命性发现。
5年来中科院在国际学术刊物上发表的高水平论文数量大幅度增加。据统计，2000年，全院共发表SCI论文6063篇，较1999年的5376篇增长12.8％，约占全国被SCI收录科技论文总数的26.8％。历年来我国发表高水平论文最多的前20名科研机构中，中科院研究所占绝大多数。中国科学技术信息研究所公布的“2001年度中国科技论文统计结果”显示，在全国科研机构中，被SCI收录论文数和国际被引用论文数居前20位的研究单位均为中科院研究机构。2001年中科院专利申请量达到2010项，其中发明专利占76％，远高于全国平均水平。2002年全院国内专利申请量达到2523件，其中发明专利2002件，占近80％；专利授权1006件，专利申请和授权量分别比上年增长25.52％和9.35％。中科院科技论文产出总体水平已达到发达国家综合性国立科研机构的可比水平。1998年中科院发表的SCI文章数为德国马普学会（MPS）的78％，法国科研中心（CNRS）的31％；2000年，中科院已略微超过MPS，是CNRS的42％。1998年至2000年，MPS共获得发明专利420项，平均每年140项；中科院获得发明专利626项，平均每年209项。
在创新队伍经过调整而日趋齐整强大之际，在攀登世界科技高峰和瞄准国家战略需求目标确定之时，在科技创新能力被极大地焕发出来之后，中科院人丝毫没有满足已经取得的成绩。中科院院长路甬祥最近对记者说，我们深感作为国家创新体系重要组成部分的知识创新工程肩负着重要使命。胡锦涛总书记一再强调牢记两个“务必”，中科院要居安思危，求真务实，进一步深化体制机制改革，在探索科技发展规律上，探索发挥科技作为第一生产力的作用上，探索为全面建设小康社会作贡献上，中科院要做科技界的先锋队，要努力开创知识创新工程新局面。
据记者观察，中科院在实施知识创新工程期间，坚持自加压力，只争朝夕，在新的办院方针指引下，不断围绕提升科技创新能力，提出新的更高的目标。他们在深化体制机制改革、人事、分配制度改革乃至调整学科布局、加强创新文化建设诸方面，始终走在科技界前列。他们深知把握重要战略机遇期的重要，因而毫不松懈，锐意进取，始终保持着昂扬奋进的精神状态。
“一腔报国情，尽注创新中。”这是中科院人的真实写照。
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