2004年8月,中国之友研究基金会的业务主管单位――国家旅游局向民政部发了《关于建议撤销“中国之友研究基金会”登记的函》。函
2004年12月8日,民政部对中国之友研究基金会“弄虚作假、骗取登记”的违法行为正式立案调查。结果显示,其存在弄虚作假、骗取登记,且违法状态始终处于连续状态,违反了《关于进一步加强基金会管理的通知》(银发[1995]97号),《关于清理整顿基金会的通知》(银发[1997]204号)中有关注册基金和活动基金的规定。依据《社会团体登记管理条例》第三十二条的规定,给予撤销登记的行政处罚。
据民政部有关同志介绍,该基金会还存在着内部管理混乱、私设银行账户、公益活动缺失及擅自设立分支机构等一系列问题,早已无法正常发挥基金会的职能。