制度运行是一定社会或者共同体为了实现公共目标而运用制度的行为，它的表现形式虽然多种多样，但主要有两类，一是制度管理，二是制度实现。前者是就制度的内容和性质而言的，后者是就制度的功能即制度对现实社会生活的作用而言的。相应于这两个方面，制度运行伦理包括制度管理伦理与制度实现伦理。
制度管
应该如何对制度进行管理，关涉的是如何在社会的发展过程中使制度的内容和性质保持同一性的问题。其首要的道德要求是规范性要求。它意味着公共权力是一种被规定了的规范性权力，意味着公共权力机关对制度的管理是依据规章制度而进行的管理。它的第二项道德要求是持续性要求。它要求公共权力机关始终一贯地坚持制度，既不能随心所欲、反复无常，更不能制造“制度真空”。只有这样，人们才能照章而行，才会有安全感。它的第三项道德要求是绝对性要求。这不是指制度的不可变更性，而是制度一旦确立，就必须被人们普遍遵守。这些道德要求的目的，是为了确保制度对整个社会生活的“在场”和有效，确保社会秩序，确保公共目标的实现。
制度实现伦理直接关系着人类福利，因而是制度运行伦理更为重要的方面。它关注制度与现实社会生活的良性互动，以及如何准确而高效地实现制度的效能，为此需要运用强制、惩罚等手段。制度实现伦理包括“制度运用”伦理、“制度监督”伦理与“制度裁决”伦理，前者关涉公共权力机关在其行动中应该如何运用与对待制度的问题，后两者关涉公共权力机关应该如何用制度监督与判定他人或社会群体行为的问题。其主要内容是：第一，堵塞制度性漏洞。制度性漏洞有两种：其一是结构不全，彼此互相独立而未形成一个具有内洽性的整体，以致彼此矛盾冲突；其二是某种制度不严密，有空子可钻，为不良者提供了无风险的作恶空间。堵塞制度性漏洞的目的，或是为了预防有人充当制度的“逃票乘客”，或是防止有人利用这种不严密去作恶，最终是为了实现制度面前人人平等。第二，严守政府行为的边界。政府是制度实现的保障，是增进共同利益的工具。政府行为虽然是制度化的行为，但由于其对公共权力的使用存在着滥用的可能，因而有可能超越所规定的边界。政府应该严守其行为边界是制度自身的要求。但这并不意味着政府应该放任个人违背制度的行为，相反，政府应该对这种行为予以惩罚。第三，禁止个人或群体自行应该由公共权力机关实施的行为。对于发生的侵害事件，当事人或者他人以为对作恶者予以报复是完全正当的，因而当事人可能会自行正义，他人可能会打抱不平。公共权力机关应当禁止这种行为。这种禁止实际上就是否定制度实现中的私人化行为，以确保公共权力机关对强制、惩罚等制度化行为的垄断。公共权力机关对这种制度化行为的垄断，既能防止惩罚的随意性，及时而合理地对作恶者予以制裁，又有利于化解当事人之间的矛盾。
制度运行并不是纯技术性的，在价值上并不是中性的。正因为如此，制度运行就应当遵循一定的伦理原则。
第一，服从原则。这一原则是就行为主体对制度的关系而言的，是由制度本身的权威性、强制性和稳定性所决定的。其基本内容是严格遵守制度，杜绝任意性。它首先要求公共权力机关及其人员在其行为及监督、判定他人的行为时坚持制度，前后一贯地依据制度处理一切事务，并维护制度的权威。由于制度只是一种一般化、普遍化的要求，它并没有告诉人们应该怎样将其同丰富多样的现实社会生活联系起来，没有告诉人们应该如何满足这种要求，因此，公共权力机关及其人员在依据原则行事时还拥有自由裁量权。这种自由裁量权不能成为公共权力机关及其人员不服从制度的理由。其次，它也要求个人不违背制度，服从公共权力机关的决定。需要指出的是，个人对公共权力机关决定的服从，并不是服从公共权力，而是服从公共权力机关据以作出决定的制度。如果个人所服从的不是制度而是权力，那么，权力就会在独立运作中凸显其自我膨胀的本性，摆脱制度的刚性约束，最终成为制度的反对者，使制度形同虚设。个人对制度的服从有两种情况，其一是消极的服从，其二是积极的服从。之所以会有如此区别，其原因就在于制度的伦理观基础和制度结构本身是否合理，在此意义上，人们对制度的服从最终是对制度由之建立的伦理观的服从，这才是人们服从制度的真正动因。
第二，公平原则。制度运行的这一原则是就制度对人的关系而言的，是由制度本身的普遍性或普适性所决定的。其基本要求是：公共权力机关及其人员应该依据制度平等地对待每个人，既关注每个人应该享有的权利，为他们提供起码的生存发展条件，又让每个人履行应尽的义务；对守规者赏，违规者罚。公平地运用制度、公平地对待每个人是制度所内含的分配公正的体现。公平对待或者“同样的情况同样对待”有两种情形，其一是相同的情况一样对待，其二是不同的情况不同对待。前者的逻辑前提是关于人的同一观，而后者的逻辑前提则是关于人的差异观。制度本身应该反映这两个方面，制度运行应该兼顾这两个方面，否则，它们是没有道德上的合理性的。
第三，效益原则。制度运行的这一原则是就制度对公共目标的实现而言的，是由制度本身的实用性或工具性所决定的。其基本要求是：公共权力机关及其人员应该充分发挥制度对整个社会生活的作用，以维持公共生活秩序，实现公共利益。具体来说，它有效率、效力和利益三个要求。效率要求既是一个节省成本的要领，要求尽可能地减少制度运行中的决策成本和操作成本；又是一个时效概念，要求在预定的时间内实现既定的目标。效力要求的中心任务就是充分地发挥制度的潜力，它要求公共权力机关及其人员通过各种方式来增强制度对现实生活的解释力和适应力，让民众能够更快更好地理解、认同制度，使用正当合理的、可以被民众普遍接受的实施制度的方式，以免制度运行的低效和无效。利益要求就是制度运行应该以公共利益为中心，排除各种障碍，坚决地实现公共利益。
无论是制度管理伦理和制度实现伦理，还是制度运行所应该遵循的伦理原则，都是以制度运行的道德目的为指向的。制度运行的道德目的是同制度的对象与作用范围内在相关的。众所周知，制度是为了公共生活而设计的,其对象和范围限于公共生活领域。这意味着制度运行的道德目的一定是有关公共生活的目的，而非纯粹的私人目的。这种道德目的表达人们对公共生活的合理期待，反映人们对“善”（这种“善”不是道德意义上的善，而是广义上的被人们所追求的价值）的一致选择。它构成制度的实质内容，并通过制度体现出来，就此而言，人们依据对善的选择而建立的制度实际上是善的制度化。
制度运行的道德目的不是别的，而是为了实现优良的公共生活。制度运行伦理所要求的实现公共生活的优良方式，其一是国家或者政府既要有对“善”的明确立场，恪守并努力实现制度化的价值目标，又要对公民们的不同追求进行有力引导、予以合理限制，并严格恪守自身行为的边界。其二，制度运行伦理要求的是组织公共生活的理性力量和理性方式，一方面禁止个人或群体自行正义，而要将实现正义的私人化行为变为制度化行为；另一方面预防公共生活的随意性，确保公共生活的确定性、稳定性。正因为如此，在制度运行伦理备受关注的社会里，公共生活的变迁就不再简单地以暴力方式来进行，而是通过在对制度的道德批判基础上的新的制度安排来进行。其三是制度运行伦理反对个人在享受了制度所带来的权利后不愿承担相应义务或者代价的不义行为，使之没有可能充当制度的“逃票乘客”，并肯定惩恶的必要性，通过惩恶来维持良好的公共生活秩序，确保社会的全面进步。
