全国科技大会立足国家的长远发展与社会主义现代化建设的大局，对建设创新型国家的重大战略任务进行了科学规划和总体部署。胡锦涛同志在这次会议上指出，深化科技体制改革，进一步优化科技结构布局，充分激发全社会的创新活力，加快科技成果向现实生产力转化，是建设创新型国家的一项重要任务。这一科学论断深刻阐明
新中国成立以来，在国家科技发展战略的指导之下，我们取得了一批令世界瞩目的科技成就，为推动经济社会发展、改善人民生活以及增强综合国力，起到了重要的作用。然而也必须清醒地看到，在我国的科技发展和自主创新之路上仍然存在着一些突出的问题和矛盾。其中一个重要的方面就是科技体制机制还存在不少弊端，需要进一步深化改革。在计划经济体制的影响下，我国传统科技发展模式较为单一，这与调整经济结构、转变经济增长方式的迫切要求不相适应，与把经济社会发展切实转入以人为本、全面协调可持续的轨道的迫切要求不相适应。我们必须下更大的气力、做更大的努力，进一步深化科技体制改革，创新体制机制，大力推进科技进步和自主创新。
科学技术的发展永无止境，这要求科技体制必须不断与时俱进。今天，体制改革已经成为科学技术创新不可缺少的重要条件。只有深化体制改革与创新，才能为科学技术的发展扫清障碍，铺平道路，助力加油，使科技进步得以在社会经济发展中发挥更大的作用。
深化科技体制改革，必须充分发挥政府的主导作用。各级政府要适应社会主义市场经济发展的要求，建立健全有关法律法规，完善科技开发计划，促进科技创新要素和其他社会生产要素的有机结合，形成科技不断促进经济社会发展、社会不断增加科技投入的良好机制。要大力完善知识产权保护制度，保护企业与科技人员进行自主创新的利益要求和积极性，保障全社会研发能力的提升和持续发展。要着力完善鼓励创新的政策体系，以行之有效的财税金融政策，改善对高技术企业特别是科技型中小企业的信贷服务和融资环境，加快发展创业风险投资，促进资本、技术与企业的有机结合，积极为企业进行技术创新服务，为不同类型、不同所有制企业提供公平的竞争环境。尤其重要的是，各级政府要把科技事业发展特别是提高自主创新能力的投入作为战略性投资，加大财政科技投入的力度，调整和优化投入结构，增强政府投入调动全社会科技资源配置的能力，形成多元化、多渠道、高效率的科技投入体系，提高科技资源共享利用的效益，为自主创新提供可靠保障。
深化科技体制改革，必须充分发挥市场在科技资源配置中的基础性作用，充分发挥企业在技术创新中的主体作用。在社会主义市场经济条件下，企业是市场竞争的主体，也是技术创新的主体。企业的自主创新能力是国家自主创新能力的基础。企业创新能力与市场竞争能力的提高也有利于提高科技资源的优化配置和产业升级。因此，为了建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，我们必须深化国有企业改革，使企业真正成为研发投入的主体、技术创新的主体和创新成果应用的主体。
深化科技体制改革，必须充分发挥国家科研机构的骨干和引领作用，充分发挥大学的基础和生力军作用。国家科研机构和大学拥有得天独厚的知识优势和人才储备。我们要建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系，以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为中心，高效利用科研机构和高等院校的科技资源，稳定支持从事基础研究、前沿高技术研究和社会公益研究的科研机构，集中力量形成若干优势学科领域、研究基地和人才队伍。
建设创新型国家，仅有科技体制的改革是不够的，它还需要社会全方位的体制改革与创新加以配合。一个社会、一个领域的体制改革本身，通常会涉及到整个社会经济、政治、文化等多个方面的内容，没有这些相关方面改革的铺垫，某项体制的改革往往寸步难行。科技体制改革是整个体制改革中的重要一环，与经济、政治、文化等方面的体制改革有着密不可分的联系。二十多年的改革经验表明，我们只有将科技体制改革放到整个改革事业的宏观视野中加以审视，找出关键，抓住重点，才能保证科技体制改革取得成功，从而实现科技事业的跨越式发展。
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