中科院12家转制单位进行的最关键性工作是产权改革。在每个单位清理资产，进行资产评估，使产权清晰，同时动员骨干和职工买一部分股份，使企业发展与骨干职工利益紧密结合起来。由于这项工作在全国都具有一定超前性，因而中科院采取的是稳步推进的办法，目前骨干和职工持股只占总资产的10％，中科院作为代表国家的大股东占90％。中科院希望在企业良性发展过程中，骨干持股比例能逐渐增加，以利于企业更快发展。
由于这项政策涉及国有资产管理，政策性极强，所以，中科院在推动转制过程中强调严格按照国家有关政策规范运作。几年做下来的结果，一是使产权清晰了，初步建立了法人治理结构。转制单位按照出资人比例，普遍建立了股东会、董事会、监事会。二是事企分开，解除了中科院和研究所对企业所承担的无限责任，而以出资额为限承担有限责任，从原来的计划体制下对企业的行政管理转向以资产为纽带对企业的产权管理。三是建立了风险共担机制，初步形成中科院、研究所法人及社会投资者和企业骨干人员风险共担、利益共享的股权结构。12家单位注册资本为4.03亿元，其中职工出资约5800万元。在转制过程中，职工踊跃出钱购买股份，把自身利益与企业发展紧密联系起来。
沈阳计算技术有限公司董事长林浒对记者感叹：转制成有限责任公司后才真正形成对股东的回报意识，别看企业职工只是小股东，这些小股东把钱放进来，他就非常关心企业发展，也督促我们做好市场，每年等着分红，这就是压力，而没转制时搞研究没有这种压力。现在是事情做好了，小股东得到回报，中科院作为代表国家的大股东利益更能得到保证。
据了解，中科院事业单位转制工作被国务院体改办、北京市等有关部门评价为“是产权制度改革的先行者”，他们采取的政策措施受到关注。
转制单位两年来呈现出良好发展势头。成都有机所的科研开发经费首次突破千万元大关，到位科研经费一年达到1024万元；成都计算所转制的2001年即实现总收入3235万元，首次突破3000万元，创了该所40多年来的历史最高纪录，而2002年该所的总收入、净利润、人均年收入等均比上一年又有较大幅度增长。
据对12家转制单位从2000年至2002年总体统计，营业收入、净利润、净资产等几个主要经济指标，每年都呈现增长态势。过去靠国家事业经费投资，如今转过来向国家交税，这个变化是巨大的。
特别是多家转制公司这两年连续按股份将企业赢利拿出一定比例向参股职工分红，激发职工更加关心企业发展，同时也体现了企业发展以人为本的原则。
转制单位经过这几年发展，在思想观念和管理方式上发生了深刻变化。沈阳计算所曾归纳出十个方面的观念转变。总体上看，转制单位一改过去重研究、轻发明，重论文、轻技术，重成果、轻转化的局面。更加注重以市场需求为导向进行技术创新；注重面向社会寻求优势资源和合作伙伴；注重以市场机制进行成果转化和产业化；注重以满足用户需求为目的开展经营活动；注重以追求最佳经济效益，兼顾社会效益为目标凝练企业的核心竞争能力；注重以建立现代企业制度为契机加强内部经营管理机制转换；注重建立激励机制吸引和留住优秀人才。转制的大部分企业在市场中寻求到发展，赢得了较好的经济效益。
转制使中科院12家单位在走向市场中得到初步发展。但就像并不是靠“一股即灵”一样，转制也不是“一转即灵”。诚如北京科仪有限责任公司董事长金鹤鸣所言：转制并不能解决所有问题。转制就是经过体制改革建立了一个平台，为今后发展打下了一个基础，至于今后发展战略、经营策略、市场营销等等，该做的事还要照常去做。
至于转制企业的离退休人员和将要退休人员待遇以及他们加入地方保障体系问题更是转制单位的后顾之忧。如，事业单位与企业退休金有相当差异；各地建立社保时间及政策有所不同，都影响到转制的进一步深入。另外，生产要素参与分配在政策上仍有待具体落实。
在转制企业内部，如今职工持股总体上约达到10％，未来职工持股扩大到什么规模才算合适，在理论上和操作层面上都有许多事情要做。在管理方式上，这些转制单位仍带有向市场经济过渡的痕迹，离现代企业管理模式仍有不小差距。还有，转制单位仍以原事业单位领导班子为基础，尽管在转制之初，他们开展工作不错，但未来能否成为企业的优秀经营管理者等等，仍有一系列难题等待解决。
中科院副院长杨柏龄充满信心地告诉记者，中科院的转制工作迈出了坚定而踏实的第一步，但是改革与发展的道路还很长。随着条件的改善和成熟，我们要逐步解决一股独大的问题，寻求多种途径及相关国家政策的支持，吸引企业优良资本进入，实现股份多元化的根本目标。
