由张维迎教授主持的《中关村校办企业现状与问题研究》所提供的数据显示，占中关村科技园区企业总数十分之一的校办企业（包括高校、科研院所办的企业），虽然拥有较为雄厚的资金实力和人力资源上的优势，但无论就人均值还是总值而言，其绩效指标均低于园区内其他企业，平均经营利润比其他企业低将近一半，出口还不到其他企业的十分之一。
据介绍，上个世纪80年代以来，国家出于公共财政不足的考虑，允许高校和院所自筹经费，创办企业。二十年的时间里，各大高校、院所竞相办起了自己的企业。“校办企业，这个从未在国外出现的事物，成了转轨时期中国特有的现象。”教育部科技发展中心一位官员分析说。
在丰厚的财力和人力资源土壤上，校办企业为什么没能结出知识创新与经济腾飞之果？“国有企业有的毛病，校企都有。国有企业没有的毛病，校企也有。”中关村管委会专职调研员赵慕兰对记者说。张维迎分析：“究其原因，一是产权关系上权责不明确，校企难分开；校办高科技企业中科技成果入股多，无形资产界定不易；二是人事关系上，校办企业与学校的关系一方面使其人力资源素质（学历）普遍高于一般企业；但另一方面，它们的从业人员还有很多为主办单位的在册人员，人事关系并没有完全分开，激励与约束机制因此而难以得到有效实施。因此，校办企业在资产运用方面往往不如民营企业谨慎。一个比较普遍的现象是重投入，轻管理。其三，学校办企业容易以学校科研成果为主导，而忽视与市场需求的联系，其竞争能力显然不如其他企业。”
对于校办企业业绩平平的原因，北京市科委副主任刘振刚提出了“温室效应”问题。校企往往起步就在学校的“温室”里长大，先天缺少一种商业竞争环境。其实很多实验室里的成果是很难通过商业化和产业化检验的，不少挂着“高科技”招牌的校企，主要利润来源却是房地产。
记者在采访中发现，目前中关村大部分高校是以行政方式管理校办企业，这就使企业自主管理、自主经营、自我发展受到很大制约。
产权不清还直接导致了企业与校方之间的人事纠葛。这方面的校企冲突在中关村不胜枚举。北大方正的历次人事风波背后总少不了北大校方的参与，清华紫光去年也完成了历史上一次“巨大的人事变动”。曾是方正科技公司总裁的祝剑秋曾意味深长地对媒体说：“在方正工作的几年，我最大的感受是累。这里的累不是工作多么繁忙，而是处理头绪复杂的管理关系，尤其是与北大校方的关系。”
“相形之下，联想要幸运得多。联想遇到了中科院这个好老板，经营权、人事权、财务权都给了联想。”联想控股有限公司副总裁曹之江说。
为祛除校办企业的种种弊端，2001年11月国务院发布了《关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》。试点工作的主要目标就是明晰校办企业产权关系，逐步建立和完善学校在创办高科技企业中的投入与撤出机制。
“明晰产权关系，建立现代企业制度是校企改制的必然趋势”，赵慕兰指出：“校办企业要想真正走出困境，必须明晰企业与校方的产权关系，建立现代企业制度——‘独立做人’。”
