1930年7月起,吉国桢先后任陕西省委常委兼西安市委书记、陕西临时省委书记。1931年5月,任中共河南省委书记。在严重的白色恐怖下,他不避艰险,艰苦努力,整顿各地党团组织,坚持党的工作,使遭受严重破坏的河南党组织得到迅速恢复和发展。同时,他领导党团组织深入基层,发动农村游击战争,在敌军部队中策动兵变,组织城市工人罢工,有力地回击了国民党反动派的屠杀政策。1931年春,吉国桢向党中央建议开展对国民党二十六路军的兵运工作,并派遣河南省委一位在二十六路军中有广泛关系的干部到该军进行策动工作,为促成宁都起义作出了贡献。
九一八事变爆发后,吉国桢等领导河南省委及各级党团组织,广泛动员民众,成立抗日组织,开展抗日救亡运动。长期地下斗争的恶劣环境和艰苦繁重的工作,使吉国桢积劳成疾,卧床不起。同志们劝他休息,他总是不肯,并说:“为党工作一定要尽职尽责,竭尽全力,斗争不止,这点病算不了什么。”
1932年7月下旬,因叛徒告密,吉国桢在郑州被捕,后被押往开封。在狱中,敌人妄图从他口中得到党组织的秘密,对他施以种种酷刑,百般折磨。原本就有伤病的吉国桢被打得死去活来,遍体鳞伤。但他始终坚贞不屈,坚定地说:“共产党人是不怕死的!要命有一条,要党的机密一个字也没有!”8月22日凌晨,吉国桢与13位同志一起,高呼着“中国共产党万岁!”“中国革命万岁”的口号,高唱着《国际歌》,大义凛然地走向刑场,英勇就义,时年33岁。(新华社北京5月5日电)