积极推进以现代化教学为核心的教学改革，是军队院校自觉践行“三个代表”重要思想，积极推进中国特色军事变革，加速培养高素质新型军事人才的必然要求和实际步骤。工程兵指挥学院认真落实全军院校教学改革工作会议精神，启动了一场以提高人才培养质量和系统推进现代化教学为核心的新一轮教学改革，以创新的教育观念为先导，以创新的教学内容为核心，以创新的教育方式为保障，在构建具有鲜明军事教育特色的现代化教学体系方面取得初步的成效。
学院针对一段时期以来有些人将“以培养人才为中心”和“以教学为中心”相互对立的错误观念，以及力争搞教学和科研“两个中心”的不切实际的思想，引导官兵坚持从学院自身的实际出发，科学定位学院办学特色和建设发展方向，牢固确立了以教学为中心的思想观念。
为了克服传统的以教员为中心、以课堂为中心、以教材为中心的教学模式，学院大力倡导“教为主导，学为主体”的现代教育观念。在教学过程中确立学员的“三主”地位，即学习的主人、学习的主体和激励学员主动学习，充分发挥教员的“三导”作用，即学员自主学习的指导者、引导者和辅导者，积极引导学员参与教学过程，把学员看成是充满活力的知识探求者，使学员学会学习，从而形成了浓郁的启发式、研究式、民主式的教学氛围。
学院坚持以为推进中国特色军事变革提供强有力的人才和智力支持为己任，以培养综合素质高、创新能力强人才为目标，积极倡导素质教育和创新教育观念，引导官兵树立了“合格＋特长”人才质量观，大力加强特长教育，加强个性化教学的力度。
教学内容改革是推进现代化教学的核心。该学院按照培养高素质新型工程兵指挥人才的要求，跟踪世界军事、科技发展的最新成果，初步构建了针对性强、综合化程度高、科学、先进的教学内容体系。
学院以课程设置为重点，根据各级各类工程兵指挥人才知识、能力、素质的基本内涵和科学构成的要求，整合了专业课程设置。对于中级任职培训，学院打破课程壁垒，创建了工程兵旅团工作综合课，实现课程体系的结构性重组，形成了体现任职培训特点，体现专题式教学、案例教学等要求的新的课程体系。对于初级培训，学院根据生长军官教育特点，构建了以必修课、选修课、自修课相结合，显性课程与隐性课程相配合，自然科学、人文社科和军事科学相融合，指挥、管理、技术相整合的新型课程体系。学院根据军队院校推进素质教育、创新教育的新形势和部队对人才培养的新要求。突出政治、数学、外语、计算机等核心基础课的教学，鼓励学员参加全国、省部级高等数学竞赛、数学建模竞赛等，实现文化基础课教学内容和教学要求与军、地普通高校接轨。
学院对教员授课质量跟踪评估，形成了完备的学员、同行和专家三级评估体制。改进督导方法，切实发挥了教学督导的监督、指导、协调和反馈作用。各级领导及时深入教学一线，形成了完善的领导干部跟查课制度。
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