中国科学院实施知识创新工程试点以来，积极承担国家重大科技任务，同时有组织地按照重大项目、重要方向项目和领域前沿项目三个层次部署一批创新项目，科技创新活动空前活跃，各类创新项目进展顺利，在战略高技术、重大公益性科技创新和重要基础研究等方面取得了一批对经济、社会和科学发展有重大影响的创新成果。知
战略高技术创新
实施知识创新工程以来，中科院面向国家战略需求，面对世界科技发展的机遇与挑战，准确把握战略高技术前沿，加强关键技术创新和系统集成，在空间、信息、能源、新材料与化工等领域获得若干重大技术突破，在我国民用高科技和国防科技战略发展中发挥了突出作用。
――出色完成了载人航天工程应用系统总体及配套任务。中科院有49个研究所、千余名科技人员投入了这项伟大工程，创造了100多项具有自主知识产权的新技术、方法，5艘飞船的全部应用试验圆满成功。
――成功发射了“创新一号”存储转发通信小卫星，使我国低轨卫星通信技术总体水平上了一个新台阶，标志着我国在微小卫星技术的实用化方面已达到国际先进水平。
――研制成功了“龙芯”系列通用CPU芯片，结束了我国信息产业“有机无芯”的历史。
――研究开发了曙光、深腾系列超级服务器，打破了我国超级计算机完全依赖国外进口并受到严重限制的局面。曙光、深腾系列超级计算机已跻身世界高性能计算机前列，并在人类基因组和水稻基因组测序、油藏模拟、大规模科学计算、信息安全以及国家网络建设方面得到重要应用。
――煤基合成液体燃烧浆态床工业化技术的开发取得重要进展，标志着我国已掌握了煤合成油的核心技术。
重大公益性科技创新
针对我国经济社会可持续发展中的重大公益性科技问题，中科院有效组织科研队伍集成攻关，在农业、人口健康、资源环境和经济社会发展等领域做出了一批基础性、战略性、前瞻性的创新贡献。
――创新药物研究取得一批成果。治疗艾滋病新药“复方SH”已获准在泰国上市。治疗急性心肌梗塞的注射用重组葡激酶已获国家一类新药证书。抗早老性痴呆新药希普林同时在法国、瑞士和荷兰的28家医院进行Ⅱ期临床试验，有望成为我国具有自主知识产权的创新药物。
――西部生态环境演变规律研究为国家确定西部大开发重点经济带及其空间范围提供了科学依据。浑善达克沙地等5个生态环境建设试验示范区工作成效显著，在技术集成、试验示范技术推广、环境建设咨询等方面取得了重要进展。
――创造并运用系统综合因素预测法，开展了全国粮食产量预测研究，每年5月初提前半年向中央上报当年度全国粮食、棉花和油料产量预测报告，预测平均误差仅为1.9％，受到党和国家领导人多次表扬和肯定。建成了我国第一个“中国农情遥感速报系统”，为国家粮食宏观调控提供了重要依据。
――冻土路基的稳定性是青藏铁路工程建设面临的最大难题之一。中科院科学家提出的“主动冷却路基，积极保护冻土”的设计思路，为青藏铁路工程建设提供了关键性的技术支撑。
――在抗击非典战役中，中科院在国内率先完成了冠状病毒的分离与全基因组序列测定，解析出世界上第一个SARS冠状病毒蛋白质的晶体结构，发现了SARS病毒一种新的蛋白质感染人体正常细胞的一条可能的作用途径，成功构建SARS病毒DNA前期疫苗，并在动物试验中检测出抗体，为药物研发和疫苗研究以及疾病的防治奠定了良好的基础。制备出首个检测抗SARS冠状病毒抗体的蛋白质芯片，建立了快速、灵敏、准确的SARS血清质谱指纹图谱分析技术，研制出酶联免疫检测试剂盒，优化了预防SARS的复合干扰素的生产工艺，开发出若干预警监测技术设备和预警预测方法，得到了党和国家领导人的充分肯定。
重要基础研究创新
中科院科学家面向世界科学前沿，瞄准重大科学问题，加强原始科学创新，努力攀登科技高峰，在生命科学、物质科学、数学与系统科学、脑与认知科学、地球与环境科学等领域取得若干原始科学创新成果和重要进展，受到世界科学界高度关注。
――以中科院为主的科学家高质量完成了国际人类基因组计划1％测序任务。对于中国科学家完成的“水稻（籼稻）基因组工作框架图和数据库”，《科学》杂志以14页长度和封面专栏加海报发表，在国际上引起很大反响。此后，中国科学家又完成了高精度基因组精细图，覆盖了97％的基因序列。采用克隆步移法完成了对水稻（粳稻）4号染色体全长序列的精确测定，《自然》杂志审稿人认为这项工作是“继水稻基因组草图完成之后国际水稻基因组计划中又一具有里程碑性的工作”。
――以上海有机化学研究所蒋锡夔院士等为主要完成人的“有机分子簇集和自由基化学研究”获得2002年度国家自然科学一等奖，打破了此奖项连续多年空缺的局面。
――中国科学技术大学潘建伟研究群体对多粒子纠缠态的操纵与鉴别问题进行了系统研究，取得了一系列重要的理论与实验突破，被国际同行认为是“远距离量子通信实验领域一个重要进展”。
――中科院金属研究所卢柯院士领导的创新群体发现了纳米金属铜室温超塑延展性，此发现不但推动了纳米材料的形变机制及结构性能关系研究，而且为发展材料的加工技术开辟了新的领域。
――对云南寒武纪早期澄江动物群的研究，以大量证据证实了突变在生命进化过程中的客观存在和重要作用。提出以三叶虫的首现面作为上寒武统的底界层型剖面和点位，它们的底界层型是寒武系内的第一个“金钉子”。
――辽西热河生物群研究取得重要成果，为鸟类的恐龙起源学说提供了最新、最重要的证据。
――在攻克世界公认的数学难题方面，成功地解决了“扩充未来光管猜想”问题；解决了有百年历史的Prandtl系统整体解的存在性公开问题，在Lusztig猜想的研究中取得了突破性进展；在吴文俊院士开拓的数学机械化研究领域又取得了一系列新进展，使我国在该领域继续保持在国际前沿。
展望未来，到2020年前后，中国科学院将在科技创新水平和竞争能力上实现跨越发展，整体达到国际先进水平，成为国际著名的综合性国家科研机构，成为我国推进社会主义现代化进程的重要战略力量，成为我国初步实现科学技术现代化的重要标志。
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