在我国农村的医疗制度中，合作医疗曾经是最普遍的形式，它在上世纪70年代末期覆盖了85％的农村人口。80年代家庭联产承包责任制的实行，使家庭重新成为农业生产的基本单位，合作医疗制度出现了滑坡的局面。90年代初期，全国仅存的合作医疗保险制度主要分布在上海和苏南地区。自90年代以来，虽然政府在推进城镇医疗保障制度改革的同时，也出台了一系列的政策和措施，试图恢复和重建合作医疗保险制度，但是，除了部分试点地区之外，农村合作医疗保险制度没有像希望的那样恢复和重建起来。其原因主要有以下几个方面：
首先，农村合作医疗保险资金来源不足。多年来，我们在经济、社会发展中沿袭的是向城市倾斜的思路。我国城乡卫生资源配置失衡，占全国人口70％的农村人口却只占有不足30％的卫生资源。各级财政对合作医疗没有明确的支出项目。而且，随着农村“费改税”的开展，乡镇财政、集体收入减少，相当一部分村负债累累，农村合作医疗保险由于资金短缺而难以维系。
其次，农村合作医疗保险制度的政策不稳定，有关政策之间相互矛盾，也是造成合作医疗保险制度恢复受挫的原因之一。合作医疗保险从国家政策变成了地方政策，使得地方政府没有足够的动力来推动合作政策的实施。加之90年代以后，国家为减轻农民负担，取消了“合作医疗”收费项目，这一政策与国家支持发展农村合作医疗的政策相冲突，因而加大了发展农村合作医疗保险的难度。
第三，农村卫生体制难以适应收入水平差距较大的农民人人享有卫生保健的要求。我国农村各地的经济发展水平不平衡，形成了东部、中部、西部的收入梯度，并且这种不平衡还有继续增大的趋势。而区域内部因乡村劳动力的急剧分化和大规模的非农化、职工化，农民对医疗保障的要求也不一样，这就给建立统一的农村医疗保障体制，即农村医疗保障的主体、项目、资金筹集、管理方式、待遇标准方面的统一设置了客观的障碍。
第四，现有的农村医疗卫生资源配置不合理，难以充分发挥效益。一是按照农村的行政区划设置卫生医疗网点，使有些网点满足不了农民的医疗需求，而又有不少网点实际上业务不足，甚至可有可无；二是县乡卫生体系机构重叠、人员配备不合理，造成卫生资源的浪费。
鉴于上述情况，国家应在改进和完善现有农村医疗保险制度的基础上，积极探索新的医疗保险制度模式。发达地区可实行城乡一体化医疗保险制度。在东部沿海农村及城市市郊等生产力水平和农民生活水平较高的地区，全面推进农村社会保障体系建设的条件已基本具备，应采取措施全面建立农村社会保障的各项制度及服务网络，医疗保障体制建设应纳入城乡一体化发展规划，农民的健康保障体制可以向城镇过渡，甚至结合。这些发达地区农民多数有较稳定的职业和住所，便于进行医疗保障制度的探索，以达到向农村延伸、缩小城乡差别的目标。该地区可以城市中心医院—乡镇卫生院—农村社区三级派出机构为中轴而构成。这一链式体系由于社区派出机构以乡镇卫生院为依托，而乡镇卫生院又是城市中心医院集团的子部，形成一个区域性的医疗集团。作为农村社区，可以是一个或两个村的集合，也可以更多或更大，灵活机动，从而可以相对摆脱村建制的束缚，可以更好地按照人口分布来实行卫生资源的合理配置。从已实行该种医疗保险制度的苏南昆山周市等乡镇社区的调研中发现，这些社区农户家庭的满意度很高，达到74.2％，参与的农户也达到80％以上，显现出较优的态势。
较发达地区实行灵活多样的合作医疗保险制度。在中等发达地区，可以在发展和完善现行合作医疗保险制度的基础上，积极探索改革产权结构、管理体制及运行机制。政府可以通过工作规范、目标考核、以奖代拨、购买服务、合同管理等手段，不同程度地引进市场机制，实行灵活多样的合作医疗保险制度。农村卫生机构设置不必与行政体制相对应，根据地理环境、病人流向，结合乡镇撤并和卫生院产权制度改革，撤并重复设置的卫生院，重新调整中心卫生院的布局。目前，已有不少地区着手调整和改革农村卫生服务体系与农民医疗保险制度（如山西河曲县建起的“山区流动医院”，河南省武陟县实行的“乡村卫生组织一体化”改革，辽宁省海城市乡镇卫生院进行的产权制度改革等），虽然形式各异，但均取得了较为满意的效果。
欠发达地区重点实行医疗救助制度。在经济欠发达地区，重点是抓好卫生扶贫工作和对贫困人群的医疗救助计划，以缓解因病致贫和因病返贫现象。我国实施的扶贫计划，侧重于经济上的扶贫。应当把经济扶贫与卫生扶贫有机结合起来，通过中央政府及发达地区的支持，首先解决贫困地区的卫生设施建设与“缺医少药”问题，并且在国家扶贫专款及有关扶贫资金中划出一部分，专门解决贫困地区的医疗扶贫问题。对于区域的农村贫困人口，要实施医疗救助计划。医疗救助计划是医疗保障制度的一个组成部分，医疗保障又是整个社会保障体系的重要内容。应当把卫生扶贫纳入社会保障尤其是社会救助体系，把医疗救助计划与整个社会保障体系有机地结合起来，如借助农村最低生活保障制度的标准，确定实施医疗救助的对象范围。这样既可以真正使贫困者得到救助，又方便可行，减少成本。
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