党的十六大报告强调，“发展要有新思路，改革要有新突破，开放要有新局面，各项工作要有新举措”，并指出要通过理论创新，推动制度创新。这一深刻论述不仅揭示了全面建设小康社会、加快现代化建设的内在要求，而且也昭示了贯彻“三个代表”重要思想在经济改革实践中必须具备的制度条件。因此，进一步深化经济体制改革，以制度创新进一步释放社会主义市场经济的体制能量，是今后一个时期的重大课题。
我国经济体制改革的主线，就是不断加深市场化程度。尤其是党的十四大确立社会主义市场经济目标以来，市场机制的主导地位日益明显。同时，我们也要清醒地意识到，在宏观资源配置体系中，一些实质性的改革仍然举步维艰，部门权利与利益集团的制约时隐时现，传统的行政性配置资源的内容、方式和手段急需进行变革。突出表现在，一是作为发展中国家最稀缺的资本投入，仍然采取行政性配置方法，按部门、条块分配建设资金。同时，审批权力与风险责任脱节，资金分配与投入效果分离，不可避免地造成了低水平重复建设、重复引进和建设资金的巨大浪费，这就是我国经济结构一再失调的最直接、最根本的原因。二是一些竞争性行业的行政管制依然到处可见，在市场准入、资金渠道、销售许可等方面仍然存在行政管制及对民营经济的不公平现象。三是基础设施、金融保险等垄断领域市场化率明显偏低，土地、资本、人力资源的市场化率还不到30％。这一现状不仅严重影响了我国经济的运作效率与质量，降低了我国经济的国际竞争力，而且也直接延缓了国有企业改革的步伐。
实现我国宏观调控体系的制度创新，最根本的是要打破传统的行政性配置资源方式，按市场经济的基本法则和国际基本经验，实行间接的、价值化、引导性调控，突出财政政策和货币政策对市场的宏观调控作用。为此，首先要加快投资融资体制改革，尽快取消财政性资金直接介入竞争性领域的分配渠道，改革国家基本建设投资管理体制，由计划审批制改为项目备案制。计划部门主要行使产业规划、发展规划、产业政策的宏观指导和信息咨询职能，不再直接行使行政性分配预算资金职能。对市场主体的资金需求完全以市场方式解决，对国家重大建设项目，参照国际上成熟的经验，实现项目代理人制度；落实行业主管部门的建设责任，取消计划部门的无责任、无风险、低效率审批立项等中间层次；对一些社会效益为主的准公共项目，则由政策性金融工具承担筹资职责。这样不仅能够从根本上解决我国经济建设中背离市场、结构失衡，以及分配行为与风险承担不对称的问题，而且对于消除政府部门的寻租空间，促进党风廉政建设，都具有重要意义。
其次是加快金融体制改革，按照现代企业制度打造适应经济全球化要求的竞争性金融体制。充分发挥金融宏观调控作用，按照“法治、监管、自律、规范”的方针，健全监管与运行体系，尽快改变传统体制下被动防范金融风险的局面；加快商业银行的市场化改革，按现代银行制度把商业银行真正改造成投资主体多元、治理结构完善、运行机制健全，并以利润最大化为目标的真正市场主体；加快创建和改造新的民营银行，培育战略投资者。
第三是加快行政垄断行业的改革，特别是要在产权、人事权等方面割断垄断行业与政府之间的政治经济纽带。政府部门作为人民群众的忠实代表，要为不同所有制企业创造公平的竞争环境，坚决防止成为垄断部门或地方利益的“保护神”角色。对那些不具有自然垄断属性的行业及生产环节，要建立竞争性市场，进行公平竞争。
在我国经济体制改革的过程中，国有企业改革始终处在中心地位。确立国有企业的市场经济主体地位，主要是通过公司制改组。但是，根据种种统计资料不难发现，具有全局性意义的国有大中型企业并没有完全建立真正意义上的现代企业。
国企改革举步维艰主要表现在三个方面。一是产权多元化进展缓慢，即使已改制的上市企业，其基本特征也往往是一股独大、内部人控制，存续企业吃上市公司的现象十分普遍。这既是上市公司业绩爬升无力的根本原因，也是我国股市一系列垢病的重要原因。二是运营机制僵化，创新能力不强，这与企业产权制度密切相关。市场经济的基本前提，就是市场主体的产权明晰且多元化。没有产权多元，就不可能建立真正的法人治理结构，也就不可能形成追求创新和长远发展的企业价值体系和思想理念。技术进步、科技创新的前提就是制度的设计与安排，塑造内在的创新激励机制，单靠政府提倡推动甚至贴息或直接投资，是无法产生根本性、长远性作用的。三是人事组织制度的行政化，以及与之相应的分配制度和任期制度，造成经营管理层的短视行为。四是由于落实自主权和委托经营，一些企业的经理层为维护既得权益，想方设法阻止产权多元化改革，致使一些经营业绩尚可的企业失去了资源优化、强强联合、抢占市场和走向国际的机会。
党的十六大仍然把国企改革摆在了中心环节，揭示了经济转型中制度创新的规律性要求。在当今国际经济改革发展的大潮中，全球化的实质就是企业制度的全球化。入世之后，国内外两个市场的融合，与跨国公司的竞争，要求我们在入世的头几年必须完成国有企业的改制任务。因此，立足我们的现有基础与国际大环境，深化国企改革，首先要解决思想认识问题。一是如何落实抓大放小的问题。“抓”不是传统意义的“管”，不能把“抓”与“管”等同，而与“放”对立，“抓”应是深化改革。既然“小”的一放就活，为什么“大”的就不能发挥更大的优势？国企改革不能以大小分优劣，只能有效益状况和行业特点之别。二是公有制的实现形式。十六大已作了充分论述：“除极少数必须由国家独资经营的企业外，积极推行股份制，发展混合所有制经济”。民营是一种经济运行与经营组织方式，是混合经济的特征，其本质与私有化不同，其经营形式又与国营不同。建立现代企业制度，是我国综合国力提高、公有制发展壮大、有中国特色社会主义发展的客观需要。
我国是以工农联盟为基础的人民民主政权，广大工人阶级和农民群众共同为社会主义革命、建设和改革事业做出了巨大的贡献。尤其是在新中国成立后的国际政治经济环境下，设计二元化经济格局，以农业保工业，集中力量发展工业的思路是符合实际的。但是，随着经济发展与生产力要素的发育，长期以行政手段分割城乡经济，采取不同的公共政策与户口管理制度，不仅在政治上无法落实“三个代表”重要思想，而且严重影响资源的优化配置，阻碍全国统一市场的形成，并已成为我国小康建设和现代化步伐的重要障碍。全面建设小康社会，加快实现现代化，关键在于“三农”问题，紧迫性就在于大力发展农业和农村经济。
当然，我国农业人口巨大的现实决定了全面小康建设的艰难和现代化推进过程的漫长，政策设计与执行也不可能一步到位。迫在眉睫的任务，是尽快从经济立法、公共财政政策和人力资源管理上改革二元化格局。
首先，要按城乡一体化原则大力推进城镇化建设。这是推进农业现代化的关键环节。我国农业不仅人口基数大，而且不同地区的经济发展与市场发育水平差异也大，不可能走一些国家片面发展大型城市的路子。从国情出发，我们必须实行大中小城市和乡镇并举的方针，形成产业分工合理，各具发展特色的城镇体系。
其次，要尽快打破城乡户口分治格局。人力资源的开发利用、城乡经济的一体化、劳动效率的提高，都要求尽快改变行政性分割而治的管理局面。要参照国际经验，按就业属地原则，建立规范、公平的户籍管理制度。同时，放开行业准入管制，制定优惠政策，鼓励农民进城。目前我国已有9000多万农民跨地区务工经商，这反映了产业发育、提高城市效率与服务水平的客观需要，也是农民增收、城市反哺农村的必然过程。
第三，加快农村经营体制创新。实践证明，长期稳定的土地家庭承包经营符合农民的根本利益，是我国农村改革发展稳定的基础。但是，我国目前的家庭承包经营规模之小在国际上也是十分少见的。在稳定家庭承包经营的基础上，按照“依法、自愿、有偿”的原则、积极引导农民进行土地承包经营权的流转，加快规模化步伐，这是我国农村全面小康和农业现代化的必然出路。
第四，完善公共财政政策，建立农村融资体系。市场经济体制下的公共财政框架，一个重要内容就是突破目前的“城市财政”格局，从支出改革入手，加大支持农村发展、农民增收、农业结构优化的力度。一是要加大农村基础设施建设，尤其是交通、通讯和公共卫生设施建设，从根本上推动农村生产和农民生活条件改善；二是建立农村教育文化发展的财政供给制度，解决农村主要靠农民自筹资金办教育问题；三是加快农村税费改革，规范国家、集体和农民的分配关系，从根本上减轻农民负担；四是加快农村融资体系，解决当前农民贷款难、乡镇企业和龙头企业贷款难等问题。
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