孙中山对科举制度的废除也有独到的见解。沿用一千多年的科举制度是在1905年废除的。当时，废除科举的主要理由是“科举一日不废，即学校一日不能大兴”。对于科举制度废除的原因，目前学术界也有不同的看法。孙中山当时就说“往年罢废科举，未免因噎废食，其实考试之法极良，不过当日考试之材料不良也。”他还说：中国历代考试制度不但合乎平民政治，且超过现代的民主政治，“虽所试科目不合时用，制度则昭若日月。”这也就是说，废除科举制度，并不是说考试制度本身一无是处，考试制度是好的，只不过考试的内容不好。他主张剔除封建主义的考试内容，用资产阶级民主共和的精神和近代人文社会科学和自然科学、技术作为考试的内容，是难能可贵的。
孙中山对我国人才选拔制度的贡献之二，是提出了以考试权独立为核心的文官考试的思想。这一思想的来源，不仅是深受我国科举考试制度的启发，也是对西方文官考试制度的借鉴。他认为西方文官考试制度优胜于其选举制和委任制，并说：“美国官吏有由选举得来的，有由委任得来的。从前本无考试制度，所以无论是选举、是委任，皆有很大的流弊。”中国考试制度西传后，美国的“政治方有起色”。但是考试只“用于下级官吏，并且考选之权在行政部之下，虽少有补救，也是不完全的。”“余游欧美，深究其政治、法律之得失，知选举之弊，决不可无以救之。而中国相传考试之制，纠察之制，实有其精义，足以救欧美法律、政治之穷，故主张以考试、纠察二权，与立法、司法、行政之权并立，合为五权宪法”。他还强调：欧美也有人觉得“三权分立”有弊端，主张加上弹劾权和考试权，“可见五权分立之主张，非予个人之私见矣”。
把考试权提高到与司法、立法、行政权同等重要的地位是1906年。同年12月2日，孙中山再次强调：“将来中华民国宪法，必要设独立机关，专掌考选权。大小官吏必须考试，定了他的资格，无论那官吏是由选举的抑或是委任的，必须合格之人，方得有效。”设立考试院，是考试权独立的重要标志，也是考试选拔人才的组织机构。1914年7月8日，孙中山在亲自起草的《中华革命党总章》里就规定了考试院的职权。1924年8月，孙中山公布并施行的《考试院组织条例》规定：中央设考试院，直隶于大元帅府，与行政权分离独立。各省设立考试分院，举行各种考试时，分设考试委员会，并得就各省酌划区域，举行巡回考试。
孙中山对我国人才选拔制度的贡献之三，是在南京临时政府和广州政府时期，制订了文官考试的法规法令。出任临时大总统后,孙中山即着手准备建立与资产阶级民主共和政治体制相适应的文官考试制度。南京临时政府贯彻了孙中山“考选之法”“网罗天下英才”的指示。法制局根据孙中山的命令，先后制定了《文官考试令》、《文官考试委员官职令》、《外交官及领事官考试委员官职令》、《外交官及领事官考试令》、《法官考试委员官职令》、《法官考试令》等六个考试法令草案，先后送呈孙中山。孙中山咨文参议院审查，对以上各考试法规草案进行议决。由于南京临时政府存在的时间短暂，参议院没有完成立法程序，以上考试法规草案没有能够颁布实施，但在中国近代人才选拔制度史上还是有着重要意义的。
在广州政府时期，孙中山多次指示：“用人当以资格论，实行考试制度。非经考试合格，不能做官”、要“厘定各种考试制度”。1924年8月26日，中华民国海陆军大元帅孙中山发布命令，公布并实施《考试院组织条例》，共26条；又公布实施《考试条例》，共18章64条；《考试条例施行细则》，共18条。
总起来说，孙中山完成了从科举考试到文官考试的对接，奠定了我国近代文官考试制度的基础。在科举制度废除的一段时间里，我国一直未能重新建立起公开、刚性和程序化的选官制度。当时，我国官员选拔制度甚至倒退到科举以前诸形态，直到孙中山文官考试思想和实践的形成，我国文官选任制度的真空才得到填充。孙中山的文官考试思想和他下令规划、公布的考试法规，不少重要内容后来为北京政府和南京国民政府所沿用。例如南京临时政府时期的文官考试委员会，就是考试院的前身。又如，孙中山将行政官分为特任官、简任官、荐任官和委任官4级，也为北京政府所继承。1913年1月，袁世凯公布《文官考试法草案》，后来南京国民政府公布“考试法”，都是对《文官考试令》的继承。可以说，北洋政府和南京国民政府在确定文官制度时，有的是孙中山下台前已产生了草案尚未来得及咨交参议院审议，后来被北洋政府所承认；有的是孙中山公布的文官考试法规，同样被南京国民政府所采纳。
