龙头主线：学科建设
学科建设，山东大学立校的龙头和主线。五年新增国家重点学科4个，山东省“十五”强化建设重点学科17个；五年来培养和引进“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授9人、国家杰出青年基金获得者7人，学科队伍建设成效明显；合校后新增博士学位授权专业86个、硕士学位授权专业81个、一级学科博士点10个、博士后流动站8个，学位点建设硕果累累。而这些，正是得益于“211工程”和“985工程”两大工程的实施，得益于高层次人才工程建设，得益于学科基地建设。
“九五”“211工程”建设经费共计1.93亿元，重点支持了10个学科群点建设，“十五”“211工程”建设经费6400万元，主要用于支持11个重点学科建设项目。“985工程”一期于2001年启动，部省投入8亿元。学校从中拨专款2.7亿元设立并实施了“山东大学学科建设项目”，三年共支持学科建设项目65个，其中基本建设项目26个、重点建设项目24个、交叉研究中心项目15个。“985工程”二期于2004年启动，建设经费8亿元，其中学科建设经费4.28亿元，主要用于支持7个科技创新平台、5个哲学社会科学创新基地建设以及人才队伍建设。
两大工程的实施，推动了学科建设的持续快速发展，学科整体水平和实力得到大幅度提升。山东大学也以此为契机，借势加快学科基地建设，推动特色优势学科实现跨越式发展。同时，借势实施“五大计划”，打造自己的学科队伍：创新学术团队支持计划；长江学者发展计划；泰山学者建设计划；“985工程”科技创新平台首席科学家、国家重点实验室主任及学院院长招聘计划；杰出人才招聘计划。
学术成果：捷报频传
合校5年来，一批具有国内外重要学术影响的成果不断问世。彭实戈、王小云……一批杰出的科研创新人才为山大赢得荣誉。
彭实戈教授率先在国内创立了倒向随机微分方程理论和倒向随机计算方法，为数学和概率统计及相关学科开拓了一个崭新的研究领域。王小云教授先后两次成功破解世界通行密码标准MD5和SHA-1,在国际密码学领域引起震动，受到国内外密码界专家的高度评价。阿尔法磁谱议(AMS)是由诺贝尔物理学奖获得者丁肇中教授领导的一项大型国际合作科学研究。2003年山东大学正式加盟AMS项目。学校成立了“空间热科学研究中心”，承担AMS项目热系统的研究与设计任务，一年来的努力，研究项目已取得了多项实质性的重要进展。
五年的重点投入，五年的持续建设，山东大学的学科建设取得重大突破，学校学术竞争力、社会影响力和国际化水平得到大幅度提升。五年来，科研成果累累，表征科技进步的主要数据大幅度增长，其中到位科技经费增长262%，到位科研项目经费增长316%，共获得国家及省部级科技奖励405项。4个研究机构先后入选教育部人文社科重点研究基地，基地数量在全国高校中名列第十。主要科技指标在国内高校排名不断前移，其中，在SCI、EI、ISIP和国际引文一直保持全国高校前列，彰显出山东大学雄厚的学术实力。
更为可喜的是，2005年8月21日，教育部与山东省政府签署了继续重点共建山东大学协议，五年内，部、省向山东大学分别投入3亿元和5亿元专项经费，支持山东大学的学科建设与学校发展，这又为山东大学挺进国内外知名的高水平大学奠定了坚实的基础。
战略眼光：开放办学
山东大学全方位开放式办学，是高校办学的一个成功范例。同时为山东大学赢得了更为广阔的发展空间和发展机遇，使其形成了多形式、多渠道、多层次、全方位的国内外交流与合作的格局。
去年是山东大学“国际合作年”。这一年，山大的国际交流呈现出前所未有的活跃局面。目前山大与30多个国家的110多所大学和科研机构建立了交流合作关系。以校企合作、校地合作、校校合作、校研合作为主线的国内合作工作也取得了明显成效，其中与15所国内著名高校和12家大型企业建立合作关系。
五年来，山大共派出2497人出国(境)访问、考察、进修、参加学术会议、合作研究；接待国外和港澳台短期交流、访问考察来访人数达4500人次，短期专家近692人次，聘请184名外国和港台学者为客座教授、名誉教授。诺贝尔奖获得者丁肇中教授、杨振宁教授、罗伯特・蒙代尔教授，菲尔兹奖得主丘成桐教授、台湾著名诗人余光中先生、哈佛燕京学社社长杜维明教授、欧盟驻华大使安高胜先生、台湾鸿海集团董事长郭台铭先生等知名学者和知名人士频频来访。
2001年百年校庆期间主办了“国际大学校长论坛”；承办教育部委托举办的“第五届中英大学校长论坛”；2004年7月承办了“中澳高等教育论坛”；2005年7月承办了“中国数学会70周年年会”。80余次国际或双边学术会议的举办和召开，对于促进学科发展、提高学校的声誉和扩大学校的影响，起到了积极、深远的作用。
推动校地合作、校企合作、校校合作、校研合作，服务地方发展是山东大学全方位开放式发展战略的另一个重要组成部分。
2004年4月，《山东大学服务山东行动方案》得到了山东省委省政府领导的高度重视和充分肯定。2004年5月，成功举办“山东大学服务山东高层论坛”；2004年9月，山东省政府批转《山东大学服务山东行动方案》；2004年10月，山东大学与济南市委市政府联合举办“山东大学服务省会济南高层论坛”，正式推出《山东大学服务济南工作计划》。
校企合作则是重点推动与海信集团、将军集团、浪潮集团、潍柴动力等大中型企业的全面合作，打造校企合作平台。校校合作成效显著，五年来已与中国人民大学、武汉大学、吉林大学等建立了多层面的校际合作关系。开展了互派学生访学、高层学术互访、教师互聘、合作科研、干部挂职锻炼等多个合作交流项目，其中，本科生互换培养已成为经常性的校际合作项目，取得了比较明显的社会效益和经济效益。
目前，山东大学与中国科学院、国家天文台等科研机构的合作不断深入，科研协作、研究生联合培养规模不断扩大。山东大学与国家天文台联合成立了山东大学空间科学研究院并建立了山东大学威海分校玛珈山天文台，新成立的空间科学与应用物理系已于2004年开始招生。校研合作呈现良好的发展势头。
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