新中国建立后，太平天国史研究一直是中国近代史研究的一大热点。近年来，随着中国近代化研究的兴起，史学界的关注热点有所转移，太平天国史研究作为“显学”的风景已不再，但是研究并未停滞，若干问题都在走向深入。
一、太平天国与拜上帝教问题。针对近年来有个别学者将太平天国的拜上帝教称作“邪教”的
二、太平天国与农民问题。太平天国运动是中国社会进入半殖民地半封建社会初期，以洪秀全为代表的农民阶级探索救国救民道路的一次伟大实践。周新国认为，太平天国运动“是因清政府的压迫剥削，无法从根本上解决农民问题而爆发，又因提出了解决农民土地问题的纲领而兴盛，最后由于无法解决现实的农民问题而败亡”，但“太平天国时期的农民问题与当代的农民问题有着质的不同，太平天国主要是解决生存问题，现在则是发展问题”。“探讨太平天国与中国农民问题的历史与现状，可以为党和政府统筹解决当代农民问题提供可贵的历史借鉴”（《中国太平天国研究会通讯》第9期第2页）。朱从兵提出，要研究太平天国与中国农民问题，“需要更深入、微观地了解太平天国时期的农民状况，如农民的心态和诉求、乡村内部关系、基层社会秩序和边缘情况等，在做好这些基础研究的前提下，才可能有系统地进行宏观比较与把握”。龚云认为，太平天国是“一次失败的农民自救运动”。太平天国虽然是农民建立的政权，但它后来严重脱离农民，因而不可能解决农民问题。当时大多数普通农民的心态值得研究（《中国太平天国史研究通讯》第9期第3页）。
三、太平天国与宗法文化的关系问题。崔之清认为，宗法文化是中国传统政治文化的核心，“太平天国拜上帝教看似淡化家庭和宗族的血缘关系，排拒和削弱了宗法文化，但其基本政治文化依旧是经由宗教包装的宗法政治文化。太平天国的制度安排、权力运作都体现了这一政治理念，并主导其政治行为”。
四、太平天国失败的经验教训。方之光认为，太平天国因反对清朝腐败黑暗统治而兴起发展，最终失败却是“一坏于骄傲，二坏于腐败，三坏于迷信，四坏于没有发展生产以解决军民的粮食问题，这也是导致太平天国未能跳出历史上周期律怪圈的主要原因”。华强对明末李自成起义和太平天国起义进行了比较研究，指出“这两次距今时间最近而相隔两个世纪的起义，有着惊人的相似之处，他们在反抗封建王朝的同时也接受了其专制与腐败，得天下而不能治天下。”总结历史经验教训，进行深层次的思考很有必要。朱庆葆指出，“太平天国运动的悲剧就‘悲’在太平天国代表的是小农阶级，没有接受中国传统的宗法，也就不可能得到当时中国社会的精英―――士绅阶层的认同。”张德顺也认为，太平天国据守江南期间，与江南士绅群体一度建立良性互动，但由于认知能力的局限，双方冲突日渐表面化、公开化，最终导致士人的疏离，加速了天国的败亡。
五、太平天国史研究的反思。茅家琦认为，“自己以前在思想上总是有一个‘中国传统社会只有农民战争才是推动中国历史发展的动力’的框子，而现在重新审视发现，要推进研究，必须跳出这个框框，应该把太平天国放在中国整个历史进程中去考虑。虽然太平天国在改变清朝政府中央与地方的权力结构以及推动社会思潮变化，促使人民群众反满革命斗争方面确实有着积极作用，但社会历史发展的动力是多元的，从某种意义上来说，农民战争是中国社会改朝换代的动力”。姜涛提出，“与清王朝268年的历史相比，太平天国短暂的十几年显然只是其中的一段，放在大清史的学术视野里来研究太平天国，将更能揭示太平天国兴亡的历史原因”。池子华认为，“太平天国史研究还有拓宽的余地，有许多值得探讨的领域，如社会史研究角度的人口、流民、婚姻、家庭、社会结构变迁等，还可以从中心走向边缘，不仅仅着眼于太平天国本身，而是以更宽的视角，看到与之相关的如形形色色的民变事件等。”方之光教授指出，“太平天国史研究必须坚持求真务实的学风，克服急功近利的浮躁思想，打开思路，转移视角，对各种学术问题展开多学科的综合研究很有必要。”（《中国太平天国史研究会通讯》第9期）。
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