南京大学基础学科教学强化部成立于1989年，1993年批准为基地多学科综合点。成立基地以来，强化部不断增强教学改革力度，加大基金投入力度，使软、硬件建设取得了重大进展；广大教师的教改积极性有了极大提高，在教学上充分投入，在课程和教材建设中涌现出一批突出成果；广大学生在基地的环境中得益匪浅，研究生导师普遍反映强化部毕业生素质高，能力强，在攻读研究生后很快能介入科研前沿，已有一批优秀人才脱颖而出。强化部多学科综合点在大理科创造性人才的培养上已形成了比较明确的思路，从大理科课程体系到培养模式已形成一整套系统，在促进人才的个性化成长方面作出了积极的探索。
南京大学地球科学系以基地建设为契机，不失时机地调整培养目标和规格，在本科教育中确立了基础型和应用型两类地学人才的培养体系。第一类是“少而精、高层次”的基础型人才，他们将主要从事地球科学的教学和科研，瞄准学科发展前沿，解决地学领域重大基础研究问题，推动地学学科的发展。这一类人才通过设立本科基地班和后续的研究生学习来培养。第二类是满足经济建设和发展需要的应用型人才，他们具有较扎实的基础和某些专门领域的知识与能力，能够适应当前市场经济的需要，从而适应了社会发展和经济建设的需要，拓宽了毕业生的就业渠道。
在七年多的探索和实践中，地球科学系适时转变教育思想和观念，针对学科特点和发展现状，努力培养了一批具有坚实的数理化基础与计算机应用技术，系统掌握地球科学的基本知识与理论，了解地质学及相关学科的发展趋势和应用前景，知识结构合理、知识面宽广、获取知识和综合运用知识的能力较强，并富有创新精神和较高综合素质的优秀人才。
“九五”以来，南京大学地理学人才培养基地的建设始终以“提高学生综合素质，培养学生创新能力、敬业精神和远大理想”为目标，牢牢把握“理工结合、文理渗透、淡化专业、按地理学一级学科办学、培养地理学基础科学研究和教学人才”的教学工作思路，在大力加强地理学人才培养基地教学条件和师资队伍建设的基础上，积极推进地理学教学改革举措。经过全体师生的共同努力，该基地在地理学人才培养和基地建设方面已经取得了显著成果。
南京大学化学化工学院在人才培养工作中也是硕果累累。1991年被国家教委批准为首批国家基础科学研究和教学人才培养基地，并于1997年在国家自然科学基金委组织的中期评估中获得优秀基地称号，1999年又以优异成绩顺利通过了教育部组织的基地挂牌验收。该学院一贯以戴安邦教授所倡导的“化学教育即传授知识和技术，更训练科学方法和思维，还培养科学精神和品德”的全面化学教育准则为人才培养的指导思想，以培养基础厚、知识新、素质高、能力强的理科基础性人才作为首要任务。
南京大学生物学基地建设使生物学基地的四大专业基础课，即普通生物学、生物化学、分子生物学、细胞生物学，特别是相应的实验课程不断完善、充实和提高，改建和扩建了实验室，添置了许多新的仪器设备，使实验条件有了明显的改善，并对课程体系、教学内容和方法进行了改革，提高了教学质量。
南京大学物理学人才培养基地于1993年被批准成立，1999年被评为优秀基地。该基地多年来在科学研究方面积累的许多成果为学生尽早接触前沿研究课题，尽快了解和掌握基础研究的方法提供了条件。在物理学基地，教学和科研可谓“相辅相成，相得益彰”：科研工作及其成果为教学提供了新的课程和实验内容，促进了教学改革的进行；同时，教学的良性运作又为高层次人才梯队的建立和培养提供了具有扎实基础的后备队伍。
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