中关村企业在创业发展初期，就开始积极探索制度创新之路。“四通”采取“冻结存量，明晰增量”的方式，让创业者、技术骨干和管理骨干认购新股；“联想”在不改变产权所有者的前提下，对公司利润分红权进行切割，将部分分红权让给创业者；“慧聪网络”将企业利润额的70％分配给技术所有者，30％留给最大出资人自己；“振中信达”、“汉王科技”分别建立起“自然人入股”和“股权”制度等。这些制度创新成果都是在我国普遍存在企业产权制度不清的情况下取得的。
进入快速发展期后，企业决策层总结正反两方面的经验形成一种共识：一流的产品可能被二流的管理吞噬；二流的产品可以通过一流的管理得以推广和拓展。解决创新问题不需要逐级请示，可直接找公司负责人；管理人员只帮助研发人员解决工作和生活困难，不过问更不干涉其技术问题；对技术开发人员的上下班时间不作硬性规定；向技术开发人员发给股票期权和项目分红；根据员工的能力和潜力，为员工量身定制个人职业生涯规划；采用期股调动企业经营者和员工的积极性；对完全个人出资和个人技术发明入股的企业，不再对技术入股的比例设立上限。
经营理念和管理模式相应变化。联想、方正、新浪等一批高新技术企业通过在美国、香港证券市场上市，在公司结构、管理模式等方面实现与现代企业制度接轨，从而带动了园区企业管理机制的变革和经营水平的提高。
现在，到中关村电子配件市场购物会发现，每一个摊位前都有一个笔记本，上面有消费者所缺物品，何时打来购物电话，何时将物品送达对方，何时结账的详细记录。工商部门在对园区内每年停业的两三百家中小企业分析后发现，形成债务纠纷的企业不多，欠银行贷款未还而停业的企业也不多。“两个不多”反映出，制度创新为中关村创造出了比其他地区具有更高程度的诚信氛围。
中关村科技园区管委会代行政府职能。这个政府在行使政府权力方面，与众不同。
美国的《戈尔报告》中提出，以企业家精神改造政府，倡导政府像企业家一样崇尚创新，追求效率。中关村园区管委会在我国第一个把美国的这一主张“拿来”，提出在管委会的领导层，企业家要占有1／3的席位。中关村含海淀、丰台、昌平、电子城、亦庄等5个科技园区。管委会创造出了区管为主、直辖市管、部市共建等3种不同的管理模式进行管理，并通过实施电子政务工程、建立“一站式”办公服务中心、开通外商投资企业绿色通道，将管委会从“管理型政府”变成“服务型政府”。
从20世纪80年代的“电子一条街”，到1999年国务院《批复》成立科技园区，中关村经历了两次创业。如果说第一次创业首先是要冲破计划经济体制的束缚，那么第二次创业主要是要确立并完善市场经济制度及规则。基于这个原因，管委会大胆采用“法无明文不为过”的国际法理，制定颁布了《中关村科技园区条例》。明文规定，“只要法律没有禁止的，在中关村都可以试”，将园区建设和管理纳入法制化轨道，创造出全国第一家自然人与外商合资企业、第一家有限合伙投资机构、第一家以无形资本占注册资本百分之百的企业等多项“全国第一”；并通过建立“创业投资引导资金”、“中小企业担保机构”、“政府、银行、企业、科研机构联谊会”等一批相应的机构和组织，从机制上为科技与资本结合打通了渠道，为二次创业铺平了道路。
制度创新给软环境带来的变化已被越来越多的外国机构和国内中小企业认可。截至3月底统计，在世界500强中，有43强在中关村设立了分支机构，同时有微软、IBM等23家国外高科技跨国公司在中关村设立了研发机构；全国第一家不核定经营范围的企业已发展到近2万家，有400多家中小企业获得了23亿元的融资担保；创新型中小企业群现已构成一个产业生态链。
中关村建设的长远目标是成为世界一流的高新技术园区。这项任务相当艰巨，因为它必须面对中国现阶段经济、科技发展中存在的几乎所有重大矛盾。首先，制度创新的新举措不可避免地将同原有计划经济体制及成熟于工业时代、至今仍然在全国通行的做法发生矛盾。其次，在中国经济体制转轨时期，不好把握政府导向和市场作用的关系。第三，中关村科技园区是一个已建成区，同时又是一个开放区，区内大院大所各占一块地盘，隶属关系错综复杂，在不具备行政手段干预的条件下，管委会难以整合智力资源。由此不难看出，中关村制度创新尚存在巨大的空间。
当前需要特别关注的问题主要有三个：一是软环境建设。中关村的软环境建设还刚开始，真正的攻坚战还在后头。尤其是高校企业，目前普遍存在着投资主体单一、产权关系不清、经营机制不活、激励和约束制度不明等问题。这些问题已经成为制约中关村进一步发展的瓶颈。二是政府行政改革。除已实行的“一站式办公”、“协调小组”要继续坚持并不断完善外，今后必须在政府各部门普遍实行责任追究制，把责任制落实到具体人，只有这样才能根治政府工作人员办事扯皮、推诿的痼疾，提高政府的行政效率。三是城乡一体化工作与中关村科技园区建设结合问题。城乡一体化工作既关系到如何让园区内的农民致富问题，也关系到园区的可持续发展。要探索解决城乡发展一体化的有关政策，加快编制发展区小城镇、新村建设规划并组织实施，同时要深入研究园区建设与农民就业、致富的关系，在中关村科技园区建设的同时让当地农民受益。
为此，需要认真解决如何把技术创新和高新技术产业的发展置于国际竞争环境中；如何把高新技术产业链的打造延伸到国外；如何建立企业技术结盟、战略联盟的推进机制整合园区资源；如何加大对具有核心技术和广阔市场前景的产业化项目的扶持；如何建立创业资本进入和退出机制；如何充分发挥园区创业投资引导资金的作用，扩大合作伙伴，提高跟进投资的比例和额度；如何建立中关村技术产权交易所，为企业提供技术产权交易和创业投资退出的平台；如何提高农民收入和人员素质。只有这些问题得到妥善解决，中关村才有可能成为世界一流的高新技术园区。
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