1997年以后，受亚洲金融危机、计划经济向市场经济转轨和港口竞争加剧等因素影响，港口生产遇到了前所未有的困难。秦皇岛港领导班子在分析内外部形势的前提下，统一认识，把工作重点放在强化基础管理和改革发展上。一方面通过抓转变观念，开展“秦港有困难，我们怎么办大讨论等形式，增强广大职工的危机感和紧迫感。另一方面确立了“内抓管理、外抓市场的经营方针，始终立足于发展生产、提高经济效益这个中心。1999年，港口生产开始走出低谷。随后，集团在巩固前两年管理和改革成果的基础上，着重谋划港口的长远发展。通过采取加大生产组织和市场开拓力度，对企业内部组织结构和资源进行调整和重组，研究制定港口发展战略，改善港口硬件设施提升港口功能等举措，港口吞吐量逐年攀升并连续两年超过亿吨，实现了克服困难打基础，稳步前进求发展的工作目标。
集团一方面积极开拓市场，加强市场研究，掌握市场信息，走访货源腹地和用户等相关单位，了解用户需求，及时采取措施，为用户提供延伸服务，努力建立良好的业务合作关系；同时，通过建立揽货机制和转变驻外办事处职能，与铁路、货主和航运部门定期召开货物运输协调会等方式，掌握供需第一手材料，建立市场开发网络，努力扩大市场份额。另一方面加强生产组织和管理，提高港口作业效率。集团充分发挥港口先进的装卸设备和设施优势，通过强化调度指挥、调整业务机构、完善各项规章制度、严密生产作业组织、提高设备完好率等手段，在完善港口功能、增强企业竞争力的基础上，保持生产的连续性、均衡性和高效性，使港口生产顺利进行。几年来，通过实施“名牌货种战略，优化工艺流程，在巩固现有的煤炭、矿石、化肥等大宗货源的同时，开创出水果、大型成套设备和出口玻璃等新的货运名牌，全方位、多渠道地发展、扩大了港口的货源腹地。
根据国务院、国家有关部委和河北省政府的统一部署，2002年秦皇岛港在全国沿海大港中率先顺利实现了下放地方、政企分开和企业改制。与此同时，按照建立现代企业制度的目标，秦皇岛港还对内部企业组织结构调整、主辅分离、实行股份制改造等问题进行了深入研究，及时调整和完善港口发展战略，以适应形势发展的需要。
企业管理模式的根本改进，适应了港口各项经营管理工作推进和发展的需要，秦皇岛港的基础管理、财务预算管理、多元化经营管理等工作走上了良性发展的轨道。几年来，秦皇岛港不断完善内部承包机制，通过将各项经营指标层层分解和试行年薪制承包等办法的实行，在传递企业经营压力的同时，激励了基层单位努力增收节支、为企业分忧的积极性。为了适应现代企业制度要求，秦皇岛港积极推进专业化管理，先后实施了大宗物资采购、流动机械和劳务用工统管。并在企业内控制度建设上做文章，高度重视财务控制工作，努力消除财务风险。有效的成本控制、财务管理等手段，使国有资产管理水平进一步提高。新组建的合资公司、招商建设的临港工业不仅给港口带来稳定的货源，而且有力地拉动了地方经济的发展。备受职工关心的医疗制度、养老保险制度、工资分配制度的改革也平稳有序地进行。
秦皇岛港在搞好生产经营的同时，不忘安全工作，采取一系列措施，多方面保证安全工作有效开展。在抓好安全技术研究开发和落实各级安全生产责任制的同时，积极引进推行现代科学管理手段。“01234安全管理模式、“作业前危险性预先分析法、“生物节律分析法等新的安全管理工作方法的实施，大大地推动了安全工作的进程。为了提高职工的安全意识，集团公司与各基层单位加大安全教育培训力度，并利用各种媒体向职工宣传安全生产知识，使职工思想上始终牢牢绷紧安全这根弦。
强化全员质量和服务意识，提高货运质量和服务质量。秦皇岛港始终坚持“质量第一、服务至上”的方针，建立健全质量保证体系和服务体系，通过加强货物运输的全过程管理，对煤炭运输实行从煤矿发运、铁路运输、港口装卸到接卸港全过程的质量监控；实施“零杂港口计划，实行煤炭分堆、列列化验、装船验舱和单船质量跟踪；实施“绿色通道工程，开展配煤业务，满足国家环保要求和用户对煤炭内在质量要求；推出“优质运输十项承诺、实施“首问责任制、开通“局长质量投诉电话；开展质量效能监察，加大对质量投诉调查和对违规行为的惩处力度，强化对领导干部安全质量责任追究；开展文明“窗口建设和做文明职工等活动，分阶段、分环节、全方位地实施质量提升与控制，使港口货运质量、服务质量明显提高，受到用户的好评。
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