一是乾隆、嘉庆时期。由于《四库》成书于这一时期，参与编纂《四库》的学者大多仍健在，更由于《四库》的“钦定”性质，加上当时文字狱的恶劣影响，人们心有余悸，因此对《四库》以及《四库提要》“不敢置一词”，妄加评议，“间有不满，微文讥刺而已”。
二是道光、咸丰以后。此时清朝已度过如日中天的黄金岁月，呈现出衰败气象，文网渐疏，士大夫乃敢稍稍议论。其时学风也为之一变，以龚自珍、魏源为代表的“新学”兴起了。首开风气的龚自珍说：“本朝自有学，非汉学。……若以汉与宋为对峙，尤非大方之言。……不足概服宋儒之心。”由于四库馆是汉学家的大本营，《四库提要》又是汉学思想的结晶，故龚自珍的批评实际上是对此而发。稍后魏源也不满四库馆臣之好讥弹宋儒，批评纪昀“不喜宋儒，其总目多所发挥”。著名史学家夏燮之兄夏炯也批评四库馆臣“不知体要”，认为“四库诸公竟专与宋儒为怼”。这些批评反映出道咸以来汉学的日趋衰落和学风的转变。
三是清末民国时期。张之洞在督学四川时，从学子治学的角度，大力推崇《四库提要》的功用，认为诸生只要“将《四库全书总目提要》读一过，即知学问门径矣”。梁启超也大力推崇《四库》，认为这是清政府在文化事业上“应该特笔大书的一事”。同时，他还从文献学的角度充分肯定《四库》的“辑佚”之功，认为《四库》“其书采自《永乐大典》者以百计，实开辑佚之先声”。著名史学家陈垣也高度重视《四库》的文献价值。1920年他曾亲自对文津阁本进行彻底清查，并将文津阁本所收书的提要与《四库提要》对照，发现不少差异，首次提议将文津阁本提要汇集影印，以供研究。而作为新文化运动干将的鲁迅则从政治角度对《四库》提出批评。他指出：“乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章；不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人。”可见这一时期对《四库》的评价呈现了多元化趋势。
四是新中国成立以后至改革开放前。著名学者余嘉锡穷数十年之功研究《四库提要》，为《四库提要》辩证。他深知《四库提要》的学术价值，指出：“道、咸以来，信之者奉为三尺法，毁之者又颇过当。愚则以为《提要》诚不能无误，然就其大体言之，可谓自刘向《别录》以来，才有此书也。……故衣被天下，沾溉靡穷，嘉、道以后，通儒辈出，莫不资其津逮，奉作指南，功既巨矣，用亦弘矣。”但由于“左”的思想影响，此一时期对《四库》的评价也不可避免地打上了阶级斗争的烙印。
五是改革开放以后。学术界在新时期开始以平和的心态、宽广的胸怀来评价中国传统文化，因而对《四库》的价值也开始重新认识。季羡林指出，编纂《四库》，“乾隆的政治目的是司马昭之心，路人皆知。编纂者在个别地方有所删削，这也是事实。鲁迅先生虽说过这个问题，称之为‘四库残书’，也不能说毫无根据，但是到了今天，几百年过去了。事实证明了《四库全书》还是有用的。”它的功绩表现在两个方面：一是查起来方便，二是保留了一些如果不搜集在一起就会散佚的古籍。而此一时期人们对《四库》的批评，主要是就禁书、改书而言的。如何看待这个问题？任继愈指出：“说到禁书，这实际上是历代封建王朝皆有的事情，历代统治者莫不为之，在《四库全书》编纂之前、完成之后，亦皆有之。……至于删改典籍，这恐怕也不是乾隆一个人的专利。乾隆从政治需要出发，对许多文献进行删改，其实也是符合历史逻辑的，这是历代统治者惯用的做法。我们不能因噎废食。”因此，他大声疾呼要为《四库全书》“正名”：“无论如何，《四库全书》的编纂是一项前无古人的文化伟业，迄今为止，她也是最能代表中华文化博大精深的载体。”2002年在《续修四库全书》出版座谈会上，李瑞环指出：“《四库全书》汇集了乾隆以前历朝历代的学科领域，各学术流派的优秀典籍，其门类之全、内容之丰，令世人叹为观止。应该肯定，清王朝对中华民族传统文化的整理和保留是做了大量有益工作的。但由于清朝统治者的狭隘心理，由于编纂者的学术偏见，也由于当时技术手段所限，《四库全书》既不全也不准，一些该收入的重要著作没有收，一些著作收入时作了若干改窜或删除，一些著作收入的不是最好的版本，造成了这部大书的历史遗憾。”李瑞环对《四库》的评价可以说是代表了新时期学术文化界的共同心声。
总之，《四库》问世以来，人们对它毁誉纷呈。时代不同，角度不同，认识不同，评价也就各异。我们只有坚持实事求是的态度，以海纳百川的胸怀，才能对包括《四库》在内的中国传统文化的学术价值，给予正确的评判。
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