原子能院下设核物理研究所、反应堆工程技术研究所、放射化学研究所、核技术应用研究所等5个研究所;串列加速器升级工程部、中国实验快堆工程部等7个工程技术和研究部等。50多年来,形成了核物理、核化学与放射化学、反应堆工程技术、加速器技术、核电子与探测技术、同位素技术、放射性计量、核保障技术、辐射防护技术等众多学科领域,培养了一大批专门人才,并研究开发了以同位素与辐射技术为主导的一批新技术和产品,取得了良好的经济效益和社会效益。
走过“两弹一艇”的辉煌,迈过二次创业的维艰,有着55年光荣历史的原子能院,正重新崛起,驶入发展的快车道。面对未来,原子能院将坚持“军民结合,寓军于民”,以“基础性、综合性、世界先进水平的核科技研究基地”和“创造一流业绩,造就一流人才,建设一流核科研基地”为目标,继续发扬“以身许国,敢为人先,严谨求实”的“四○一精神”,为我国核工业和核科学技术的发展再立新功。