首先，科学发展观对学科建设的指导意义在于要针对教师教育向
综合化、专业化、一体化转型的实际，实现学科专业建设的综合化。进行学科专业结构调整，促进师范专业与非师范专业的结合，增加适应社会需要的应用性学科、新兴学科和交叉学科，形成以文理学科为主干，多科性综合发展的学科专业布局，以拓宽学科专业门类，扩大服务面向，增强社会竞争力。综合化有利于促进多学科优势的形成，综合化有利于高水平学术的开展，综合化的氛围有利于人才的成长，学科专业设置的综合本身就是一种发展。
其次，在学科建设中突出为基础教育和地方需求服务，是科学发展观的又一内涵。综合化不是“同一化”，实施学科建设的综合化，不是丢掉教师教育的特色，而是要在向综合化的转型中突出特色，依托优势，维护基础，挖掘潜力，这是高师院校赖以生存和发展的重要基础，也是高师院校创造“重点学科”、“特色专业”、“名人战略”参与学术竞争、迎接挑战的重要条件。适应基础教育与地方需求而设立的相关学科专业，利用自身的地缘优势，突出为地方服务的主题，在服务中争得支持，才能为学科建设赢得广阔的发展空间和良好的社会经济效益，才能使学科专业继续保持良性发展的态势。在保持特色的基础上发展健全，这本身就在实践着科学发展观。
牡丹江师范学院长期坚持为基础教育服务、为地方服务的办学思想，充分发挥其在基础教育及区域服务方面的优势。2001年该校成立了“基础教育研究所”，以国家级课改实验区――宁安实验区作为研究基地，把高师教育改革与基础教育的“课改”结合起来，集中研究黑龙江省及周边地区教育教学改革中迫切需要解决的问题，几年来取得了一些成功的经验；该校动物学科针对近年来黑龙江省森林鼠害日趋严重的现状，主持完成的“森林害鼠不孕控制技术”的研究，经东北林业大学马建章院士为代表的鉴定委员会认定，该项技术居国际领先地位，并获得了黑龙江省科技进步奖。
再次，科学发展观对学科建设的指导意义在于要树立科学的人才观。学科建设是集学科梯队、学科方向、科学研究、基础条件和人才培养于一体的综合性建设。学科建设必须以人为本。一方面，要形成尊重知识、尊重人才的良好氛围，形成积极向上、不甘落后的学术氛围，以便在凝聚现有人才力量的同时，放开眼界、敞开胸怀，按需要、有目的地引进人才，尤其是高水平的学术带头人及学术骨干等人才。另一方面，要通过参与国内一流大学及高级别科研院所的项目研究，提升学术研究层次，培养拔尖人才，优化学科梯队建设，实现学科建设的跨越式发展。科学发展观的核心是人才建设，学科专业建设的本质就是人才的聚合，这是科学发展观“以人为本”的思想在学科建设上的重要体现。
近年来，该校凝聚态物理、动物学、植物学、文艺学等学科坚持与国内一流大学及高水平科研院所“联姻”，通过参与高级别科研项目，在参与、协作中学习，在联合、开发中成长。凝聚态物理学科积极参与国家十五规划“863”计划项目的研究工作，在类金刚石膜及纳米金刚石膜等领域开展的相关研究上，注重人才培养和梯队建设，不仅成功培养了由国家重点实验室毕业的博士作为学科带头人，而且还培养出了一支研究能力强的科研骨干队伍及科研后备队伍，为学科建设提供了强有力的人才保障，从而实现了学科建设的跨越式发展。
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