国家“985”工程的实施与新吉林大学的诞生几乎是同步开始的。吉林大学在为期三年的“985”工程一期共建中，以实施《面向21世纪教育振兴行动计划》项目为契机，坚持以学科建设为龙头，以师资队伍建设为重点，以人才培养和科学研究为中心，积极探索自主办学新体制，不断提高办学水平和办学效益，有力推进了新吉林大学的实质性融合和发展。
2001年2月，教育部与吉林省决定重点共建吉林大学，并在2001年至2003年三年内，教育部和吉林省分别投入建设经费4亿元和3亿元人民币，吉林大学的“985”工程正式启动。
“985”工程实施以来，吉林大学始终把学科建设作为学校建设与发展的“重中之重”。合并后的吉林大学学科规模优势明显，覆盖了除军事学之外的十一大学科门类，造就了一个综合性的学科发展空间。
经过“985”工程一期建设，目前，学校已拥有本科专业115个；学科总数由2000年的178个增加到现在的234个；国家级重点学科由2000年的12个增加到16个，吉林省重点学科达到58个。
借助“985”工程的推动，吉林大学重点学科的质量和水平明显提高，优势、特色学科得到提升，马克思主义哲学、无机化学等16个学科在国内处于领先地位并在国际上有较大影响，其中的无机化学、物理化学、高分子化学与物理、车辆工程等学科的一些研究领域已达到国际先进水平。
实施“985”工程建设以来，吉林大学始终以学科专业建设为中心，坚持把学术梯队建设、师资队伍结构调整、高层次创新人才培养以及改革用人制度和建设灵活有效的人才管理体系作为师资队伍建设的主要内容，全面实施了“人才建设工程”，取得了良好的成效。学校现有教师5824人，其中，中国科学院和中国工程院院士15人、“长江学者”特聘教授13人、跨世纪优秀人才34人、杰出青年基金获得者16人、吉林省特聘教授4人、博士生导师623人。在首届全国百名“教学名师”评选中，吉林大学有3人入选。
三年来，吉林大学引进双聘院士4人，诺贝尔奖获得者1人，学术带头人层次的教师24人，招聘国内外博士70人。尤其值得一提的是吉林大学良好的人才环境吸引了越来越多的海外留学人员来校效力，留学回国人员数量由2000年的1562人上升为2003年的1813人。
实施“985”工程三年以来，吉林大学的科研实力明显增强。科研经费总量由2000年末的1.5亿增至2002年末的2.7亿元，增长率达到了80％，其中国家自然科学基金由2000年末的1190万元增至2002年末的1970万元，增长了66％。
截至2002年末，发表学术论文总数为3544篇，其中SCI收录637篇，EI收录141篇，ISTP收录53篇，社科核心期刊533篇；三年以来，获得国家自然科学奖1项，国家科技进步奖5项，省部委奖87项，人文社会科学奖166篇，获得全国优秀博士论文奖3项和一批部、省级科研成果奖。
三年中，获得国家自然科学基金项目225项，经费达5534万元；获得国家哲学社科基金项目43项，获经费资助224万元，获项目数名列全国高校第四名。
“985”工程的实施使吉林大学的科研能力和水平有了较大地提高，取得一系列丰硕的科研成果。
获得国家自然科学二等奖“原子簇结构、化学键和结构规则”研究项目提出了碳原子簇和硼原子簇互为共轭多面体新概念，早于诺贝尔化学奖获得者Lip scm b，对原子簇化学领域的发展将起着重要的推动作用。
我国及全球早期被子植物研究项目首次发现迄今世界最早的被子植物“辽宁古果”，并提出“被子植物起源的东亚中心”假说，为破解达尔文的“讨厌之谜”开辟了新的研究思路。该成果以第一名排序被评为“2002年中国高等学校十大科技发展”之一。
“985”工程实施以来，吉林大学全面推行素质教育，人才培养能力与水平显著提高。
三年来，吉林大学重新制定了本科生培养方案，积极改善教学手段，将最新的教学思想引进教学过程中；重视学生思想道德教育、加强了学风建设；培养创新能力、提高学生综合素质，并采取有力措施，努力提高研究生培养质量。
学校现有在校全日制学生63000人。培养的本科生一次就业率达到了86.96％。培养的研究生基础扎实，科研和创新能力不断增强，2000年以来，已有3篇论文获得全国优秀博士论文奖。三年来，吉林大学新出版教材近200种，获得优秀教材奖8项，获得优秀教学成果奖49项，其中国家级教学成果奖10项。
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