独立学院现有两种治理情况:一种是校中校，即公立大学与自己所属公有产权合作成立的独立学院，这样的学院实质上只有一个办学主体。由于这类学院充分享受母校的教育教学资源，母校对其拥有绝对的控制，所以这种治理结构管理成本低。另一种独立学院是契约性质的，即公立大学与投资方签定协议，约定独立学院在没有预算
从教育的本质来看，对高等教育产品的提供，理想的应该是非营利组织模式。独立学院的治理模式应该是以满足社会公益为目的的“共同治理”。这种治理结构能够吸收投资者、社会贤达和具有法律规定资质的教育工作者以及与学校具有直接利益相关者进入董事会、监事会。投资者会从资本的角度考虑学校的发展和运转，学校校长会从学校教育教学的角度去考虑学校的发展，而社会贤达则相当于企业中的独立董事，应该是社会利益的代表者，这样的一个决策机构首先从人员构成上，就能够为学校教育目标的实现和资源使用效率的提高，经济利益的获得提供一种组织上的保证。
共同治理模式的核心是通过学校章程等制度安排来确保各个利益主体具有平等参与学校管理决策的机会，同时又依靠相互监督的机制来制衡各利益主体的行为，适当的投票机制和利益约束机制则用来稳定合作的基础，并达到利益主体行为统一满足社会公共利益需要这一共同目标。共同治理结构模式包括董事会和监事会两个并行的机制，董事会中的共同治理机制确保利益主体有平等的机会参与学校重大决策，监事会中的共同治理机制则是确保各个产权主体平等地享有监督权，从而实现相互制衡。
设计独立学院合理的治理结构、法律支撑时应遵循几条基本原则：独立学院是大学而不是公司，必须体现公益性的价值观；是人力资本的载体，必须体现知识资本的力量；有民间资本的进入，必须体现资本的力量；按民办机制创办的大学，必须利用市场的机制运营。独立学院的股权结构必须体现知识资本、货币资本与人力资本三种力量。独立学院要形成投资方的投资、学院学费结余转化成的投资、公立大学的无形资产、政府的招生政策支持等转化成的实物资本、无形资本和知识资本如何形成合理的股权结构和治理结构。公立大学的校名、校誉、专业设置、师资队伍、管理经验这部分无形资产应该转化成独立学院的投资资本并形成股权，但不应是公立大学的合理回报，而应转化成国家公共资本，或者社会资本，并由教育管理专家组成的社团进行管理。
多边治理的独立学院首先要形成董事会、监事会和学院管理层的制衡机制。要确定投资方与院长之间的剩余控制权的分配问题，要平衡投资方与院长在教育规律与市场规律冲突问题，要借鉴治理结构理论中的利益相关者的理论形成独立学院学生、教师权益与举办方权益分配的问题，要解决作为独立学院代理人和知识资本代表的院长与作为资本力量的投资方的委托人之间关于资本的逐利性和公益性的矛盾问题，要构建独立学院的利益相关者共同治理的框架。我们希望把独立学院看作具有社会性的社会机构，从而为把社会责任纳入独立学院的目标体系奠定理论基础。
在我国现阶段，独立学院建设与运行经费主要靠学费、银行贷款及建筑商、材料供应商的垫款。由于不少独立学院投资方缺乏资金，或者融资出现问题，在不断转卖与公立大学签订的关于独立学院的合作协议，而且是在信息不对称，不断溢价的情况下转卖合同，导致不少独立学院和公立大学的无形资产受到侵犯并隐含社会稳定问题。要深入探讨独立学院债权与股权两种可以相互替代的治理关系及财务控制问题。根据独立学院利益相关者都有监控或参与学院财务控制权力的情况，可以就如何构建一种基于共同治理的财务控制权和财务收益分享权的制度安排进行研究探索。
独立学院的发展需要法律支撑，而治理结构本质上是一套经济与法律制度，并可以通过这种制度优化治理结构。当前独立学院存在的重要问题是产权不明晰。为此，要确定独立学院是社会力量办学的一种形式，是股份制的一种形式。出台或者修改的法律文件要比较好地解决独立学院的学生、教师和学院自身权益保护问题。我们认为，独立学院发展可能有三种道路：一是不利用公立大学的品牌、专业与师资，成为一个纯民办的大学;二是走回头路，民间资本退出，成为公立大学的一个新的二级学院;三是使独立学院成为一个产权明晰的股份制大学，公立大学现在收管理费的做法，一定要转化成股份，这部分股份可以是公立大学占有，也可能是由社团组织占有。独立学院发展的过程就是产权明晰的过程，是独立学院股权优化的过程、治理结构合理的过程。（作者系江汉大学文理学院院长、教授）
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