在抗击非典的斗争中，中国中医研究院承担了“治疗非典的中药筛选研究”、“中西医结合治疗非典临床研究”和P3实验室建设等3个国家“863计划重大项目”。他们经过努力取得的重大成果进一步证实：中医中药在严重威胁人类健康的病毒病治疗、综合疾病治疗等方面，具有独特的优势，为继承和发扬中医药学竖起了新的里程碑。
中医研究院在“863计划重大项目”攻关中，首次提出“大辨证”观点，并应用于中药筛选研究，对复方的药物组成、中药的化学成分、化学结构和药效的关系、药理作用及其可能作用靶点的推测，以及可能涉及的病理环节、合适病理模型的选择、临床用药等全面考虑，根据独立的判断制定了研究方案。在涉及免疫抑制药物应用方面，他们大胆地提出应用中药治疗、降低激素用量的新观点，在中药筛选研究开创出了全国“三个第一”：第一个建立“中药虚拟筛选”模式；第一个绘制出基于SARS病理生理过程的“中药筛选方案图”；第一个发现灯盏细辛注射液等活血化瘀类药物在非典治疗中，具有防止肺纤维化的显著疗效。
国家防治非典药物攻关组专家委员会认为，中医研究院筛选出的清开灵注射液等17种中成药，可减轻肺部急性炎症、快速退烧；对血氧饱和度、肺含水量、肺损伤组织形态学起到改善作用；对病毒引起多脏器损伤过程中出现的白细胞、血小板下降，肝肾功能及其病理形态学改变起到保护作用等。这些中药具有的疗效，都是西药所不具备的。
抗击非典“863计划重大项目”，是国家在形势严峻的情况下紧急启动的。中医研究院能在很短的时间里取得成果，院党委的正确决策起了关键作用。
他们平时注意总结历代中医药治疗瘟疫经验，非典出现后，立即着手科研前期准备；国家决定开展中医药抗非典研究前，他们已经完成中药筛选、临床研究两个课题顶层设计方案的初稿。在北京非典疫情进入高峰时，他们派大批医护人员分赴多家医院，在及时收集第一手科研资料的同时，为抢救危重病人争取宝贵时间。
他们的临床研究表明，非典属于中医的瘟疫病之一。北京与广州比，患者体内热毒更重，并兼有湿邪。中医药早日介入临床治疗，并抓住热、毒、湿、肺几个环节用药，对于缓解病症具有明显效果。中医药治疗非典在稳步降温、缩短症状持续时间、减少重症病人激素用量、维持血氧浓度和减轻病毒对机体造血功能的影响等多方面具有明显的优势。
北京胸科医院等专门收治非典患者定点医院的对比证实，病人服用中药后，由单纯服用西药造成的肝脏、肺部等内脏损伤及血脂过高等问题，也同时可以迎刃而解。
中医研究院党委书记姚乃礼说，三个“863计划重大项目”顺利进行，体制创新起到重要作用。通过体制创新，顺利组成了中国中医研究院、中国医科院、军事医学科学院、解放军302医院、清华大学等16家医、教、研机构400多名科技人员参加的联合纵队。
科技部、国家中医药管理局积极发挥政府协调、引导作用，有效地促成临床与科研一体化；一线和二线专家密切配合；不同专业集中力量进行多学科联合攻关。课题组充分发挥学科交叉、专家云集的优势，实现方案顶层设计兼顾临床与科研、国内与国际两方面需求的周密论证。掌握现代信息技术专业人员的介入，有效地解决了临床隔离区内外信息的沟通，确保了临床研究数据的完整性与准确性。
体制创新调动了积极性。在联合攻关的60多天里，科技人员每天都要工作十五六个小时。临床研究项目负责人刘保延是研究院副院长，照样每天同科技人员一道加班。接到P3实验室被国家紧急征用、统一安排抗非典研究的《通知》，基础研究所所长潘贵娟当晚就紧急部署，20天完成改造工作，一次通过国家验收。研究员王智民为尽快完成课题顶层设计就住在研究所，每天工作到凌晨。中药研究所所长朱晓新全面统筹，17天就取得阶段性成果。
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