目前，畜禽粪便作为农家肥料直接投入农田的比例越来越低，很多养殖场管理松懈，没有畜禽粪尿利用处理配套设施，随意使畜禽粪便大量堆积和流淌，严重污染环境。全国政协委员、民盟重庆市委主委陈万志调研发现，畜禽养殖污染已成为三峡水库的主要污染负荷，严重威胁库区水环境安全。
陈万志建议：国家对三
峡库区畜禽养殖污染防治项目，以及重点流域农村与农业面源污染综合治理工程国债资助项目，应给予重点倾斜。调整现有的污水治理资金安排计划，划出一部分用于库区畜禽养殖污染治理。将三峡库区畜禽养殖污染治理列入明年集约化畜禽养殖污染治理示范项目补助，并在排污费使用安排中开列包括畜禽养殖污染防治的生态保护科目。
