区域经济发展的理论和实践都证明，仅仅依靠市场机制是难以实现区域经济协调发展的。只有靠政府强有力的干预才能将区域经济发展差距控制在社会能够容忍的范围之内。更为一般地说，在经济发展的效率性与公平性问题上，市场机制能够有效发挥作用的是在效率性的领域，而公平性则是市场“失灵”的领域，对于维持必要的区
政府调控区域经济的职能主要体现在区域难起作用的领域：一是纠正区域市场缺陷，包括规范区域经济发展的市场行为规则，提供市场信息，监督市场活动等，以此为区域经济发展提供一个良好的市场环境；二是弥补市场失灵，主要包括组织与制定区域经济规划与政策，协调区际关系与供求平衡，防止区域经济大幅度波动，组织区域基础设施与外部经济大的部门建设，保护区域自然资源与生态环境等。笔者认为，在具体实践中，政府可以从多方面协调区域经济发展：
――加快制定促进区域经济协调发展的总体战略和规划。调控区域经济发展差距，促进区域经济协调发展，涉及到我国区域经济发展总体战略、国民经济空间布局、区域之间利益关系等许多重大问题和关系的调整。这是一个长期的发展过程。政府能对如何促进区域经济协调发展制定总体战略和规划，把所需要达到的战略目标和阶段性目标，实现目标的过程和阶段，相应的任务和行动方案，以及可能遇到的问题和应对策略等重大的战略性问题都事前进行科学的筹划，并以此为依据，有计划、有步骤地进行调控。这样，才能避免在调控中头痛医头、脚痛医脚的现象。区域规划就是对一定区域范围内进行开发、保护、利用等多方面所制定的协作发展的总体部署。其实质内容就是要求把一个区域内部发展经济的各种要素进行合理组织、统筹规划，解决国民经济各部门在区域布局上的矛盾。国家通过制定大区域经济发展总体战略和规划，提出区域经济发展的方向和重点，并综合协调和运用各种区域经济政策对一些区域的基础设施和基础产业进行规划布局。选择区域经济发展的重点，充分发挥区域比较优势，通过自身经济发展水平的提高，缩小区域经济发展差距。
――加强各大经济区域发展的协调。由于我国幅员辽阔，形成了各不相同的经济区域。有的区域和地带发展快，有的区域和地带发展慢。要想整体划一的齐步发展是不可能的，但过分的差距不利于全国的共同发展。地区之间的协调并不意味着地区发展差距的缩小。加强各大经济区域发展的协调，一是要增强东部地区的国际竞争力。提高这些区域的国际竞争力，是更好地对外开放的需要，是保持全国经济长期快速发展的需要，也是奠定区域协调发展物质基础的需要。二是要保持西南地区和大西北地区大开发的可持续性。西部大开发是一项长期而艰巨的任务，现阶段西部地区的经济发展主要是国债投资和中央预算内的基建投资推动的。一旦国债淡出，如何保持经济的快速发展将是西部地区面临的严峻挑战。因此，如何通过制度安排来为政府保持西部大开发的可持续性、协调区域经济发展提供保证还需要探索。三是要协调好长江、黄河上游生态屏障建设与中下游经济社会发展的关系与长江黄河上游生态屏障建设与自身经济发展的关系。不能仅就这些大江大河中下游地区的水患进行单方面的治理，政府特别是中央政府要对上游地区生态屏障建设进行更多的投入来实现上游与中下游地区的经济发展协调。最后，政府还需要协调好新兴区域与进行东北老工业基地的改造和发展。同时要进行增强东部地区国际竞争力、保持西部大开发的可持续性和进行东北老工业基地改造与发展等诸多方面的协调。
――重视中央与地方发展区域经济之间关系的协调。区域经济协调发展的关键是正确处理中央与地方的关系，因为协调区域经济发展是一种政府行为，单纯利用市场力量不能解决区域经济发展的差距，这已为各国政府及区域经济理论工作者所共识。中央政府与地方政府责、权、利的协调是区域经济发展中的永恒主题，它直接关系到区域经济能否健康发展，正确处理中央与地方关系是保证区域经济协调发展的前提条件。由于区域经济发展宏观调控的主体是各级政府部门，明确界定与规范各级政府的调控权限与职责是合理协调区域经济发展的首要前提。中央政府投资与地方政府投资的关系体现在协调区域经济发展上，地方投资偏重于区域经济的自身发展，而中央政府投资则偏重于区域经济发展的整体协调。从发达国家的历史经验来看，开发落后区域，缩小区域经济发展差距，借鉴别人的经验，中央政府应把缩小区域经济发展差距问题作为宏观调控和政府工作的重点来抓，特别要强化中央政府协调区域经济发展的能力，进行中央与地方发展区域经济关系的协调。
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