任鸿隽是中国近代科学救国思潮中的杰出代表人物。辛亥革命后，他放弃了政治救亡的努力，义无反顾地踏上了“科学救国”的征程。此后，无论是在五四时期标举科学与民主的旗帜，还是在“科玄论战”中捍卫科学
任鸿隽科学文化思想的一个显著特征是，其救国理想始终立基于实验科学之上。他厌弃空谈，自觉超越科学传播的层面，引导人们更多地去关注科学研究。在他看来，没有科学研究做后盾，一切关乎科学的事业都将流于空谈，无果而终。因而，无论是引进科学技术和科学知识，还是培养科学精神，都非单纯的宣传或倡导所能奏效。为此，他积极创立学会和研究所，大力鼓吹和推动科学研究，力图构建堪当传承和光大西方科学的科学体制。
传播“整个科学”的观念，是任鸿隽科学文化思想的另一重要特征。鸦片战争后，国人感性地将科学视为坚船利炮，后来的认识虽然有所深化，但在相当长的一段时间内，也只是将其等同于具体的科学知识。辛亥革命后，在改造国民性的强烈呼声中，“科学精神”几乎又成了科学的同义语。五四时期，国人对科学的认识虽然渐臻成熟，但误解和偏颇依然存在。为了使国人在系统、完整的意义上正确地理解科学，任鸿隽按照科学自身的逻辑，努力传播包括科学知识、科学技术、科学方法和科学精神在内的“整个科学”。
融通科学与人文两种文化，是贯穿任鸿隽科学文化思想的主线。早在清末民初，中国就已呈现出科学与人文“两种文化”关系紧张的趋势。难能可贵的是，任鸿隽以一种理性的态度调和“两种文化”之间的关系。虽然他笃信科学的价值，但他反对“科学万能”论，力戒科学对人文的僭越，在充分肯定科学的工具价值的同时，着力发掘其内蕴的人文价值，藉之寻求科学与人文整合的切入点，从而为消除二者之间的隔阂与冲突进行了积极而有益的探索。
任鸿隽希望通过发展科学和教育事业来增强国家实力，并通过科学方法的运用和科学精神的培养来完善国民人格，改革政治体制，终而臻于民族独立和国家富强。他为此所作的不懈努力，客观上起到了反对封建主义、促进国民觉醒的作用，呼应了革命救亡运动的主题。但是，近代历史的发展证明，政治革命比科学救国更符合当时中国社会的实际需要。只有通过政治革命，推翻帝国主义、封建主义和官僚资本主义在中国的统治，建立一个真正独立和民主的国家，才能确保科学事业的顺利发展。由于阶级和认识的局限性，任鸿隽没有能够认识到这一点，因而始终疏离革命救亡运动，显得与时代主流脱节。而可贵的是，他较早地体悟到科学与教育对国家强盛的重要意义，并为此倾注了毕生心血，试图以发展科学来达到避免革命、拯救国家的目的。不可否认的是，正是由于他及其同仁们的执着追求与不懈努力，才使旧中国的科学事业具备了一定的发展基础。
今天看来，科学发展和人才培养需要一个逐渐演进和缓慢积累的过程，在任何情况下，都应尽量保持其必要的连续性。任鸿隽以科学为立国之本、以育人为兴邦之策，并以其深睿的智慧融通科学与人文两种文化的思想，对当今实施“科教兴国”的战略，仍不失深刻的启示意义。
其一，任鸿隽融通“两种文化”的思想，有助于今人正确认识所谓“科学主义”问题。早在半个多世纪之前，任鸿隽就曾怀着融通“两种文化”的愿望，对科学与人文两种文化的对立与会通问题、对“科学主义”与反“科学主义”问题做过精辟的论述。任鸿隽认为，社会组织的良恶，决定着科学发明发挥作用的方式和结果。社会组织如其良好，科学的泽惠必将施及众人；反之，社会组织若不良善，即便科学发明在理论上有益于人类，也可能因其为少数人所独占或垄断而致滥用。铲除此弊的根本之途，绝非科学研究的废止，而是社会组织的改良。科学家的职责在于尽其所能地引导科学趋利避害，向着善的方向发展，而不能被动适应，听之任之。他相信，当科学方法和科学精神被运用纯熟且成为一种习惯时，其影响就会远远超出科学本身，广泛波及于社会科学和人生领域。无论是自然现象还是社会现象，一旦用科学方法系统研究之，便可成为一种新科学。同样，科学方法和科学精神的运用，能够引导人们尊重客观事实，摒除主观成见，趋向人类理性。如此阐扬科学方法和科学精神的人文意蕴，不仅使自然科学和社会科学的联盟成为可能，而且也为科学精神与人文精神的相互挹注创造条件。
其二，任鸿隽强调纯科学研究的重要性，这对于今天依然存在的重应用、轻基础研究的倾向，具有一定的警示作用。基础研究是高新技术的源头,是增强国家综合实力和国际竞争力的关键因素。正因如此，在国难日亟、优先发展应用科学成为主导舆论的情况下，任鸿隽始终强调基础科学研究的重要性。他认为，关注基础科学才是挽救国难的重要途径。因为，先有科学而后才能谈到应用，科学不存，何谈应用？在他看来，应用科学的发展程度及其功效的大小，是由纯粹科学的发展水平所决定的。如果只把科学当作一种富国强兵、改善生活的手段,却不重视基础科学即纯科学的研究，那就是一种得鱼忘筌、舍本逐末的做法，难以期许救国目的的实现。他曾精辟地指出：“就科学本身看来，无疑地以科学研究为最重要。因为设如没有科学的研究，便不能有科学的应用。而且科学的应用，也时时要经过一番研究工夫。”为此，他在执掌中华教育文化基金董事会期间,坚持在资助力度上向基础研究倾斜。在他的努力下，不仅诸如丁文江那样成绩不菲的科学家，而且就连华罗庚那样的自学成材的后辈学者，也都曾得到过基金会的多次资助，从而成为中国科学界难得的领袖人才。任鸿隽的上述认识和实践，对今天探索中国特色的科学基金制度也不乏启示意义。
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