由于起源研究的是事件在历史中出现的源头，因此，起源研究在方法论上具有实证主义倾向，在认识论上具有经验主义倾向。但是，任何事情的起源从来就没有绝对的开端，以事件的发生作为起源，必然导致起源的绝对化，并且无法解释知识结构的生成机制。而发生学研究观念的发生恰恰能弥补起源学研究事件发生的不足。观念的发生强调知识结构生成的过程，也就是事物从一个阶段过渡到另一个阶段，这一阶段性的过渡不以事件和时间进行实证，而以观念进行推理，从而有效解决了起源研究将起源绝对化以及无法解释知识结构生成机制的问题。与起源研究的实证主义与经验主义相反，发生学研究通过探究认识的结构生成把握主客体的相互作用及其内在的本质与规律，从而解决了起源研究忽略主体性、只注重事件形式而不注重功能的不足。与起源研究相比，发生学研究具有客观性与历史性。
因此，作为人文科学研究的新方法与新视角，发生学强调的是对主客体共同作用的发生认识论原理的运用，这样，发生学就与我们日常所说的事件的发生以及相关的起源概念明显地区分开来。正是由于观念发生与事件起源的不同，严格意义上的发生学就具有认识论与方法论的意义，作为认识论，它有别于强调认识结果的经验主义；作为方法论，它有别于研究事件起源的实证主义。
发生学作为一种研究方法与范式，是从自然科学“嫁接”到人文科学的。如果说自然科学发生学研究应归功于达尔文的生物进化论，那么，人文科学发生学研究则应该归功于皮亚杰的发生认识论。发生认识论的主要问题是解释新的事物是怎样在知识发展过程中构成的，其前提是，知识是不断构造的结果，在每一次理解中，总有一定程度的发明被包含在内；知识从一个阶段向另一个阶段过渡，总是以一些新结构的形成为标志，而发生认识论的中心问题就是关于新结构的构造机制问题。因此，发生学探究与认识相关的结构生成，不仅研究认识如何发生，也研究认识为何发生。
从某种程度上说，发生学从自然科学“嫁接”到人文科学标志着人文科学学术范式的转变。这一转变体现为从静态的现象描述到动态的历史―发生学分析，从注重外在形式要素的研究到注重整体内容与功能的研究，从对主客体相互作用的结果的研究到主客体相互作用的过程的研究，从事件与现象的历史性研究到观念与认识的逻辑性研究。就人文科学发生学研究而言，比较研究与跨学科研究是必要的方法与途径。关于人文科学发生学比较研究的重要性，人类学家列维・斯特劳斯曾经在研究神话时指出，任何神话或神话中的片断，如果不能和同一神话的不同异文或是和另外一个完全不同的神话相对照，那么它们将不会被人理解，它的每一个可与同一神话中的其他细节或别的神话相对的细节，尤其是在其逻辑结构、具体内容，直到细微末节方面似乎都显得矛盾。事实上，就人文科学发生学研究而言，比较研究尤为重要，因为只有在比较的基础上才能从人类行为整体中寻求普遍性与规律性，而这种普遍性与规律性正是人文科学作为科学正题法则的重要保证。
发生学还必然是跨学科研究。人文科学都以人作为认识主体，都涉及到人的思维认识发展过程与人类社会历史发展过程，因此人文科学各领域不仅相互交织，而且相互阐释，这使得人文科学发生学研究在具体的研究中具有跨学科研究的特征。实际上，仅仅从认识的发生看，人文科学发生学研究也必然是跨学科研究，它与心理学、社会学、语言学以及人类学等相关学科与领域的联系尤为密切。首先，人文科学的发生在本质上因于人的需要，因此，人文科学发生学首先必然要涉及心理学；其次，人是社会化的产物，而作为主客体相互作用的产物，人文科学不仅因于机体的主观需求，也因于客观的社会历史环境，这就必然涉及到社会学；第三，作为认识的工具，语言是人文科学建构的基础，因此，人文科学发生学研究必然涉及到语言学。此外，由于语言与宗教、文化等相关学科密不可分，人文科学发生学研究有可能牵涉到人文科学所有领域，甚至自然科学领域。
在中国，人文科学发生学研究方兴未艾，因此，我们有必要对人文科学发生学研究可能出现的问题与方法进行冷静、客观的分析，不仅认识其意义，也要认识到问题，而最为根本的，是将发生学研究付诸实践，在整体上推动人文科学的研究与发展。但是，我们必须清醒地认识到，发生学只是认识论与方法论的一种有效途径，它能有效解决事件发生与起源研究出现的一些问题，但不能解决所有问题，仅从科学要求的客观性而言，它也只能是“通过逐步接近而困难地达到”。从目前的情形看，人文科学发生学研究的困境或许不在它自身，而在于它能否突破旧有的研究误区，也就是将发生等同于起源的误区，并消除起源研究导致的经验主义者与实证主义者的疑虑。
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