川大化学研究的“高性能助推器”

2006-05-16　来源：光明日报　作者:曾鸣旋 我有话说

与实力雄厚的专业研究院所相比，高校的科研机构更容易受到预算条件的硬性约束，对于高性价比的研究设施，往往有着更迫切的需求。正因为如此，以“标准化”和“按需定制”为特色的戴尔高性能计算方案一经推出，就受到了高校科研机构的普遍欢迎。

2004年12月，在国内化学化工研究领域颇具声望的四川大学化工

学院引进了一套小规模的戴尔高性能计算机系统（HPCC）。这套系统共有14个节点，包括13个计算节点和1个管理节点，全部由最新型的戴尔PE1850服务器担任。这些PE1850服务器均配备主频3.0GHz的双英特尔至强处理器，采用英特尔最新的E7520芯片组。在数据存储方面，均配备了2GB内存和1块73GB硬盘。作为管理节点的服务器还配备了4GB内存和2块73GB硬盘，承担“系统监控”、“计算任务分发”等常见管理职能，并担负独立计算节点、用户网关、I/O节点和系统数据中心的重要责任，可谓“身兼数职”，因此其配置水平高于普通计算节点。

目前，该套系统主要被用于支持川大化工学院正在开展的理论和计算化学研究，这些课题包括由李象远教授主持的“非平衡溶剂化理论研究”、“光诱导电子转移研究”、“计算机辅助药物设计研究”。其中，非平衡溶剂化理论等方面的理论和计算方法研究在国内外有重要影响。在这三个课题中，这套系统的具体任务是运行Gaussian、CPMD、HON-DO、GAMESS等计算化学软件，承担有关非平衡溶剂效应和生物信息学的相关计算程序的设计和调试工作。

这套系统自2005年初正式上线后，运行状态稳定。川大化工学院计算化学研究室的何荣幸博士是该系统的主要用户之一，他说：“我们有些项目，如光诱导电子转移和药物设计，需要比较长的计算时间；有些计算软件，如Gaussian、HONDO等，在运行过程中需要大量的存储空间；这些都对系统的稳定性能和数据处理能力有比较高的要求。这套系统具有良好的持续可用性和较大的数值计算能力，它在完成上述计算任务时，表现令人非常满意。”何荣幸还特别肯定了戴尔HPCC系统的“标准化”和“按需定制”特征，以及由此而产生的独特的性价比优势。