作为我国唯一的以船舶工业命名的高等院校，华东船院多年来一直以整体配套技术服务于船舶工业，面向船舶工业培养各级各类人才和开展科研工作方面具有鲜明的特色和优势。
华东船院历经70年发展，在科研总量、成果水平、学术水平、综合科技实力等方面发生了重大变化，形成了“船舶先进设计与制造”、“船舶自动化”、“特种材料加工及连接技术”等多个主要面向船舶工业、国防科研的特色领域；生物技术学院的“特种经济动物饲养”研究在国内外处于领先地位。“八五”和“九五”期间学校承担并完成的船舶工业及国防研究项目和获得的科研经费占全校总量的60％以上，船舶工业、国防科研、生物技术的特色和优势更加明显。
目前，船舶先进设计与制造技术拥有包括TRI－BON、MAXSURE等船舶设计专用集成系统，以及用于各类船舶性能计算、结构强度计算和扭转强度分析计算等多种软件。具备了进行船舶与海洋结构的强度、载荷、稳定性、工艺性及可靠性等方面的计算仿真和性能分析研究；船舶数字虚拟设计与制造能够承接开发现代船舶设计制造集成信息系统，基于协同并行工程的新一代船舶设计、制造的信息化虚拟船厂。
学校风险基金扶持项目“金舟软件”股份公司，拥有自主开发的适合国情的管理信息系统软件，该系统包括经营管理、技术管理、物资管理、生产管理、财务成本管理和厂长综合信息查询等六个子系统，围绕目标成本控制和交货期控制两个中心，全程控制从订单到资金回笼的全过程，全面提升船舶制造企业的管理水平；已成功开发出具有自主知识产权的流程式生产企业的ERP／MRPⅡ软件，经江苏省无形资产机构评估，其无形资产价值560万元；《适合国情的ERP／MRPⅡ的研制与实施》项目通过江苏省科委鉴定，已成功地为国内数十家大中型船舶制造企业开发各类管理信息系统，该软件根据船舶制造企业的管理特点，实现了订单式生产ERP／MRPⅡ与CAD／CAPP／PDM的紧密结合，围绕成本和交货期进行企业流程再造，填补了国内订单式生产企业ERP／MRPⅡ软件的空白，达到了国内领先水平。
在造船材料和焊接技术方面能开发船舶高效焊接材料、铝合金整体壁板制造、非晶态钎料制备、钛合金的薄板形成、焊接等国防工业的关键技术，船舶综合后勤保障系统，船舶航行控制研究，计算机控制研究，智能仪表研究等船舶设备自动化系统及装置具备了强大的攻关能力。
2000年与学校合并的中国农科院蚕业研究所，拥有世界上一流的保存规模最大的桑、蚕种质资源库及部级产品质检中心，能够开发优质高产桑树新品种、新型优质蚕品种、新型原料茧丝用蚕品种等系列蚕、桑新产品。已投入使用的科研成果有五大类50余个产品，累计产生经济效益达50亿元。
为了拓宽科研渠道，适应市场经济条件下科研项目新的来源，华东船院认真按照ISO9001：2000质量体系认证标准，加强对科研工作的管理，开展了卓有成效的工作。2002年8月20日，船院工程技术设计研究院收到了国内权威质量体系认证机构颁发的认证证书，取得了进军国防科研和走向国际的“通行证”，这在江苏高校尚属首次。
经过多年的探索与发展，今天的华东船院在科研方面已是优势突出、硕果累累。1995年以来，华东船院科技经费总量近1.2亿元，完成科研成果905项，华东船院科技工作发展迅速，完成科研成果近千项，其中获国家科技进步奖2项、三等奖2项、省部级科技进步奖5581项。综合科技实力位列全国千余所高校的200名以内。目前华东船院承担的在研项目有500余项，在研科研经费5600余万元，其中国家级项目有：国家“863”计划子专题2项，国家自然科学基金34项，“十五”国家重点科技攻关项目、国家科技基础研究、国家风险基金等12项。
为进一步提升科技实力，学校力争在未来5年内，年度科技经费总量增长率保持在25％，完成课题600项，鉴定、验收科技成果400项，发表论文4000篇左右，新建2－3个省级重点实验室或省级工程技术研究中心，新建5－6个科技实体，到2007年，年科技经费总量达6600万元。
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