在当前，要实现高等教育的和谐发展，必须以科学发展观为指导，着力在树立正确的大学理念、进行科学的办学定位和深化办学体制改革上下工夫。
第一、坚持科学发展观，促进高等教育和谐发展，必须强化
促进高等教育的和谐发展，首先必须解决高等教育在社会中的功能定位问题，而高等教育的功能定位，则主要是通过高等学校的理念即大学理念来体现的，最核心的问题是如何处理大学与社会的关系。一般说来，大学是适应社会的需要而产生的，大学的历史使命就是满足社会的需要。社会需要又可分为维持需要和进步需要两种，前者是社会维持现有状态所必须满足的需要，而后者则是实现社会进步所产生的需要。后者以前者为基础而又超越于前者。如果说，培养人才、创造知识、服务社会是大学的功能定位的话，那么，服务社会就应是满足社会维持需要和进步需要的统一。这就要求大学既要为现实社会的正常运行培养人才，创造知识，又要通过人才的培养和知识的创造来引领社会进步。要发挥前一种功能，大学必须立足于社会现实，密切关注社会经济政治和文化发展的动态，按照社会对人才和知识的需求调整专业设置、科研方向和人才培养模式，而后一种功能的发挥，则必须以大学和社会之间保持必要的距离和张力为条件。如果大学丧失了对现实进行审视和批判的能力，变成了被动追赶现实的追潮者，那么，大学就丧失了独立存在的意义和价值。
第二，坚持科学发展观，促进高等教育和谐发展，必须进一步深化高等教育的管理体制改革，着力构建政府、社会和学校共同参与，良性互动的现代大学制度。
就政府而言，主要责任是构建教育服务体系，为教育发展提供必要的资金支持，其主要权力则表现为对教育事业发展的宏观调控和监督，政府并不直接管理学校的事务。社会主要承担参与高校办学、为高校提供市场服务的责任，并获得相应的权利。高校则主要承担提高办学水平和教学质量的责任，拥有对学校事务的充分自主权。这种政府服务、社会参与、高校自主的学校制度具有权责清晰，管理成本低，运转灵活等特点。
因此，建立现代学校制度，首先必须加速政府职能的转变、实行简政放权。政府部门既应将部份权力如监管、认证、评价等交给社会组织。又应将学校具体事物的管理权下放给学校。其次，要进一步大力培育和发展教育中介组织，建立以市场为主体的社会参与机制。所谓中介组织，指的是介于政府和学校之间专门从事学校服务、学校评价和社会协调活动的社会团体。
对于高校来说，首要任务是要进一步深化高校内部体制改革。在充分尊重教师职业活动特点和充分保证学术民主的基础上，依靠教授办学，实现学术自由、民主管理和决策科学的有机统一，努力构建管理民主、运转高效，竞争有序的高校内部机制。
第三、坚持科学发展观，促进高等教育和谐发展，应克服不顾国情省情和校情盲目追求学校升格的倾向，避免高等教育的同构化现象。
要做到这一点，就需要政府实施公平的教育政策，即对所有高校实行平等的“国民待遇”。政府对各类学校的资助和支持不应按照学校的名气或者学校的学术地位来安排，而应按照不同学校的专业性质和建设需要来确定，也就是说，所有的学校都应处于平等的受助地位。只有这样，才能体现教育公平的理念和原则。也只有在这种政策的导向和影响下，各高校才能立足自身实际，实现科学定位，努力完成学校定位所赋予的发展目标和历史责任。但在我国，长期以来，政府引导高等教育发展的指导思想和政策缺乏公平性，政府单纯的根据学校的学术地位和隶属关系将高校分成不同的档次而给予不同的待遇，从而形成了我国高校中的富校和穷校群体。这既是对学生的不公，又助长了高校之间浮躁盲目的攀比之风。结果，学校服务社会的功能被弱化，形成了许多校名大、名气小，定位高、水平低的学校。这种情况如不改变，高等教育的影响和高等学校的地位必将进一步降低。
第四，坚持科学发展观，促进高等教育和谐发展，高校必须坚持“以学生为本”的办学方针，努力增强为学生服务的意识和责任感。
高等教育的根本任务是育人，即使所有学生健康成长，增长才智，成为成熟的社会公民，其职责就是为青年人进入社会做好充分准备。这样的目的和使命，决定了高校办学必须坚持“以学生为本”的方针。具体说来就是，在教师队伍的建设上，要本着提高讲授质量和水平，为学生提供优质教学服务的原则，努力提升教师的专业技术水平和职业道德水平，决不允许不学无术之人混进其中；在课程设置和开发上，应坚持把对学生成长有没有用做为基本原则，所有课程都必须围绕学生成长的目标来开发和设置，坚决防止因人设课，因无人不设课的现象；在教学评估上，应充分尊重学生的意见为建议，使教学各个环节都能体现学生的意志和选择；在科研上，应坚持科研为教学服务的原则，大力促进科研成果向教学势力的转化，使学生成为学校科研的直接受益者；在硬环境方面，学校的教室设备、图书资料、体育场馆、餐厅宿舍和交通条件的布局都应以方便学生为准则。只有这样，才能真正的贯彻“以生为本”的原则，实现高校内部的和谐发展。
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