长江深水航道的现代化是长江航道现代化的重要组成部分，也是长江航道发展蓝图中最为壮观的一页。长江口深水航道二期工程的竣工标志着长江口航道通航条件和通航能力得到了有效改善，在航道水深增加，大船可以实现江海直达的同时，船舶公司更加关注的是航道的服务与管理水平。
定线制管理：
让海轮夜航成现实
过去长江航行，“上行走缓流、下行走主流”的航行原则成为制约船舶有序航行的桎梏，导致船舶频繁横越航道，海轮进江无法适应这种忽左忽右的航法，船舶安全得不到保障。
交通部海事局根据航道条件的逐步改善，实际调研，科学论证，要求江苏海事局、上海海事局按照“用海上管理模式管理长江下游”的思路，积极探索推行航路改革。到2003年7月1日经交通部批准，《长江上海段船舶定线制规定》《长江江苏段船舶定线制规定》正式实施。过去大小船舶不分航道，实施定线制后，则船舶均按照各自靠右航行原则航行。江苏海事局局长张同斌用了一个形象的比喻：定线制的实施就好比公路划分机动车道和自行车道一样，在航道上让大小船各行其道，避免了混合交通所带来的资源浪费。
定线制实施后，改变了千百年来落后的习惯航法，“大船在中间，小船在两边”，深水航道变得较为宽畅，一条水上“高速公路”已形成。超大型船舶的进江数量和效率因此大幅提升。统计资料显示，进江的5万吨级以上船舶已由2000年的574艘次增长到2004年的1064艘次，10万吨级以上船舶2004年已达128艘次。位于长江江苏段下游的南通港两年累计进江超大型船舶1500多艘次，累计贡献港口吞吐量3000万吨，为南通港带来直接经济效益近20亿元，间接经济效益400多亿元。
困扰海轮夜航的因素也因此不复存在。过去由于不能夜航，海轮停留一晚将耗费巨大的滞留成本。长江江苏段实施定线制后实现了船舶全天候通航，夜航船舶大幅增加，流量已占船舶总流量的45%，夜间海轮流量占整个海轮流量的50%，为此给船东带来经济效益1.7875亿元；事故发生率的下降带来安全效益2412万元。航道通航环境的改善，也改善了江苏沿江的投资环境，沿江区位优势更加明显，一年中，长江江苏段主要6港吞吐量增加3487.6万吨，实际影响和拉动GDP增长540亿元。
水上服务区：让船民“便停、易走”
过去，在江面上能看到许多货郎船在大大小小的运输船间穿行，兜售小商品。货郎船的不规则行驶影响了运输船舶的通行效率，造成了安全隐患。
由于船舶定线制的实施，航路得以规范并留出了大片富余水域。为使通航水域资源得到进一步整合利用，江苏海事局在规划57个锚地和停泊区的同时，划定了26个功能齐全的“水上服务区”，并制定了统一的技术要求和标准，引导水上服务单位投资建设经营。
截至目前，已有23个水上服务区投入经营，提供加油、加水、配件供应、维修、理发洗浴、日常生活用品和药品供应等一系列服务。
这一水上服务模式的改革，既为过往船舶、船民提供了极大的便利，也提升了水上服务设施的安全生产水平，消除了以往江上一些小加油点的安全隐患，净化了通航环境。江苏海事局自行设计制作了航行警示牌、信息版、宣传版，为过往船舶提供安全信息服务，每座牌高近40米，加上先进的LED夜间发光系统，使船舶在几公里外就能看到航行指示方向和有关注意事项，被船民誉为指引船舶航行安全的“导航塔”。如今长江江苏段，船行江上，可以看到标志清晰的船舶航路、规范有序的船舶交通流、编号统一的锚地及停泊区、功能齐全的水上服务区，船民们“便停、易走”的愿望变成了现实。
现代化监控系统：确保施工不断航
长江口深水航道治理工程将历时十年，工程量浩大。二期工程累计完成了各类堤坝66.38公里,航道疏浚挖泥近6000万立方米。航道建设公司派出的大型挖泥船作业达18000艘次，被称为世界港口史上绝无仅有的作业量。
每天都有8艘大型疏浚船在深水航道作业，这无异于埋下了8颗定时炸弹，对进出深水航道船舶的安全构成了极大的威胁。而在工程建设期间还要保证不封航、不断航，安全监管的困难可想而知。上海海事局利用多种现代化监控手段，确保施工不断航。
这些手段包括：全球卫星定位系统、水上作业实时动态工程、船上的潮位遥报接收机信息传达三维耙位置显示系统等等。
通过这些技术的运用，长江口深水航道8.5米水深连续32个月保证百分之百通航率，产生了巨大的经济和社会效益。
