国家杰出青年科学基金所以得到科学界的普遍认同，产生广泛的影响，固然在于她所取得的骄人成绩和所发挥的重要作用，更在于她所建立的尊重科学研究规律和人才成长规律、以人为本的管理模式。调研中所接触到的知名科学家和几乎所有国家杰出青年科学基金获资助者，都对国家杰出青年科学基金的管理模式给予了高度评价，
概括国家杰出青年科学基金的管理模式有三个特点。
第一，注重规范程序，评审和资助工作公平、公开、公正
在调研中不断探讨过这样一个问题，“杰青”对中国科技发展的深刻贡献在哪里？毋庸置疑的是她培养、吸引和凝聚了一批优秀中青年科学家。但是中国科技崛起的重任决不是千余名科学家的肩膀所能承担的。以先进的管理理念建立起合理、科学的管理模式和规范的执行程序，为提升一代科学家整体素质提供有力的制度保障，才是中国科技崛起的希望。对此，国家杰出青年科学基金的管理进行了有益的探索。
在评审中，坚持了科学基金“依靠专家，发扬民主，择优支持，公正合理”的评审原则，形成严密和规范的评审程序。为确保评审工作的水平和质量，组建了包括近200位专家组成的7个专业评审组；建立了由学术威望高、造诣深厚的科学家和来自8个部门的管理专家组成的评审委员会。自然科学基金会要求参与评审的专家以高度责任感认真履行职责，严格执行评审程序，恪守回避和保密规定。
提交的每一份申请首先经过5位同行专家通讯评议。在此基础上择优选出提交专业评审组会议评审的名单。会评中，申请者到会答辩，会评专家在充分讨论的基础上以无记名投票方式产生建议资助人选。建议资助人选名单经自然科学基金会委务会议审议后进行一个月的异议期公示，广泛听取科学界的意见。最后，由评审委员会进行评定，并由自然科学基金会公布。
这样严密的评审程序和相关的制度安排，以及组建高水平的评审专家系统，保证了国家杰出青年科学基金评审和资助工作的公平、公开、公正。许多获资助者对国家杰出青年科学基金评审和资助的公正性备加赞赏。中科院兰州近代物理所张玉虎研究员谈到，他回国不久便酝酿申请“国家杰出青年科学基金”，但对于申请这样一个国家一流水准的基金却心存顾虑。“我们所的一位老院士指点我，‘国家杰出青年科学基金’评审程序严格，注重你的研究水准和方向，在科学家的眼里学问第一，名气第二。我照此行动，果然一次过关。”这个过程使张玉虎对该项基金评审的公正性有了深刻的体会。他说：“‘国家杰出青年科学基金’的评审真正做到了注重申请者研究工作的价值而非申请者的名气和地位，这种引导对于治疗学术浮躁应该是一剂良药”。
重视程序的科学、规范、严谨，是行政管理现代化的体现。国家杰出青年科学基金程序设计的最大贡献在于通过一系列优选程序安排，实现了对现代理念的成功引进。
第二，树立科学的人才观，注重申请者的学术水准和综合素质
在申请中，坚持科学工作者自由申请，努力为申请者提供自由发挥的空间。提供申请人的是一份申请书大纲，而不是作出刚性规定的、表格式的申请书。这份申请书大纲由几个事先设定的问题组成，包括以往取得的成果、今后从事研究工作的方向及设想等等。申请者根据这份大纲自行撰写申请书，形式不拘一格，让申请者享有充分发挥的自由。对此，受资助的中青年学者均颇有感慨。中国空气动力研究中心总工程师邓小刚谈到，国家杰出青年科学基金这种宽松的申请模式，给予科学家充分的自由空间，却强化了我们的自律理念，使申请者的人格特征在制度安排中获得升华。
这项基金的评审工作始终坚持德才兼备原则，把科学道德、科研业绩和创新潜力作为主要遴选标准，弘扬科学道德，重视学风建设。国家杰出青年科学基金的资助对象是人，而不是科研项目，因此尤其看重申请者所取得的成绩、治学态度、在学界的口碑，强调申请者的创新潜力。在考察科研业绩中，注重申请者研究工作的科学价值和对社会进步的实质性贡献，克服和摒弃片面追求论文数量、急于求成的不良倾向，保护和激发中青年学者的创新热情，引导他们大胆探索，勇于冲击世界科学前沿和国家社会经济发展的重大科学问题。这意味着国家杰出青年科学基金的管理模式从关注项目自身转向对申请者学术水准和综合素质的考量。
关注科学家的个人能力和信誉，决不意味着“门槛”会因此而稍有降低。从申请者以往业绩考察其研究能力，仅是观察的角度有所不同，更加符合以人为本的理念。
第三，尊重人才成长规律，努力营造人性化的管理氛围
基础研究的一个显著特点是“厚积薄发”，这就决定了基础研究人才的成长必然更加需要充满人文关怀的环境和氛围。只有实现人的全面发展才能够实现创新成果的涌现。在国家杰出青年科学基金管理工作中，强调营造人性化的管理氛围，赋予获资助者以较大的选题灵活性；简化管理程序，减少管理环节，努力减轻获资助者的负担。新修订的《国家杰出青年科学基金管理办法》规定，在4年的资助期内，只进行一次中期评估，强调以定期组织学术报告和学术交流研讨活动推动获资助者之间的思想碰撞，以对工作状态和创新前景的评价取代硬性的检查验收；鼓励获资助者开展国际合作与交流，在世界范围内建立合作伙伴关系，不断拓展把握科学前沿的国际化视野。与此同时，大力倡导爱国主义精神、拼搏奉献精神、艰苦创业精神、团结协作精神和诚实守信精神，不断增强获资助者群体对于国家和社会的责任感和使命感。
张玉虎研究员在谈到获资助的体会时说：“相比较而言，完成‘国家杰出青年科学基金’资助要求，虽然面临比较大的学术压力，但是心理上却感到很‘自由’”。这种使科技工作者感到“心理自由”的管理，有利于青年科技工作者心无旁骛地在科学前沿进行探索。这正是“国家杰出青年科学基金”的魅力所在。
清华大学郑泉水教授说：“国家杰出青年科学基金的设立,使得我有很好的条件进入新领域,长期专注于创新性强的研究。”
中科院成都山地灾害与环境研究所崔鹏研究员说，国家杰出青年科学基金和其他科技计划的支持，为我
提供了较大的发展空间，使我下决心去做风险大、一时难出成果的学科最基础、最前沿的工作。
首批获资助的四川大学校长谢和平院士谈到，根据国家杰出青年科学基金的管理规定，可以不必接受许多烦琐的检查和评估。这种“宽松”的背后，体现了一种高度的信任，也使科技工作者增强了责任感和使命感。
鉴于基础研究国际化趋势的凸显，我国广大科学工作者参与国际合作与交流的愿望日益强烈。在广泛的合作与交流中汲取发达国家的经验，为科学工作者在国际科学舞台崭露才华提供有力支撑，是我国造就优秀学科带头人、实现跨越式发展的路径之一。然而在现实中，资金短缺仍然是科学工作者特别是从事基础研究的学者时常头疼的问题。《国家杰出青年科学基金管理办法》规定，所拨经费中的20%可以用于开展国际合作与交流。据了解，该比例不仅是科学基金各类资助项目中比例最高者，在国家其他科技计划管理办法中也均未见到如此明确的规定。对此，中科院化学所的一位获资助者谈到，国家杰出青年科学基金这一规定的作用是使受资助者可以理直气壮地使用资金进行国际交流，避免了“因审批而耽误功夫”。
许多青年学者饱含深情地说，国家杰出青年科学基金这种以人为本、鼓励探索、宽容失败的管理模式体现了“人文关怀”，形成一种让科学家眷恋的科学基金文化，激励着一代中青年学者在科学的海洋中扬帆破浪，奋勇前行。
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